- 事例No.PC-10483
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この事例は掲載から時間が経過しているため内容が古い可能性があります。
用途や特徴・要件をふまえた、最新構成でのご提案をご希望の場合は、お気軽にお問い合わせください。参考価格:
474,100円タンパク質のドメイン検索用マシン
用途:BLASTによるDNA塩基配列の検索、HMMERによるタンパク質のドメイン検索お客さまからのご相談内容
BLASTによるDNA塩基配列の検索や、HMMERによるタンパク質のドメイン検索を行うためのマシンを導入したい。
教員と複数の学生が使用し、学内の有線LAN経由でマシンにアクセスする使い方を予定している。
BLASTでのクエリ配列は数百から数千程度で、データベース配列は10万程度を予定。
HMMERによるドメイン検索は、10万程度のクエリ配列を想定している。
マシン性能が十分であれば、植物のゲノムde novo解析も行いたい。 現時点で考えているマシンスペックは以下の通り。・CPU:Intel Core i7 16コア以上
・メモリ:64GB
・ストレージ1:1TB SSD S-ATA
・ストレージ2:8TB HDD S-ATA
・ビデオカード:Geforce GT1030程度
・ネットワーク:ギガビットイーサネット対応テガラからのご提案
ご要望に合わせて構成を検討しました。
データベースはHDD 8TBへの格納を想定していますが、サイズによってはストレージ容量が不足する場合があるため、容量面で問題ないことをお客様にご確認いただいています。de novo解析の実行も可能な構成ですが、優先度の高い要件として考慮する場合には、仕様上の最大メモリ容量となる128GBを搭載するのが良いかと思われます。
また、ネットワークアクセスで利用し、研究室内で小規模な簡易サーバーとして利用するのみでしたら、本事例の構成でもコスト重視の選択として成立します。ただし、学部レベルの人数で利用する想定の場合は、明らかにスペックが不足します。
マシンの重要度や求める可用性などの条件によっては、より本格的なサーバー構成を検討いただく必要があるため、お客様にはご提案と合わせてお伝えしています。本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。主な仕様
CPU AMD Ryzen9 7950X (4.50Hz 16コア) メモリ 64GB ストレージ1 1TB SSD S-ATA ストレージ2 8TB HDD S-ATA ビデオ NVIDIA Geforce GT1030 ネットワーク on board (2.5G x1 10/100/1000Base-T x1) Wi-Fi x1 筐体+電源 ミドルタワー筐体 + 850W OS Rocky Linux 8 キーワード
・BLASTとは
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) は、DNAの塩基配列やタンパク質のアミノ酸配列のシーケンスアライメントを行う相同性検索プログラム。手元にあるシーケンスで、シーケンスデータベースもしくはライブラリに対して検索を行うことにより、ある閾値以上のスコアで類似するシーケンス群を発見することができる。参考:BLAST (NAtional Center for Biotechnology Information) ※外部サイトに飛びます
・HMMERとは
HMMERはシーケンス解析用のフリーソフトウェア。相同タンパク質またはヌクレオチド配列を特定し、シーケンスアライメントを実行する。参考:HMMER ※外部サイトに飛びます
・de novo解析とは
タンデム質量分析からペプチドのアミノ酸配列を決定する方法。参照配列を必要とせず、非モデル生物の遺伝子解析で用いられる。事例追加日:2022/12/22
- 事例No.PC-10461
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用途や特徴・要件をふまえた、最新構成でのご提案をご希望の場合は、お気軽にお問い合わせください。参考価格:
467,500円金属錯体計算用マシン
用途:科学計算用ソフトウェア「Gaussian」の利用お客さまからのご相談内容
Gaussianを使って金属錯体の計算を行いたい。想定している計算では、基本的にCPUを8コア使うことを想定している。
必要に応じて2つの計算を同時に行う場合があり、CPU全体としては合計20スレッドあれば十分。R言語による行列計算も考えている。
なお、自分自身で検討した構成は下記の通り。・CPU:Xeon W-2255 (3.70GHz 10コア) 20スレッド
・メモリ:64GB
・ストレージ:SSD 2TB S-ATA
・ビデオカード:NVIDIA T400
・OS:なし予算50万円の範囲内で、より良い構成の提案を希望する。
テガラからのご提案
ご予算の範囲内で、CPU性能がより高くなる構成をご提案しました。
CPUはRyzen 7000シリーズ最上位の16コアモデルであるRyzen9 7950X (32スレッド) を搭載した製品です。
下位モデルには12コア/24スレッドの製品もありますが、Ryzen9 7950Xの方がブーストクロック作動時の最大クロックが高く設定されているため、CPU速度を重視した選定としています。【Ryzen 7000シリーズ 12コアモデルと16コアモデルの最大クロック】
■12コア/24スレッドモデル AMD Ryzen9 7900X 4.50GHz Boost時 最大5.60GHz ■16コア/32スレッドモデル AMD Ryzen9 7950X 4.70GHz Boost時 最大5.70GHz Ryzen9 7950X とXeon W-2200シリーズとの比較で考えた場合、Xeon W-2200シリーズは発売から時間が経過していますので、後発であるRyzen9 7950Xの方がCPU自体の性能が高いとお考えください。
なお、Ryzenはコンシューマ向け製品のため、メモリ容量の上限は128GBです。Xeon W-2200シリーズのメモリ上限1TBよりも低くなりますが、想定されているメモリ容量が64GBでしたので、この点は問題にならないと判断しています。本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。検索キーワード
金属錯体計算ワークステーション,Gaussian,科学計算ソフトウェア,高性能ワークステーション提案,分子動力学シミュレーション,行列計算処理,マシン性能最適化,理論計算ツール,サイエンティフィックコンピューティング,金属錯体計算ワークステーション,数値シミュレーション,予算内高性能マシン,ハイエンドコンピューティング,化学計算,数値解析ツール,科学計算ツール,メタルコンプレックス計算,分子解析ソフトウェア,高性能ワークステーション構築,ワークステーション提案,サイエンティフィックコンピューティングマシン,理論計算,分子モデリング,化学反応計算
主な仕様
CPU AMD Ryzen9 7950X (4.50GHz 16コア) メモリ 64GB ストレージ 2TB SSD S-ATA ビデオ NVIDIA T400 ネットワーク on board (2.5G x1 10/100/1000Base-T x1) Wi-Fi x1 筐体+電源 ミドルタワー筐体 + 850W OS なし キーワード
・Gaussianとは
Gaussianは、米国のGaussian社の開発する計算化学用ソフトウェア。
電子構造や分子特性などの予測計算が可能であり、量子化学計算や分子動力学計算に限らず、様々な用途で利用される。参考:Gaussian ※外部サイトに飛びます
・Rとは
Rとはオープンソース・フリーソフトウェアの統計解析向けプログラミング言語/開発実行環境。統計処理のための計算やグラフ化で利用される。
多くのライブラリが存在するため、ライブラリを呼び出すだけで複雑な手法を扱うことができる。参考:The R Project for Statistical Computing ※外部サイトに飛びます
・ブーストクロックとは
AMD RyzenシリーズとRyzen Threadripper 2000シリーズ以降の製品に搭載されたテクノロジー「Precision Boost 2」により、クロック速度を自動的に高速化する機能。適切な温度環境やシステム環境、作業負荷やアクティブなCPUコア数など様々な要素を元に、CPUに余裕がありより強力なCPU処理能力が必要と判断された場合、自動的にクロック数がひきあげられる。参考:TAMD Ryzenテクノロジー:Precision Boost 2の性能強化 (AMD) ※外部サイトに飛びます
事例追加日:2022/12/15
- 事例No.PC-10654
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この事例は掲載から時間が経過しているため内容が古い可能性があります。
用途や特徴・要件をふまえた、最新構成でのご提案をご希望の場合は、お気軽にお問い合わせください。参考価格:
1,369,500円海流シミュレーション用マシン
用途:OpenMPを用いたFortranプログラムの実行、GNU Fortranの利用お客さまからのご相談内容
海洋の漂流物に関する研究を行うため、海流シミュレーション用マシンを導入したい。
想定スペックは以下の通り。・CPU:Xeon Gold 5320 (2.2GHz 22コア) x2または同等品
・メモリ:128GB
・ストレージ:SSD 960GB S-ATA (システム用)、HDD 8TB S-ATA (データ用)
・OS:Windows実際の計算ではOpenMPを用いたFortranプログラムを実行。コンパイラはGnu Fortranを利用する。
実施する計算プログラムは流体計算に近いため、姫野ベンチマークの結果を参考にしている。この点を踏まえて提案してもらえると嬉しい。テガラからのご提案
ご要望に合わせて、構成をご提案しました。
CPUはXeon Gold 5320ではなく、AMD Ryzen ThreadripperPRO 5975WXとしています。
■Point
・あえてXeon Gold 5320よりもコア数の低いCPUを採用した理由は、OpenMPを利用に配慮したため。・姫野ベンチマークでの傾向を見ると、コア数が多いCPUよりも、1コアあたりの能力が高いものが上位に来やすい傾向がある。
参考:Himeno Benchmark (OpenBenchmarking.org) ※外部サイトに飛びます指標とされている姫野ベンチマークの情報から、OpenMPで利用する場合には、1コアあたりの速度を優先した方が良い場合があるのではないかと考えご提案しました。
ただし、実際の処理内容や使い方によっては、CPU選びの考え方が異なる可能性がありますので、1コアあたりの速度を優先することが、必ずしも正しいとは限りません。本事例の構成は、確認できた情報の範囲での提案とお考えください。本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。主な仕様
CPU AMD Ryzen ThreadripperPRO 5975WX (3.60GHz 32コア) メモリ 128GB ストレージ1 1TB SSD S-ATA ストレージ2 8TB HDD S-ATA ビデオ NVIDIA T400 ネットワーク on board (1GbE x1 10GBase-T x1) 筐体+電源 タワー型筐体 + 1000W OS Microsoft Windows 11 Pro 64bit ■FAQ
・OpenMPとは
OpenMP (Open Multi-Processing) とは、共有メモリ型並列プログラムを作成、実行するための規格。C/C++、Fortranに対応しており、多くのコンパイラ環境で利用できるAPI。
OpenMPの実行モデルでは、各スレッドは並列領域が開始する際に生成実行され、 並列領域が終了するとマスタースレッドのみの逐次処理となる。参考:OpenMP ※外部サイトに飛びます
・Gnu Fortranとは
GNU FortranまたはGFortranは、GNU Fortran compilerの名前であり、GNUコンパイラコレクション (GCC) の一部。
g77でサポートされているほとんどの言語拡張やコンパイルオプションと互換性があり、Fortran言語の他の多くの一般的な機能拡張と互換性がある。参考:Welcome to the home of GNU Fortran ※外部サイトに飛びます
・姫野ベンチマークとは
姫野ベンチマークは理化学研究所で公開されているベンチマークソフト。
理化学研究所・情報基盤センターのセンター長である姫野龍太郎氏が非圧縮流体解析コードの性能評価のために考えたもの。参考:姫野ベンチマーク (理化学研究所) ※外部サイトに飛びます
事例追加日:2022/12/15
- 事例No.PC-10596
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この事例は掲載から時間が経過しているため内容が古い可能性があります。
用途や特徴・要件をふまえた、最新構成でのご提案をご希望の場合は、お気軽にお問い合わせください。参考価格:
423,500円NGS解析用マシン
用途:統計分析ソフトウェア「R」、画像解析ソフトウェア「WinRHIZO」の利用お客さまからのご相談内容
NGS解析用マシンの導入を考えている。
バイオインフォマティクスを専門にはしていないため、それほど高度な作業を行う予定はない。
WinRHIZOで画像解析したデータや遺伝子発現データをExcelやRなどで解析したり、シーケンスデータから定量データに計算させる処理を考えている。3Dモデルを動かすような処理は行わない。想定スペックは以下の通り。
・CPU:32スレッド程度
・メモリ:64GB
・ストレージ:SSD 1TB S-ATA
・OS:Windows
・予算:30万~50万円上記の想定スペックは知人からのアドバイスによるもので、自分自身はPCに詳しくない。
一般的な大手メーカー製PCと比べて、セットアップの手間が多いなどの問題はないか。また、購入した場合にはどのようなソフトが付属するのか知りたい。テガラからのご提案
ご要望に合わせて、構成をご提案しました。
CPUは、AMD Ryzen9 Threadripper 7950Xを選択し、32スレッド程度の条件を満たしています。
また、3Dモデルの表示や操作は行わないと伺いましたので、ビデオ出力はコストを優先してオンボードとしています。一般的な大手メーカー製マシンと比較した場合、納入後に行っていただくセットアップ内容には、それほど大きな違いはありません。しかし、弊社製PCにはセキュリティソフトの試用版などはバンドルされませんので、必要な場合にはご相談ください。
また、OS以外のソフトウェアに関しては、Windowsが標準で提供するもの以外は付属・インストールしておりません。そのため、利用予定のない多数のソフトウェアにマシンのリソースを占有されたり、煩わしいポップアップが表示されることなく、快適にお使いいただくことができます。
なお、現在のWindowsでは、DVDへの書き込みや読み込みが標準サポートされています。DVDビデオの作成や再生を行う場合には別途ソフトウェアが必要ですが、そのような用途での利用がない場合には追加のソフトウェアは不要です。本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。主な仕様
CPU AMD Ryzen9 7950X (4.50GHz 16コア) メモリ 64GB ストレージ 1TB SSD S-ATA ビデオ on board (DisplayPort x1 HDMI x1) ネットワーク on board (2.5G x1 10/100/1000Base-T x1) Wi-Fi x1 筐体+電源 ミドルタワー型筐体 + 850W OS Microsoft Windows 11 Pro 64bit キーワード
・NGS解析とは
NGS (Next Generation Sequencer:次世代シーケンサー) は、核酸 (DNAとRNA)の塩基配列情報を決定するための基盤技術。数百万のDNA分子を同時に配列決定することが可能。
NGSは高速でシークエンシングを行うことができるため、臨床サンプルの劣化の早いRNAウイルスの塩基配列同定などで用いられる。・Rとは
Rとはオープンソース・フリーソフトウェアの統計解析向けプログラミング言語/開発実行環境。統計処理のための計算やグラフ化で利用される。
多くのライブラリが存在するため、ライブラリを呼び出すだけで複雑な手法を扱うことができる。参考:The R Project for Statistical Computing ※外部サイトに飛びます
・WinRHIZOとは
WinRHIZOはRegent Instruments社による画像解析ソフトウェア。植物の根長や形態、構造、色を測定・解析を行う。参考:WinRHIZO (Regent Instruments) ※外部サイトに飛びます
事例追加日:2022/12/09
ご注文の流れ
お問い合わせフォームよりご相談内容をお書き添えの上、 お問い合わせください。 (お電話でもご相談を承っております) |
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弊社より24時間以内にメールにてご連絡します。 | |
必要に応じてメールにて打ち合わせさせていただいた上で、 メール添付にてお見積書をお送りします。 | |
お見積もり内容にご納得いただけましたら、メールにてご注文ください。 ご注文確定後、必要な部材を手配し PCを組み立てます。 (掛売りの場合、最初に新規取引票のご記入をお願いしております) |
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動作チェックなどを行い、納期が確定いたしましたらご連絡いたします。 (納期は仕様や製造ラインの状況により異なります) |
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お客様のお手元にお届けいたします (ヤマト運輸/西濃運輸) |
お支払い方法
お支払い方法は、お見積もりメール・お見積書でもご案内しています。
法人掛売りのお客様 |
原則として、月末締、翌月末日払いの後払いとなります。 |
学校、公共機関、独立行政法人のお客様 |
納入と同時に書類三点セット(見積書、納品書、請求書)をお送りしますのでご請求金額を弊社銀行口座へ期日までにお振込み願います。 先に書面での正式見積書(社印、代表者印付)が必要な場合はお知らせください。 |
企業のお客様 |
納品時に、代表者印つきの正式書類(納品書、請求書)を添付いたします。 ご検収後、請求金額を弊社銀行口座へお支払い期日までにお振込み願います。 |
銀行振込(先振込み)のお客様 |
ご注文のご連絡をいただいた後、お振込みを確認した時点で注文の確定とさせていただきます。 |
修理のご依頼・サポートについて
弊社製PCの保証内容は、お見積もりメールでもご案内しています。
■お問合せ先
テガラの取り扱い製品に関する総合サポート受付のWEBサイトをご用意しております。
テガラ株式会社 サポートサイト
※お問い合わせの際には、「ご購入前」と「ご購入後」で受付フォームが分かれておりますので、ご注意ください。
メール | support@tegara.com |
電話 | 053-543-6688 |
■テグシスのサポートについて
保証期間内の修理について
保証期間内におけるハードウェアの故障や不具合につきましては、無償で修理いたします。
ただし、お客様による破損や、ソフトウェアに起因するトラブルなど保証規定にて定める項目に該当する場合は保証対象外となります。
保証期間経過後も、PCをお預かりしての初期診断は無料で実施しております。
無料メール相談
PCの運用やトラブルにつきまして、メールでのご相談を承ります。経験・知識の豊富な技術コンサルタントが無料でアドバイスいたします。
※調査や検証が必要な場合はお答えできなかったり、有償対応となることがあります
オプション保証サービス
「あんしん+」 もしもの時の延長保証サービス |
PCのご購入時にトータル5年までの延長保証をご選択いただけます。また、ご購入後にも延長保証を申し込むことができます。
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HDD返却不要サービス |
保証期間内にPCのHDD(SSD)が故障した場合、通常、新品のHDDとの交換対応となり、故障したHDDはご返却いたしません。 |
オンサイト保守サポート | |
故障発生時、必要に応じエンジニアスタッフが現地へ訪問し、保守対応を行うサービスです。
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「お客様だけのオーダーメイドPC」を製作しています。
用途に応じた細かなアドバイスや迅速な対応がテガラの強みです。
上記の仕様はテガラでお客様に提案したPC構成の一例です。
掲載内容は提案当時のものであり、また使用する部材の供給状況によっては、現在では提供がむずかしいものや、部材を変更してのご提案となる場合がございます。
参考価格については、提案当時の価格(送料込・税込)になります。
ご相談時期によっては価格が異なる場合がございますので、あらかじめご了承ください。