PC提案事例

声音合成の研究のため、音声言語の機械学習を目的としたマシンを導入したい。
予算60～70万円程度で、希望するマシンスペックは以下の通り。

・メモリ：64GB以上
・ストレージ：1TB SSD 以上
・ビデオカード：NVIDIA RTX3090相当
・OS：Ubuntu (使い慣れたUbuntu 18.04をインストールして欲しい)

ご相談の時点では、為替レート上昇などの影響により、ご予算内で複数台のGPUに対応した構成をご提案することが難しいため、GPU x1台に対応した構成をご用意しました。2台目のGPU増設に対応しない構成となります。

また、Ubuntu 18.04のインストールに関しては、以下の情報をお伝えし、方針をご検討いただいています。

■Point
・Ubuntu 18.04は旧Verであり、最新のハードウェア構成では動作確認ができておらず、動作を保証することが難しい。
・Ubuntu 18.04のインストールを試すこと自体は問題ない。
・致命的なハード認識エラーがなければUbuntu 18.04で出荷し、エラーが発生＆解決できない場合は20.04もしくは22.04に変更する方法はどうか。
・Ubuntu 18.04をインストールした場合、LAN周辺やCPU、ボード系の低電力関係の対応でエラーが発生する可能性が考えられる。

お客様からは「Ubuntu 18.04のインストールを試して問題がある場合には、20.04もしくは22.04に変更して構わない」とご承諾いただきましたので、本事例ではご要望に合わせたOSとしています。

また、GPUは新型のRTX4090を採用しています。
RTX4090は物理的なサイズ・発熱が大きいことから、筐体内部のエアフローに十分注意する必要があります。本事例はGPU x1台までに対応したハードウェア構成ですので、内排気タイプのRTX4090にも対応しています。そのため、ご利用ソフトウェア側でGPUに関する制限がなければ、旧製品のRTX3090よりも高い処理性能が期待できます。

参考：【動作検証】GeForce RTX4090 取り付け～OS動作検証情報 ※弊社オウンドメディア「TEGAKARI」へ飛びます

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次世代シーケンサー解析ソフト「Bioconda3」を利用するためのマシンを導入したい。
想定しているスペックは以下の通り。

・CPU：Xeon 36スレッド程度
・メモリ：ECC 64～128GB
・ストレージ：SSD 1TB + HDD 6TB
・OS：Ubuntu 20.04
・その他：Bioconda3プリインストール

Bioconda3の他にも、BWA、GATK、STAR-Fusion、SAMtools、Bedtoolsなどを利用する予定。
予算140万円の範囲で提案して欲しい。

ご要望に合わせて36スレッドのXeon Wを採用した構成にてお見積もりしました。
HDDは6TB製品がほとんど流通しておらず、入手できた場合でもコスト面でもメリットが少ないため、代替品として8TB製品を選択しています。

また、ご予算の上限には余裕がありますが、ご利用予定のソフトの中にはGPGPUを利用するものがないため、ビデオカードは画面出力のみを考慮したエントリークラスの製品としています。GPUの利用も想定する場合、より上位の製品への変更が可能です。
その他のスペックはひとまずご要望のスペックを優先した選定としていますが、ご予算上限にあわせたご提案をご希望の場合には気兼ねなくお申し付けください。

なお、Bioconda3はminiconda (Anacondaのコンパクト版) のチャンネルとして導入する形ですので、Biocondaチャンネルの登録を行った状態での出荷を想定しています。

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事例No.PC-8351を見ての問い合わせ。
機械学習および量子化学計算のシミュレーションを行うためのマシンが欲しい。
100V電源環境で利用することができて、以下の条件を満たす提案を希望する。

・CPU：可能な限り最新の世代で、高クロックでかつキャッシュが大きいもの
・メモリ：1コアあたり16GB以上
・ストレージ：SSDと1TB以上のHDDをそれぞれ搭載
・GPU：予算の範囲内で20GB以上のビデオメモリを持つ製品を複数
・電源：100V対応 消費電力によっては、電源 x2台での冗長化も視野に入れる
・予算：500万円以下

ご希望の条件に合わせて構成を検討しました。
ストレージ容量の指定条件が少なかったので、ひとまずのご提案として検討しています。
HDDは筐体内部スペースの都合で搭載できる数に制限があり、RAIDカードなどを搭載するバスが残っていないため、RAID化などには対応できないことをご承知おきください。

電源ユニットは1600W表記ではありますが、100V環境では実質的に1300W強の給電能力です。
本構成に搭載した電源 x2台は冗長化 (どちらかが壊れても動作する) を目的としたものではありませんので、どちらか片方の電源が故障した場合、システムは停止します。この点、サーバー的な安定性を考慮しない構成ですので、あくまで100V環境を優先し、なおかつシステムのダウンタイムが許容できる用途・範囲での利用が前提であることをご承知おきください。

本構成における注意点

あくまで100V対応のために電源を分けているため、消費電力は15Aを超えます。そのため、必ず別系統の電源コンセントから給電していただく必要があります。 (1コンセントからのタコ足配線利用は不可です) 電気契約も15Aでのご利用は不可となります。

また、電源やGPUなどの物理的な配置の問題で、HDDなどを追加することができない構成です。内蔵で搭載できるドライブはM.2タイプのストレージが2枚までです。

最後に、上記の通り電源を連動させて給電する構成ですので、クリティカルな用途でのご利用は避けるようお願いいたします。電源 x2の構成ではありますが、これらはリダンダントではなく給電量を確保するための連動となりますので、片方の電源が故障した場合、システムは機能しなくなるものとお考えください。

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事例No.PC-9207を見ての問い合わせ。
イヤホンやヘッドホンの開発・設計目的で、COMSOL Multiphysics用マシンの導入を検討している。
重視するポイントは動作の安定性と納期で、具体的には以下のように考えている。

・メモリ：128GBを希望 (将来的に256GBへ拡張する可能性あり)
・ストレージ：M.2タイプのSSD 512GBとS-ATAタイプのHDD 4TB
・CPU：なるべくコア数の多いもの
・予算：60万～75万円程度

納期と安定性を重視するという条件から、納入実績が多く入手性の面でも問題のない構成を検討しました。

CPUはIntel Core Xシリーズの18コア製品を選択しています。COMSOLのサポートページにおいて、Mid-range CPUの例として挙げられているXeon Wと性能面でほぼ同一のCPUであり、絶対性能の面ではPC-9207のCPUに一歩譲りますが、その分価格も下がります。なお、本構成では18コアが最大となるため、コア数増には対応していません。

参考：What hardware do you recommend for COMSOL Multiphysics？ ※COMSOLのメーカーページへ移行します

メモリに関しては、最大256GBまでの拡張に対応しています。256GB搭載でもご予算に収まりますので、メモリ容量256GBの構成でのご案内としました。

本事例はご予算にあわせた構成のため、変更を希望される場合にはお気軽にご相談ください。

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タンパク質の立体構造を解析するツール「AlphaFold2」を使用するためのマシンを検討したい。
事例No.PC-9327と同程度のマシンを考えている。

PC-9327の構成は一部パーツが終息しているため、ほぼ同一のアーキテクチャーを採用するXeon W-2200シリーズを採用した仕様で検討しました。

AlphaFold2の計算処理は、GPU性能の影響を受ける部分がかなり大きいことや、約2.7TBのデータベースに計算中も頻繁にアクセスするため、データベースを格納するストレージデバイスの性能が使用感に大きく影響します。
本構成ではコストを優先する方針で、データベース用のストレージを4TBのHDDとしていますが、速度重視の場合には事例No.PC-10260Aをご検討ください。

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G protein-coupled receptors,AlphaFold2,protein structure prediction,structural biology

タンパク質の立体構造を計算するツールである「AlphFold2」を使用するためのマシンを、予算100万円程度で検討したい。
他にもMOE (Molecular Operating Environment) やAutodockなどのWindowsソフトウェアを使いたいので、UbuntuとWindowsのデュアルブートを希望する。
UbuntuにはCUDA Toolkit 11をインストールして欲しい。

ご予算の範囲で検討した構成案です。
AlphaFold2の計算処理はGPU性能の影響を受ける部分が大きいことや、計算中も約2.7TBのデータベースへ頻繁にアクセスすることから、データベースを格納するストレージデバイスの性能が使用感に大きな影響を与えると考えられます。
本構成のストレージは全てSSDとしています。特に、AlphaFoldのデータベース展開用ストレージには、上記の理由からNVMe対応の4TB SSDを採用することで更にストレージ速度を高めています。

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第一原理計算用途で gfortran + OpenMP + LAPACK の入門機となるLinuxマシンを導入したい。
以下の条件にマッチした構成を案内して欲しい。

CPU：Ryzen 9 5900X
メモリ：32GB
GPU：安価なもの
ネットワーク：無線LAN
OS：Ubuntu
その他：極力静音な構成

■ハードウェア以外の条件 ・gfortran + OpenMP + LAPACK のセットアップ ・ウイルス対策ソフトのセットアップ ・SSHサーバセットアップおよび無線LAN固定IPアドレス設定 ・USBリカバリメディアの作成

ご要望にあわせた構成をご提案しました。
CPU以外からの発熱が低いスペックですので、筐体ファンを外してCPUクーラーのみで冷却することにより、動作音を抑えています。全てのケースファンを外した場合、実質的な動作音はCPUクーラーの音のみとなります。なお、CPUクーラーの騒音値は最大37dB(A)です。筐体自体も、静音性を重視した製品としています。
※37dB(A)は一般的に静かと呼ばれる騒音レベルです。ささやき声、静謐な住宅地の日中の音、図書館内、しとしと降る雨といった程度の音です。

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PC-9193を見ての問い合わせ。
タンパク質立体構造予測プログラム「AlphaFold2」を利用するためのマシンを希望。
条件は以下の通り。

・CPU：Xeon Silver 程度
・メモリ：128GB以上
・ストレージ：512GB SSD M.2
・GPU：NVIDIA RTX A4500等 (ビデオメモリが多いほど良い)
・ネットワーク：1G x1ポート
・OS：Ubuntu (インストール不要)
・その他：周辺機器類は不要
・予算：100万円程度

Xeon Silver 4316を1基搭載した構成でのご提案です。
ストレージはM.2タイプのSSDですが、512GBと容量が多くありません。
仕様上、M.2スロットは1つのみとなるため、将来的に同タイプの高速ストレージの追加が難しいことをご承知おきください。
一方で、PCI-Expressには複数の空きがありますので、アドインカードタイプのNVMe対応SSDを増設することが可能です。ご希望の際には気兼ねなくご相談ください。

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