PC提案事例

FINE/TurboやFINE/Open with OpenLabsを用いた流体解析を行うためのPCを導入したい。
以下の条件に合ったPCを提案して欲しい。

・CPU：28コア/56スレッド以上 クロックは2.70GHz以上
・メモリ：512GB
・ストレージ：データ用ストレージとして8TB程度確保したい
・OS：なし
・予算：180万円程度だが、コストを抑える方法があれば提案して欲しい
・その他：4Kでの画面出力を希望

ご要望を踏まえてお見積もりをご用意しました。
2CPUで合計32コアとした構成でのお見積もりです。
2CPUの場合、メモリは16枚構成にするのがベストですので、32GBモジュール x16枚としています。

コストや増設を考えたメモリ選定

コストダウンを優先する場合には、メモリ帯域が落ちることを前提とした32GBモジュール x8枚構成で導入し、後から増設するという運用も考えられます。なお、その場合は8枚のメモリに対して並列アクセスすることで速度がUPするため、増設するメモリは基本的に同一型番のメモリで統一する必要があります。コストの調整に関しては、お客様が重視する要素にあわせて検討させていただきます。

4Kでの画面出力については、T400あたりのカードでも対応できますが、解析用のモデルの要素数が多い場合には、ビデオカードの性能が不足する場合があります。3D系のモデルを動かす想定でT1000を選定していますが、実際の運用方法によってはコスト削減できる部分です。

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

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アカデミックフリーのツールを用いたタンパク質・低分子化合物の結合解析を行いたい。
構造予測、ドッキングシミュレーション、量子計算、MD計算に使用する予定。
使用するソフトウェアは以下を考えている。

構造予測：Alphafold2
ドッキング：autodock (GNINA) / ucsf-dock
量子計算：GAMESS / firefly
MD：GROMACS 2022.4

AlphaFold2をローカルで構築でき、一般的な条件でGROMACSを稼働させられるスペックが必要。
メインの用途はMD計算や量子計算で、将来的にはイン・シリコ・スクリーニングへの発展を考えている。

第3世代Xeon Scalableを搭載した2CPU構成をご提案しました。
ご利用のソフトウェアにIntel APIをコンパイラとして推奨している物があることに配慮した選択です。

ソフトウェアの性質にあわせたCPU・GPU選定が必要

ご連絡いただいているのソフトウェアのうち、GAMESS以外は何らかの形でGPUを利用することができますが、CPUで処理を行う部分も相応にあるため、CPUとGPUのバランスを考える必要があります。

AlphaFold2はGPUを必要とするソフトウェアで、かつ2.2TBほどの巨大なデータベースを参照するため、ストレージ性能がパフォーマンスに大きく影響します。2ndストレージとして搭載している大容量のSSDはAlphaFold2のデータベース保存を想定したものです。

AlphaFold2とそれ以外のソフトウェアとではGPUの使われ方が異なる

なお、AlphaFold2とそれ以外のソフトウェアでは、GPUの使われ方が異なり、AlphaFold2はTensorflowを基盤としたDeepLearningになりますが、他のソフトはGPUをコアプロセッサとした科学計算です。
科学計算ではGPGPUに倍精度小数点演算 (fp64) を求められることがありますが、非常に高額で専用筐体が必要になります。 利用を想定しているソフトウェアは、いずれもfp64が必須ではなくCUDAに対応したNVIDIA製GPUであれば利用可能とされているため、搭載GPUはディスプレイ出力を兼ねたビデオカードを選択しています。

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事例No.PC-10260Aを見ての問い合わせ。
ColabFoldとRoseTTAFoldを使用するため、事例と同程度のマシンを導入したい。
考えている条件は以下の通り。

・事例No.PC-10260Aの構成をベースにする
・ストレージ：2台目のストレージを4TB SSD M.2に変更
・OS：Windows 11とUbuntuのデュアルブートを希望
・予算：予算100万円程度

参考：PC-10260A タンパク質立体構造解析用マシン (ストレージ速度重視)

ご要望の条件に合わせて構成を検討しました。

お客様がご覧になった事例No.PC-10260Aのストレージ1と2は、それぞれ別のOSをインストールするためのものです。
本件でのストレージ容量変更は、データの一次保存場所にすることが目的でしたので、OS用ストレージの容量変更ではなく、データ用ストレージとして4TB SSD M.2を2台追加しました。

その他、CPUとGPUをご予算と現行スペックに合わせて変更しています。

ColabFoldのLocal版はWSL2でも動作するという情報がありますので、場合によってはUbuntu側の処理をWSL2で実装する方法も考えられるかと存じます。

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金属加工のシミュレーションを行うため、新たにPCを導入したい。
検討の条件は以下のとおり。

・CPU：クロック数を重視　長時間の計算が想定されるため、Xeonを希望
・GPU：NVIDIA RTX A2000以上を希望
・メモリ：32GB以上で、ある程度余裕を持たせたい
・使用ソフトウェア：DEFORM (4コアライセンス) 
・その他：機械学習用途での利用も考えている

DEFORMの利用を優先する場合、ライセンス側の制約で4コアまでしか利用できないことから、コア数が少なくベースクロックの高いCPUを選択するのが適切と考えられます。 その点を踏まえて、本事例はXeonの8コア製品を採用した構成です。

マシン選定のポイント

・CPUの選定
W-2245 (3.90GHz 8コア) を選定しました。Xeon W-2200シリーズにはよりクロックの高い4コア製品がありますが、本事例ではTurboBoostでのクロック上昇や他のタスクを同時に行うことも想定して、余裕を持たせたコア数設定としています。

・ビデオカードの選定
機械学習での利用を想定してNVIDIA RTX A4500としています。

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FEM解析用マシンを検討したい。希望する条件は以下のとおり。

・ソルバーにはNastranを使い、プリポストではPatranを利用予定
・グラフィックよりも解析速度を優先
・ストレージ：SSD 512GB以上を希望
・OS：Windows 10
・予算：60万円程度

CPUにこだわりはないが、NastranやPatranを利用においてIntel製とAMD製とで差がある場合には説明して欲しい。

ご要望の条件に合わせて構成を検討しました。
ご予算60万円を想定すると、Xeonを採用した構成は難しいため、コア数の多いRyzenを選択しています。

全体のスペックはご予算を意識してバランスを考えた内容としています。
CPUは同タイプ製品の中で最上位のものを選択しているため、より高スペックなCPUをご希望の場合には、ご予算の設定を含めて全体的な見直しが必要となります。

なお、Nastran、Patranの動作環境において、CPUは「Intelプロセッサーおよび互換機」が条件ですので、Intel製とAMD製との違いが動作に影響を与えることはありません。

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有限要素法解析やFDTD解析に適したPC構成を検討したい。
大まかな条件は以下の通り。

・CPU：Xeon Processor W-2225を希望
・メモリ：初期状態で128GB欲しい。将来的には256GBまで拡張したい。
・OS：なし
・使用ソフト：COMSOL、SIM4LIFE、Matlab、Pythonなど
・予算：50万円程度

Geforce RTX3060を所有しており、GPUとして使用可能か教えて欲しい。もし、RTX3060よりもNVIDIA T400の方が適しているなら提案を希望する。
また、RTX3060とT400の併用が可能であれば検討したい。

ご要望の条件に合わせて構成を検討しました。
Xeon W-2225を搭載し、メモリ容量も拡張性のある構成です。

ビデオカードは使用ソフトが3D表示などでQuadroやNVIDIA RTXシリーズを指定している場合には、NVIDIA T400などを選定する必要がありますが、そうでない場合の単純な性能はRTX3060の方が優位です。COMSOLとSIM4LIFEに当てはめて検討した際のポイントは以下のとおりです。

上記の情報から、ご提案ではお客様が所有するRTX3060を利用する形でご提案しています。
T400とRTX3060の併用も可能ですが、ご予算に収めるためにはCPUなどのスペックを下げる必要があるため、まずはRTX3060のみを利用する形としています。

SIM4LIFEがWindows用ソフトのため、OSはお客様にてWindowsOSをインストールしていただく想定です。Windows 11への対応を考え、TPMモジュールを搭載した構成です。

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建造物の耐震性などを検証するために、DIANAやPatranを用いた構造解析を行いたい。
解析時間よりも作業時間の効率化を重要視しており、要素数や接点数が多いモデルでも快適に動作するマシンを導入したい。
予算は60～70万円程度で、現状のマシンスペックは以下の通り。

DIANA FEA社公式サイトに掲載されたハードウェア要件を参考に、ご予算に合わせた構成を検討しました。
参考：CONSIDERATIONS FOR SYSTEMS RUNNING DIANA ※外部サイトに飛びます

公式サイトのハードウェア要件では、計算用ワークステーションの推奨構成としてXeon Wを搭載した構成が掲載されています。この推奨構成は、本件の予算範囲からも丁度よい構成です。弊社からのご提案では、メーカー推奨構成を踏まえつつ、お客様のご要望に合わせてスペックを調整しています。

なお、DIANAはGPGPUに非対応ですのでビデオカードは描画用途のみに利用されます。

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化学品の研究開発で素材の分子構造解析を行うため、Gaussian/Gaussviewの利用に適したマシンを導入したい。
ハード面では下記の条件を満たせば購入先にこだわりはないので、サポート対応してくれるメーカーから購入したい。

CPU：コア数が32以上であり、Xeon Gold 5220以上のスコアを持つIntel製CPU
メモリ：128GB以上 (拡張性のあることが望ましい)
Cドライブ：1TB以上のSSD
Dドライブ：1TB以上のSSD
GPU：NVIDIA Quadro P620以上のスペックで計算用途に用いられるNVIDIA製品
保守点検費用も含む

【CPUについて】
第3世代のXeon Goldを2基搭載して、合計32コアを実装しました。

■構成検討のポイント
・1つのCPUで32コア以上の製品も選択できるが、2CPU構成にした時よりもコストが上昇する場合がある。
・本事例ではコストとスペックのバランスを考慮した上で2CPU構成を採用。
・2CPU構成の場合、メモリスロットが増えるため増設の余地が大きくなる点がメリット。

ご提案ではひとまずとして条件の下限である32コアとしていますが、より多くのコア数が必要な場合にはご相談ください。

【メモリについて】
メモリは出荷時点の構成で空きスロットが8つあります。

■構成検討のポイント
・搭載しているものと同じメモリを増設することで合計256GBまで増設可能。
・初期搭載のメモリを取り外して換装すれば、最大2TBまで拡張可能。

【ビデオカードについて】
ビデオカードは現行のラインナップで指定条件に近いT1000を選択しています。

■構成検討のポイント
・「計算用途に用いられる」の指す意味によってカードの選定基準は異なる。
　→「ワークステーション向けビデオカード」の意味であれば、T1000で問題はない。
　→「GPGPUに用いられるビデオカード」の意味であれば、T1000では性能不足。

GPGPU利用を想定する場合には、適したビデオカードを選定しますので、ご相談ください。

サポートについて

保守点検に関しては、お問い合わせ時点で詳細なご要望を頂戴していませんでしたので、たたき台として「あんしん＋　5年間引き取り修理」を加えた内容でのご案内としました。
弊社の基本的な保証は引き取り修理対応となりますが、オンサイト保守やTeamViewerを利用したリモートサポートなど、お客様のご要望に合わせて保証をカスタムすることが可能です。
納入時の設置や動作確認などに関してもご相談を承っていますので、気兼ねなくお問い合わせください。

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タンパク質の立体構造を計算するツールである「AlphFold2」を使用するためのマシンを、予算100万円程度で検討したい。
他にもMOE (Molecular Operating Environment) やAutodockなどのWindowsソフトウェアを使いたいので、UbuntuとWindowsのデュアルブートを希望する。
UbuntuにはCUDA Toolkit 11をインストールして欲しい。

ご予算の範囲で検討した構成案です。
AlphaFold2の計算処理はGPU性能の影響を受ける部分が大きいことや、計算中も約2.7TBのデータベースへ頻繁にアクセスすることから、データベースを格納するストレージデバイスの性能が使用感に大きな影響を与えると考えられます。
本構成のストレージは全てSSDとしています。特に、AlphaFoldのデータベース展開用ストレージには、上記の理由からNVMe対応の4TB SSDを採用することで更にストレージ速度を高めています。

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G protein-coupled receptors,AlphaFold2,protein structure prediction,structural biology

PC-9193を見ての問い合わせ。
タンパク質立体構造予測プログラム「AlphaFold2」を利用するためのマシンを希望。
条件は以下の通り。

・CPU：Xeon Silver 程度
・メモリ：128GB以上
・ストレージ：512GB SSD M.2
・GPU：NVIDIA RTX A4500等 (ビデオメモリが多いほど良い)
・ネットワーク：1G x1ポート
・OS：Ubuntu (インストール不要)
・その他：周辺機器類は不要
・予算：100万円程度

Xeon Silver 4316を1基搭載した構成でのご提案です。
ストレージはM.2タイプのSSDですが、512GBと容量が多くありません。
仕様上、M.2スロットは1つのみとなるため、将来的に同タイプの高速ストレージの追加が難しいことをご承知おきください。
一方で、PCI-Expressには複数の空きがありますので、アドインカードタイプのNVMe対応SSDを増設することが可能です。ご希望の際には気兼ねなくご相談ください。

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