- 事例No.PC-11212
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参考価格:
1,084,600円プロテオミクス解析用PC
用途:DIA-NN、 MaxQuant、 FragPipe、 Skyline、 MS-DIALなどを用いたプロテオミクス解析お客さまからのご相談内容
事例No.PC-11089を見ての問い合わせ。
プロテオミクス解析用PCの導入を検討している。
使用するソフトウェアとしては、DIA-NN、 MaxQuant、 FragPipe、 Skyline、 MS-DIALなどを予定している。
また、NGS解析など、その他のOmics解析にも使用できると望ましい。
CPUの物理コア数は多い方が良いが、ソフトウェアによっては速度も必要になるのでバランスよく構成してもらいたい。
希望する条件は以下の通り。・CPU:コア数が多いほうが好ましいが、速度とのバランスが取れた製品を希望する
・メモリ:128GB以上
・OS:Ubuntu 22.04
・使用するソフトウェア:DIA-NN 1.8.1、 MaxQuant、 FragPipe、 Skyline、 MS-DIALなど
・予算:100万円程度テガラからのご提案
ご希望条件とご利用予定のソフトウェアに適した構成をご提案しました。
ご利用予定のソフトウェアのうち、SkylineはWindows専用ソフトウェアです。そのため、Windows 11 + Ubuntu 22.04のデュアルブート構成としていますが、ご要望にあわせたOS環境をご提案しますのでお知らせください。
CPUは、2023年10月時点で最新のXeon W-2400シリーズを搭載しています。
コア数と動作速度のバランスを考え、基本動作周波数2.60GHzの20コアモデル Intel Xeon W7-2475Xを選定しています。メモリ容量は128GBですが、増設に対応していますので、より大容量のメモリが必要な場合にはご相談ください。
ストレージ構成はデュアルブートOS用の2TB M.2 SSD x2枚および、データHDDとして16TB S-ATA HDDを搭載しています。ストレージの種類や容量、搭載数などの変更も可能です。
また、ご利用予定のソフトウェアはいずれも高度な描画機能を必要としないと考えられます。そのため、ビデオカードはエントリークラスのワークステーション向け製品である NVIDIA T400 4GBを選択しています。
本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
いただいた条件に合わせて柔軟にマシンをご提案いたしますので、掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。主な仕様
CPU Intel Xeon W7-2475X (2.60GHz 20コア) メモリ 128GB REG ECC ストレージ1 2TB SSD M.2 ストレージ2 2TB SSD M.2 ストレージ3 16TB HDD S-ATA ビデオ NVIDIA T400 4GB ネットワーク on board (2.5GbE x1, 10GbE x1) 筐体+電源 タワー型筐体 + 1000W OS Microsoft Windows 11 Pro for WS 64bit OS Ubuntu 22.04デュアルブート設定 キーワード
・Omics解析とは
Omics解析は、生物学や医学の分野で広く使用されるデータ駆動型のアプローチ。Omicsとはゲノミクス、プロテオミクス、トランスクリプトミクスなど、生物学的なデータを収集・解析するための技術の総称。
Omics解析では、高スループットの実験技術や次世代シーケンシングなどの先端技術が活用される。これにより生成される大量のデータは、統計学的な手法やデータマイニングの手法を用いて解析され、疾患のメカニズム解析や新たなバイオマーカーの同定、個別化医療への応用などが可能となる。・DIA-NNとは
DIA-NNはDIA(データ非依存的分析)プロテオミクスデータ処理のためのソフトウェア。ハイスループット実験メソッドを使用し、高信頼性・堅牢・定量的に正確な大規模実験を行うことが可能。
・MaxQuantとは
MaxQuantは定量的プロテオミクスのためのソフトウェアパッケージ。大規模な質量分析データセットを分析するために設計されている。高分解能質量分析データに主軸を置いているほか、いくつかの標識法やラベルフリー定量法に対応している。
・FragPipeとは
FragPipe は、質量分析ベースのプロテオミクスデータの包括的な分析を可能にするGUI(グラフィカルユーザーインターフェース)。質量分析ベースのプロテオミクスにおけるペプチド同定のための超高速データベース検索ツールであるMSFraggerおよび、ショットガンプロテオミクスデータ解析のためのツールキットであるPhilosopherを内蔵している。
参考:FragPipe | A complete proteomics pipeline with the MSFragger search engine at heart※外部サイトに飛びます
・Skylineとは
Skylineは、ターゲットプロテオミクスおよびメタボロミクスデータ分析のためのオープンソースソフトウェア。選択反応モニタリング(SRM)、多重反応モニタリング(MRM)、並列反応モニタリング(PRM)、データ非依存性解析(DIR/SWATH)などの手法に対応している。
・MS-DIALとは
MS-DIALは、理化学研究所とカリフォルニア大学デービス校のグループによる共同研究成果として発表されたノンターゲットプロテオミクスのためのソフトウェア。ガスクロマトグラフ質量分析計 (GC/MS)とデータ非依存的タンデム質量分析計(MS/MS)の双方においてスペクトルのデコンボリューションに対応している。
事例追加日:2023/10/31
- 事例No.PC-11005
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参考価格:
1,476,200円ナノポアシーケンサー解析用マシン (2023年05月版)
用途:Guppy、Dorado、DeepVariantを利用した遺伝子解析お客さまからのご相談内容
事例No.PC-10347Bを見ての問い合わせ。
ナノポアシーケンサー解析の他、DeepLearningを用いたソフトウェア「DeepVariant」も使いたい。
以下のような構成を想定しているので、見積もりを提案して欲しい。・CPU:AMD Threadripper
・メモリ:128GB
・ストレージ;SSD (NVMeは必須ではない)
・GPU:RTX4090
・使用するソフトウェア:Guppy、Dorado、DeepVariantテガラからのご提案
CPUにThreadripperを採用した構成にてお見積もりしました。
ご提案のタイミングでは、従来のThreadripperシリーズが終息していましたので、Threadripper Proを搭載した構成としています。
CPUのコストは大きくなりますが、CPU性能が高くオールラウンドにお使いいただけます。本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。検索キーワード
医用画像DeepLearning,TensorFlow,Keras,Pytorch,CUDA Toolkit,ディープラーニングマシン,NVIDIA Geforce RTX4080,機械学習ソフトウェア,インストールなしOS,GPUメモリ容量ナノポアシーケンサー解析,Guppy,Dorado,DeepVariant,AMD Threadripper,バイオインフォマティクス,医学,生物学,デスクトップワークステーション,RNAシークエンスデータ主な仕様
CPU AMD Ryzen ThreadripperPRO 5965WX (3.80GHz 24コア) メモリ 128GB REG ECC ストレージ 2TB SSD M.2 ビデオ NVIDIA Geforce RTX4090 ネットワーク on board (1GbE x1 10GBase-T x1) 筐体+電源 タワー型筐体 + 1200W OS Ubuntu 20.04 キーワード
・Nanopore (ナノポア) とは
ナノポアはnm (ナノメートル) サイズの細孔。ナノポアシーケンサーでは、ナノポアを持つ人工膜タンパク質を用い、DNAがナノポアを通る際の電流変化から塩基配列を決定する。ナノポアシーケンサーは、従来の次世代シーケンサーよりもロングリードのDNA解析が可能である点が特長。・Guppyとは
Guppyは遺伝子配列データをグラフィカルに表示する遺伝子情報表示プログラム。配列中のタンパク質に翻訳される領域や、マーカとして知られている部位に対する注釈などをわかりやすく表示、または編集することができる。・Doradoとは
Doradoはナノポアシーケンシングで生成されたRNAシークエンスデータのアセンブルとアノテーションを行うために使用される遺伝子解析ソフトウェア。本事例公開時点ではα版でのリリースであり、完全版ではない。
RNAシークエンスデータを用いて高品質な塩基配列のアセンブルを行い、正確な転写産物の同定とアノテーションを行うことができ、ナノポアシーケンシングにおける問題である短いリード長と高いエラー率への最適化が行われている。参考:nanoporetech / dorado ※外部サイトへ飛びます
・DeepVariantとは
DeepVariantはDeepLearningを活用して高品質なゲノム変異検出を行うゲノム解析ソフトウェア。ゲノム解析のために畳み込みニューラルネットワークを使用して,DNAの塩基の変異を検出する。
オープンソースで提供されており,ゲノム研究や医療分野,遺伝カウンセリングなど様々な分野で活用されている。参考:google / deepvariant ※外部サイトへ飛びます
事例追加日:2023/05/26
- 事例No.PC-10816
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参考価格:
520,410円NGS解析&ナノポアシーケンサー解析用マシン
用途:MaSuRCAやGuppyを用いたハイブリッドアセンブリ、RNA-seq解析お客さまからのご相談内容
簡易的なNGS解析とナノポアシーケンサー解析を行う計画があり、そのためのPCを導入したい。
具体的にはMaSuRCAを利用した30Mb程度のハイブリッドアセンブリやRNA-seq解析を想定している。GPU版Guppy basecallerにも使うことができるのが理想で、それ以外に3Dモデル処理などの実施は考えていない。
OSはUbuntuを考えているが、WSLでUbuntuを使っても解析能力に大きな影響がなければ、Windows上で動かしたい。
その他に想定している内容は以下の通り。・CPU:12コア程度の製品を想定しているが、より良い提案があれば希望する
・ストレージ:SSDを希望する
・予算:50万円程度
・MaSuRCAのダウンロードページでは、ハードウェア要件として 「Bacteria (up to 10Mb): 16GB RAM, 8+ cores, 10GB disk space」の記載があるため、30MbであればPC-10596程度のスペックで動作するのではないかと考えているテガラからのご提案
ご要望の条件に合わせて構成を検討しました。
仕様は暫定ですが、MaSuRCAの公式リポジトリに掲載された動作要件のBacteriaとInsectの中間程度のスペックです。
参考:alekseyzimin / masurca ※外部サイトへ飛びます
OSはUbuntuのみをインストールする想定です。
Windows Subsystem for Linux 2 (WSL2)でのUbuntu利用
WSLでの利用に関しては、ソフトウェア自体は動作すると思われますが、解析能力への影響は避けられません。
WSLは基本的に仮想マシンですので、仮想化によるオーバーヘッドが生じます。Windowsを用意しなければならない理由が他にないようであれば、Ubuntuをネイティブに動作させる形での利用を推奨します。
その他の選択肢として、WindowsとUbuntuのデュアルブート環境を構築する方法があります。ご希望のお客様はご相談ください。また、本構成ではNVIDIA製ビデオカードを搭載しており、GuppyのGPU実行に対応しています。
本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。主な仕様
CPU AMD Ryzen9 7950X (4.50GHz 16コア) メモリ 64GB ストレージ 2TB SSD S-ATA ビデオ NVIDIA Geforce RTX3060 ネットワーク on board (2.5G x1 10/100/1000Base-T x1) Wi-Fi x1 筐体+電源 ミドルタワー筐体 + 850W OS Ubuntu 20.04 キーワード
・Guppyとは
Guppyは遺伝子配列データをグラフィカルに表示する遺伝子情報表示プログラム。配列中のタンパク質に翻訳される領域や、マーカとして知られている部位に対する注釈などをわかりやすく表示、または編集することができる。参考:GUPPY 遺伝子情報表示プログラム (産業技術総合研究所) ※外部サイトへ飛びます
・MaSuRCAとは
MaSuRCAは、高品質なペアエンド読み込みと長いリードのハイブリッドアセンブリに特化したゲノムアセンブリのためのソフトウェア。異なる読み込みタイプのデータを組み合わせてア、高速で正確なアセンブリを生成できる。参考:alekseyzimin / masurca ※外部サイトへ飛びます
・ハイブリッドアセンブリとは
ハイブリッドアセンブリとは、異なる読み込みタイプのデータを組み合わせて行うゲノムアセンブリの手法。短いペアエンド読み込みと長いリードの両方を使用することで、アセンブリの精度と連続性を向上させることができる。・WSL2とは
Windows Subsystem for Linux 2 (WSL2) はWindows上でLinux向けバイナリを実行する方法の一つ。参考:【記事】Windows Subsystem for Linux 2(WSL2)のGPUサポートについて【1/3】
参考:【記事】Windows Subsystem for Linux 2(WSL2)のGPUサポートについて【2/3】
参考:【記事】Windows Subsystem for Linux 2(WSL2)のGPUサポートについて【3/3】
事例追加日:2023/03/23
- 事例No.PC-10825
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参考価格:
2,196,700円タンパク質結合解析用マシン
用途:タンパク質・低分子化合物の結合解析お客さまからのご相談内容
アカデミックフリーのツールを用いたタンパク質・低分子化合物の結合解析を行いたい。
構造予測、ドッキングシミュレーション、量子計算、MD計算に使用する予定。
使用するソフトウェアは以下を考えている。構造予測 Alphafold2 ドッキング autodock (GNINA) / ucsf-dock 量子計算 GAMESS / firefly MD GROMACS 2022.4 AlphaFold2をローカルで構築でき、一般的な条件でGROMACSを稼働させられるスペックが必要。
メインの用途はMD計算や量子計算で、将来的にはイン・シリコ・スクリーニングへの発展を考えている。テガラからのご提案
第3世代Xeon Scalableを搭載した2CPU構成をご提案しました。
ご利用のソフトウェアにIntel APIをコンパイラとして推奨している物があることに配慮した選択です。ソフトウェアの性質にあわせたCPU・GPU選定が必要
ご連絡いただいているのソフトウェアのうち、GAMESS以外は何らかの形でGPUを利用することができますが、CPUで処理を行う部分も相応にあるため、CPUとGPUのバランスを考える必要があります。
AlphaFold2はGPUを必要とするソフトウェアで、かつ2.2TBほどの巨大なデータベースを参照するため、ストレージ性能がパフォーマンスに大きく影響します。2ndストレージとして搭載している大容量のSSDはAlphaFold2のデータベース保存を想定したものです。
AlphaFold2とそれ以外のソフトウェアとではGPUの使われ方が異なる
なお、AlphaFold2とそれ以外のソフトウェアでは、GPUの使われ方が異なり、AlphaFold2はTensorflowを基盤としたDeepLearningになりますが、他のソフトはGPUをコアプロセッサとした科学計算です。
科学計算ではGPGPUに倍精度小数点演算 (fp64) を求められることがありますが、非常に高額で専用筐体が必要になります。 利用を想定しているソフトウェアは、いずれもfp64が必須ではなくCUDAに対応したNVIDIA製GPUであれば利用可能とされているため、搭載GPUはディスプレイ出力を兼ねたビデオカードを選択しています。本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。検索キーワード
タンパク質結合解析ワークステーション,アカデミックフリーのツール,タンパク質結合予測,構造予測ソフトウェア,ドッキングシミュレーション,量子計算ソフトウェア,MD計算ワークステーション,AlphaFold2,Autodock,GNINA,UCSF Dock,GAMESS,Firefly計算,イン・シリコ・スクリーニング,タンパク質立体構造予測,第3世代Xeon Scalable,Intel APIコンパイラ,量子計算スペック,GROMACS計算,構造予測ワークステーション,タンパク質・低分子結合解析,タンパク質立体構造予測,ドッキング計算,量子化学計算,タンパク質構造解析,タンパク質相互作用解析,タンパク質化合物結合予測
主な仕様
CPU Xeon Gold 6326 (2.90GHz 16コア) x2 メモリ 256GB REG ECC ストレージ1 2TB SSD S-ATA ストレージ2 4TB SSD M.2 ビデオ Geforce NVIDIA RTX4080 x2 ネットワーク on board (1000Base-T x2) 筐体+電源 タワー型筐体 + 1600W OS なし キーワード
・AlphaFold2とは
AlphaFold2はDeepLearningによるタンパク質の立体構造予測を行うプログラム。従来の手法では、タンパク質の構造を決定するには膨大な時間とコストがかかったが、AlphaFold2は迅速かつ効率的に予測処理を行うことができる。タンパク質の構造解析は、疾患の発症メカニズムや薬剤開発における貴重な情報源となる。参考:deepmind / Alphafold ※外部サイトに飛びます
・GROMACSとは
GROMACS (Groningen Machine for Chemical Simulations) は、オランダのフローニンゲン大学で開発された分子動力学シミュレーションのパッケージ。主に、タンパク質や脂質、拡散などの生化学分子用に設計されている。参考:GROMACS ※外部サイトに飛びます
・GNINAとは
GNINAは異なるタンパク質間の相互作用や機能の関係を推定するために利用するプログラム。タンパク質の相互作用ネットワークを比較することで、タンパク質間の機能的な類似性を推定することができる。参考:gnina / gnina ※外部サイトに飛びます
・UCSF Dockとは
UCSF Dockは、タンパク質と小分子リガンドの間の相互作用を予測するためのオープンソースのドッキングプログラム。リガンドとタンパク質の分子構造情報を入力として受け取り、両者の3次元構造を解析して、最適なドッキング構造を計算する。UCSF Dockは、多くの異なる機能を持ち、タンパク質リガンド相互作用エネルギーの計算、分子動力学シミュレーション、柔軟なドッキング、および仮想スクリーニングなど、多数のドッキングタスクに適用可能。参考:UCSF Dock (The Official UCSF DOCK Web-site) ※外部サイトに飛びます
・GAMESSとは
GAMESS(General Atomic and Molecular Electronic Structure System)は、分子構造や反応に対する電子構造解析を行うための計算化学ソフトウェア。GAMESSは、量子力学に基づいた理論を用いて、分子の電子構造や反応エネルギー、スペクトルなどの物理化学的性質を計算することができる。参考:GAMESS ※外部サイトに飛びます
・Fireflyとは
Firefly (旧名PC GAMESS) は、分子構造や反応に対する電子構造解析を行うための計算化学ソフトウェア。様々な計算方法をサポートしており、HF法、DFT法、MP2法、CCSD法、CASPT2法、および多くの高次の相関法などが含まれる。これらの方法は、分子の電子状態を解析するために使用され、反応エネルギーやスペクトルなどの物理化学的性質を計算することができる。参考:Firefly computational chemistry program ※外部サイトに飛びます
・イン・シリコ・スクリーニングとは
イン・シリコ・スクリーニングは、コンピュータを用いて、大量の化合物の中から有望な化合物を選別する手法。分子の構造情報をコンピュータに入力し、化合物の相互作用や反応に関するシミュレーションを行い、大量の化合物の中から有望な候補を選び出すことができる。医薬品開発だけでなく、農薬や化粧品などの製品開発にも応用されている。事例追加日:2023/03/15
ご注文の流れ
お問い合わせフォームよりご相談内容をお書き添えの上、 お問い合わせください。 (お電話でもご相談を承っております) |
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弊社より24時間以内にメールにてご連絡します。 | |
必要に応じてメールにて打ち合わせさせていただいた上で、 メール添付にてお見積書をお送りします。 | |
お見積もり内容にご納得いただけましたら、メールにてご注文ください。 ご注文確定後、必要な部材を手配し PCを組み立てます。 (掛売りの場合、最初に新規取引票のご記入をお願いしております) |
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動作チェックなどを行い、納期が確定いたしましたらご連絡いたします。 (納期は仕様や製造ラインの状況により異なります) |
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お客様のお手元にお届けいたします (ヤマト運輸/西濃運輸) |
お支払い方法
お支払い方法は、お見積もりメール・お見積書でもご案内しています。
法人掛売りのお客様 |
原則として、月末締、翌月末日払いの後払いとなります。 |
学校、公共機関、独立行政法人のお客様 |
納入と同時に書類三点セット(見積書、納品書、請求書)をお送りしますのでご請求金額を弊社銀行口座へ期日までにお振込み願います。 先に書面での正式見積書(社印、代表者印付)が必要な場合はお知らせください。 |
企業のお客様 |
納品時に、代表者印つきの正式書類(納品書、請求書)を添付いたします。 ご検収後、請求金額を弊社銀行口座へお支払い期日までにお振込み願います。 |
銀行振込(先振込み)のお客様 |
ご注文のご連絡をいただいた後、お振込みを確認した時点で注文の確定とさせていただきます。 |
修理のご依頼・サポートについて
弊社製PCの保証内容は、お見積もりメールでもご案内しています。
■お問合せ先
テガラの取り扱い製品に関する総合サポート受付のWEBサイトをご用意しております。
テガラ株式会社 サポートサイト
※お問い合わせの際には、「ご購入前」と「ご購入後」で受付フォームが分かれておりますので、ご注意ください。
メール | support@tegara.com |
電話 | 053-543-6688 |
■テグシスのサポートについて
保証期間内の修理について
保証期間内におけるハードウェアの故障や不具合につきましては、無償で修理いたします。
ただし、お客様による破損や、ソフトウェアに起因するトラブルなど保証規定にて定める項目に該当する場合は保証対象外となります。
保証期間経過後も、PCをお預かりしての初期診断は無料で実施しております。
無料メール相談
PCの運用やトラブルにつきまして、メールでのご相談を承ります。経験・知識の豊富な技術コンサルタントが無料でアドバイスいたします。
※調査や検証が必要な場合はお答えできなかったり、有償対応となることがあります
オプション保証サービス
「あんしん+」 もしもの時の延長保証サービス |
PCのご購入時にトータル5年までの延長保証をご選択いただけます。また、ご購入後にも延長保証を申し込むことができます。
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HDD返却不要サービス |
保証期間内にPCのHDD(SSD)が故障した場合、通常、新品のHDDとの交換対応となり、故障したHDDはご返却いたしません。 |
オンサイト保守サポート | |
故障発生時、必要に応じエンジニアスタッフが現地へ訪問し、保守対応を行うサービスです。
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「お客様だけのオーダーメイドPC」を製作しています。
用途に応じた細かなアドバイスや迅速な対応がテガラの強みです。
上記の仕様はテガラでお客様に提案したPC構成の一例です。
掲載内容は提案当時のものであり、また使用する部材の供給状況によっては、現在では提供がむずかしいものや、部材を変更してのご提案となる場合がございます。
参考価格については、提案当時の価格(送料込・税込)になります。
ご相談時期によっては価格が異なる場合がございますので、あらかじめご了承ください。