- 事例No.PC-11132
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参考価格:
779,900円NGSデータ処理とマルチオミクス解析用マシン
用途:アンプリコンシーケンス解析のデータ処理・マルチオミクスの統合解析お客さまからのご相談内容
アンプリコンシーケンス解析のデータ処理とマルチオミクスの統合解析用ワークステーションの導入を考えている。
Rパッケージ (WGCNA、 lavaan、 ggplot、 arules、 imagerなど) やigraph、QIIME2を使用する予定。
写真の解析も行う予定だが、データ量としては多くない (週に450MB程度) 。CPUで処理・解析を行うことを考えているため、CPUの性能を重視している。希望する条件は以下の通り。
・CPU:性能を重視
・メモリ:128GB以上
・ストレージ:512GB程度
・OS:なし
・使用するソフトウェア:Rパッケージ (WGCNA、 lavaan、 ggplot、 arules、 imagerなど) 、igraph、QIIME2
・予算:80万円程度テガラからのご提案
お客さまご希望の条件に沿った構成をご提案しました。
2023年10月時点で最新のXeon W-2400シリーズを搭載した構成です。
ご予算内に収まる製品の中で最も上位のモデルであるIntel Xeon W5-2465X (16コア) を選択しています。
なお、Rでマルチスレッド動作を行うためには、並列化パッケージを導入する必要があります。並列化パッケージ未導入の状態でRプログラムを実行した場合はシングルスレッド動作になるため、コア数を有効に活用することができませんのでご注意ください。メモリ搭載量は128GBとしていますが、空きスロットが4スロットあるため、今後メモリを増設することも可能です。
週に450MB程度の画像解析を行う場合、それほど高いGPU性能は要求されないと考えられます。
そのため、ビデオカードはワークステーション向けのエントリーモデルであるNVIDIA T400 4GBを選択していますが、ご希望に応じて変更も可能です。
本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
いただいた条件に合わせて柔軟にマシンをご提案いたしますので、掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。主な仕様
CPU Intel Xeon W5-2465X (3.10GHz 16コア) メモリ 128GB REG ECC ストレージ 500GB SSD M.2 ビデオ NVIDIA T400 4GB ネットワーク on board (2.5GbE x1, 10GbE x1) 筐体+電源 タワー型筐体 + 1000W OS なし キーワード
・アンプリコンシーケンス解析とは
アンプリコンシーケンス解析は、特定のDNAまたはRNA領域を高速にシーケンスする分子生物学手法。特定のプライマーを使って遺伝子、遺伝子領域、またはフラグメントをPCR反応で増幅し、次世代シーケンサーでシーケンスする。微生物学、遺伝学、生態学など多くの分野で使用され、遺伝子多型、微生物の同定、疾患関連の変異、環境の多様性の調査などに応用される。得られたデータをバイオインフォマティクスツールで解析し、生物学的情報を取得する。・Omics解析とは
Omics解析は、生物学や医学の分野で広く使用されるデータ駆動型のアプローチ。Omicsとはゲノミクス、プロテオミクス、トランスクリプトミクスなど、生物学的なデータを収集・解析するための技術の総称。
Omics解析では、高スループットの実験技術や次世代シーケンシングなどの先端技術が活用される。これにより生成される大量のデータは、統計学的な手法やデータマイニングの手法を用いて解析され、疾患のメカニズム解析や新たなバイオマーカーの同定、個別化医療への応用などが可能となる。・Rとは
Rとはオープンソース・フリーソフトウェアの統計解析向けプログラミング言語/開発実行環境。統計処理のための計算やグラフ化で利用される。
多くのライブラリが存在するため、ライブラリを呼び出すだけで複雑な手法を扱うことができる。・igraphとは
igraphはグラフの作成やネットワーク分析のためのオープンソースライブラリ。C/C++、 R、 Python、 Mathematicaでのプログラミングに対応している。・QIIME2とは
QIIME2は微生物叢分析のためのオープンソースのソフトウェアパッケージ。データと分析の透明性を重視しており、専用のwebサイト「QIIME2 View」から簡単に分析データを確認することができる。プラグインによって定期的に新たな機能が追加されている。事例追加日:2023/10/31
- 事例No.PC-11238A
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参考価格:
1,045,000円WIEN2kプリインストールマシン スタンダード構成 (2023年10月版)
用途:固体の電子構造計算プログラムパッケージ「WIEN2k」の使用お客さまからのご相談内容
事例No.PC-9134Bを見ての問い合わせ。
原子力材料の高温XAFS実験を行っており、理論計算も併せて実施したい。
固体の電子構造計算プログラムパッケージ「WIEN2k」を使用して、内殻励起を扱うことを予定している。
上記の用途に最適な構成を提案してほしい。また、可能であれば、WIEN2kをプリインストールしてすぐ使える状態での納入を希望する。
テガラからのご提案
事例No.PC-9134Bをベースに、現行世代のパーツを採用した構成例です。
WIEN2kをプリインストールし、電源を入れたらすぐにWIEN2kを起動することができるターンキーシステムとしての構成をご提案しました。PC-9134Bで採用しているIntel Core i9 10980XEは世代が古いため、後継であるXeon W-2400シリーズのIntel Xeon W5-2465Xを採用しました。
Xeon W5-2465Xは16コアの製品で、WIEN2kでの並列処理に有効です。CPU以外の構成は、PC-9134Bの構成に合わせていますが、ご希望に応じて変更が可能です。
メインメモリについては、CPU 1コアあたり4GB程度を確保することが推奨されているため、メモリ容量は合計128GBとしています。
本構成からスペックアップした構成はこちらをご参照ください。
WIEN2kの詳細はこちらをご参照ください。
■WIEN2k プログラム作成元 WEBサイト
■研究開発者向け海外製品調達・コンサルテーションサービス ユニポス 「WIEN2k」本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
いただいた条件に合わせて柔軟にマシンをご提案いたしますので、掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。主な仕様
CPU Intel Xeon W5-2465X (3.10GHz 16コア) メモリ 128GB REG ECC ストレージ1 2TB SSD M.2 ストレージ2 8TB HDD S-ATA ビデオ NVIDIA T400 4GB ネットワーク on board (2.5GbE x1 /10GbE x1) 筐体+電源 タワー型筐体 + 1000W OS Ubuntu 20.04 その他 WIEN2kプリインストール キーワード
・WIEN2kとは
WIEN2kは、ウィーン工科大学 材料科学研究所の教授が開発した (L) APW+lo法によるバンド構造計算のプログラム。C-Shellスクリプトを介して相互にリンクされている数多くの独立したFortran90プログラムで構成されている。相対論効果を含んだ全電子スキームであり、多くの機能を備えている。webUIからの操作も可能。
事例追加日:2023/10/24
- 事例No.PC-11238B
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参考価格:
1,463,000円WIEN2kプリインストールマシン おすすめ構成 (2023年10月版)
用途:固体の電子構造計算プログラムパッケージ「WIEN2k」の使用お客さまからのご相談内容
事例No.PC-9134Cを見ての問い合わせ。
原子力材料の高温XAFS実験を行っており、理論計算も併せて実施したい。
固体の電子構造計算プログラムパッケージ「WIEN2k」を使用して、内殻励起を扱うことを予定している。
上記の用途に最適な構成を提案してほしい。また、可能であれば、WIEN2kをプリインストールしてすぐ使える状態での納入を希望する。
テガラからのご提案
事例No.PC-9134Cをベースに、現行世代のパーツを採用した構成例です。
WIEN2kをプリインストールし、電源を入れたらすぐにWIEN2kを起動することができるターンキーシステムとしての構成をご提案しました。PC-9134Cで採用しているIntel Xeon Gold 6326は世代が古いため、後継である第4世代Xeon ScalableシリーズのIntel Xeon Gold 6426Yを採用しました。合計32コアを搭載したデュアルCPU構成のため、WIEN2kでの高い並列性能が期待できます。
CPU以外のスペックは、PC-9134Cに合わせていますが、ご希望に応じて変更が可能です。
メインメモリについては、CPU 1コアあたり4GB程度を確保することが推奨されているため、メモリ容量は合計128GBとしています。
本構成よりコストをおさえた構成はこちらをご参照ください。
WIEN2kの詳細はこちらをご参照ください。
本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
いただいた条件に合わせて柔軟にマシンをご提案いたしますので、掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。主な仕様
CPU Intel Xeon Gold 6426Y (2.50GHz 16コア) x2 メモリ 128GB REG ECC ストレージ1 2TB SSD M.2 ストレージ2 8TB HDD S-ATA ビデオ NVIDIA T400 4GB ネットワーク on board (10GBase-T x2) 筐体+電源 タワー型筐体 + 1000W OS Ubuntu 20.04 その他 WIEN2kプリインストール キーワード
・WIEN2kとは
WIEN2kは、ウィーン工科大学 材料科学研究所の教授が開発した (L) APW+lo法によるバンド構造計算のプログラム。C-Shellスクリプトを介して相互にリンクされている数多くの独立したFortran90プログラムで構成されている。相対論効果を含んだ全電子スキームであり、多くの機能を備えている。webUIからの操作も可能。
事例追加日:2023/10/24
- 事例No.PC-11249
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参考価格:
983,400円VASP/物性研究用マシン
用途:物質科学ソフトウェア「VASP」の利用お客さまからのご相談内容
事例No.PC-10865を見ての問い合わせ。
物質科学ソフトウェア「VASP」を用いて物性研究を行いたい。
鉄などの金属とその酸化物膜、その界面に高分子を配置した系で表面の電子状態を数百ほどの原子数で計算したいと考えている。
また、将来的には第一原理分子動力学計算も視野に入れている。上記の用途に適したワークステーションを提案してほしい。
より安価に高速計算を行うことが可能な場合は、GPUで計算を行うことも検討している。
希望する条件は以下の通り。
・CPU:12コア以上(できれば18コアや24コア)
・メモリ:128GB以上
・ストレージ:1TBほどのSSD
・OS:Ubuntu
・使用するソフトウェア:VASP 6.4.2テガラからのご提案
お客さまご希望の条件に沿った構成をご提案しました。
最新の第4世代Xeon Scalableシリーズを搭載した構成です。
24コア製品のIntel Xeon W7-2495Xを選択していますが、ご希望に応じて変更することも可能です。最大200原子ほどの計算を想定して、メモリ容量は128GBとしています。
これ以上の原子数の計算をご予定の場合は、メモリ容量を256GBに拡張することもご検討ください。ストレージはご希望に沿って1TB SSD S-ATAを搭載しています。
最大2台のHDDを搭載できますので、ストレージ構成の変更をご希望の際にはお申し付けください。CPU計算仕様とGPU計算仕様の比較
CPU計算仕様とGPGPU仕様を比較した場合、高精度な計算ではGPGPU仕様が優位ですが、価格面ではCPU計算仕様が優位です。
VASPのGPGPU対応に関する公式ドキュメントでは、GPGPUを利用する際は倍精度演算(fp64)性能の高いGPUを利用することが求められています。
加えて、下記のオンラインマニュアルにはGeForceシリーズやワークステーション向けRTXシリーズなどは適していない旨が明記されています。参考:OpenACC GPU port of VASP – Vaspwiki ※外部サイトへ飛びます
fp64性能を考慮したGPUとして、NVIDIAの現行製品ではA100やH100が挙げられますが、これらの製品はカード単体で本事例のマシン価格より高額です。また、カードの冷却方式の仕様上、GPGPU専用筐体での利用が必要です。
上記のポイントを踏まえ、本事例では価格を優先したCPU計算仕様をご案内しています。
本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
いただいた条件に合わせて柔軟にマシンをご提案いたしますので、掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。主な仕様
CPU Intel Xeon W7-2495X (2.50GHz 24コア) メモリ 128GB REG ECC ストレージ 1TB SSD S-ATA ビデオ NVIDIA T400 4GB ネットワーク on board (2.5GbE x1 /10GbE x1) 筐体+電源 タワー型筐体 + 1000W OS Ubuntu 22.04 FAQ
・VASPとは
VASP (Vienna Ab initio Simulation Package) は、第一原理計算に使用される物質科学ソフトウェア。電子構造計算、分子動力学シミュレーション、熱力学的性質の予測などに使用される。密度汎関数理論 (DFT) に基づいており、固体、表面、分子など、さまざまな種類の系に対応している。参考:VASP (VASP Software GmbH) ※外部サイトへ飛びます
事例追加日:2023/10/20
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