PC提案事例

次世代シーケンサー解析ソフト「Bioconda3」を利用するためのマシンを導入したい。
想定しているスペックは以下の通り。

・CPU：Xeon 36スレッド程度
・メモリ：ECC 64～128GB
・ストレージ：SSD 1TB + HDD 6TB
・OS：Ubuntu 20.04
・その他：Bioconda3プリインストール

Bioconda3の他にも、BWA、GATK、STAR-Fusion、SAMtools、Bedtoolsなどを利用する予定。
予算140万円の範囲で提案して欲しい。

ご要望に合わせて36スレッドのXeon Wを採用した構成にてお見積もりしました。
HDDは6TB製品がほとんど流通しておらず、入手できた場合でもコスト面でもメリットが少ないため、代替品として8TB製品を選択しています。

また、ご予算の上限には余裕がありますが、ご利用予定のソフトの中にはGPGPUを利用するものがないため、ビデオカードは画面出力のみを考慮したエントリークラスの製品としています。GPUの利用も想定する場合、より上位の製品への変更が可能です。
その他のスペックはひとまずご要望のスペックを優先した選定としていますが、ご予算上限にあわせたご提案をご希望の場合には気兼ねなくお申し付けください。

なお、Bioconda3はminiconda (Anacondaのコンパクト版) のチャンネルとして導入する形ですので、Biocondaチャンネルの登録を行った状態での出荷を想定しています。

PC-9193を見ての問い合わせ。
タンパク質立体構造予測プログラム「AlphaFold2」を利用するためのマシンを希望。
条件は以下の通り。

・CPU：Xeon Silver 程度
・メモリ：128GB以上
・ストレージ：512GB SSD M.2
・GPU：NVIDIA RTX A4500等 (ビデオメモリが多いほど良い)
・ネットワーク：1G x1ポート
・OS：Ubuntu (インストール不要)
・その他：周辺機器類は不要
・予算：100万円程度

Xeon Silver 4316を1基搭載した構成でのご提案です。
ストレージはM.2タイプのSSDですが、512GBと容量が多くありません。
仕様上、M.2スロットは1つのみとなるため、将来的に同タイプの高速ストレージの追加が難しいことをご承知おきください。
一方で、PCI-Expressには複数の空きがありますので、アドインカードタイプのNVMe対応SSDを増設することが可能です。ご希望の際には気兼ねなくご相談ください。

検索キーワード
G protein-coupled receptors,AlphaFold2,protein structure prediction,structural biology

粉体挙動シミュレーションソフト（Altair EDEM）用のマシンが欲しい。
Altair EDEMの演算は基本的にGPUで行われ、GPUメモリが多いほど取り扱いできる粉体量 (粒子数) を多くすることができる。演算速度自体はFP64の性能が高いほど有利だといわれているため、GPUスペックを重視して考えたい。
全体的なスペックは、以下の内容を想定している。

・CPU：Core i9 12900K
・メモリ：DDR5 128GB
・SSD：M.2 2TB x1
・HDD：4TB x2
・GPU：RTX A6000
・OS：Windows 10 (ソフトの対応状況次第でWindows11への変更の可能性あり)
・ディスプレイ：4K、32インチ x1
・その他：十分な冷却性能 (設置箇所は冷房ありの小部屋)
・予算：200万円程度

ご検討のたたき台として、お客さま指定の要件に沿った構成をご用意しました。

Altair EDEMの動作要件に合致した構成ですが、GPUの選択に関しては注意点があります。
GPUのFP64性能が高いほうが望ましいとのご要望でしたが、ご指定のRTX A6000はFP64の実行ユニット数が少なく、FP64性能がそれほど重視されていない製品です。
FP64性能を最優先にする場合は、NVIDIA A100などの倍精度演算を明確にサポートしているGPUアクセラレーション製品が第一候補ですが、カードの仕様上、Core i9の構成と組み合わせることができないためGPGPUシステムが必要となり、コストも大きく上昇します。
RTA A6000でもソフトの利用自体は可能と考えられますので、運用方針やご予算などを含めてご検討ください。

また、冷房のある場所に設置されるとのことですので、熱管理の面では問題はないと思われますが、筐体の冷却ファンは純正の付属品よりも冷却性能の高い製品に交換しています。

OSはWindowws 11にも対応した構成ですので、将来的なOSアップグレードも問題ありません。

事例No.PC-8617Aを見ての問い合わせ。
分子シミュレーションによる立体構造モデリングや低分子化合物スクリーニングを行うためのマシンを導入したい。
ストレージはミラーリング (RAID1) が可能な構成で、23インチ程度のディスプレイとテクニカルサポートを含めた内容で提案して欲しい。

事例No.PC-8617Aをベースに検討しました。

OSは、CPUコア数の多い構成に適したWindows 10 Pro for Workstationとしています。

ストレージはご希望に合わせてRAID1に対応した構成でご用意しました。
PC-8617AではM.2 SSDでしたが、RAID1の構築に対応させるため、M.2からS-ATAに変更しています。

なお、PC-8617Aとの大きな違いは5年間の延長保証 (テクニカルサポート) の有無です。
保証内容の詳細は、下記リンクよりご確認いただけます。

参考：「あんしん＋」　もしもの時の延長保証サービス

その他の構成変更につきましても、お客様のご要望に合わせて承りますのでお気軽にご相談ください。

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分子シミュレーション用マシン,立体構造モデリング,低分子化合物スクリーニング,分子モデリングツール,高性能シミュレーション,分子シミュレーションマシン,高性能分子モデリング,2.5″リムーバブルトレイ,マルチコアプロセッサ,大容量メモリ,シミュレーションツール