PC提案事例

ビッグデータ処理やMCMC処理、Pythonによる自然言語処理 (PyTorch) 、地理情報システムによるネットワーク分析などが可能なワークステーションを導入したい。
高精度なGPUに加えて、ビッグデータ処理にも対応できるCPUが必要だと考えている。
想定しているマシンの規模は以下の通り。

Xeon W-3400シリーズの24コアモデルを搭載した構成です。
NVIDIA RTX A6000を2台搭載し、NVLink Bridgeも含めています。

メモリは、初期の128GBから将来的に1TBへ拡張する想定ですが、128GB搭載時のメモリはすべて取り外す必要があります。そのため、初期出荷時点のメモリモジュール構成はメモリ拡張を考慮せず、すべてのメモリチャネルを使い切ることを優先しています。

ストレージは暫定的な容量としています。
ビッグデータ処理での利用において、マシン本体側に必要なストレージ容量の目安をご連絡いただければ、それに合わせて変更いたします。
また、ArcGISはキャッシュ領域にストレージを利用しますので、OSやソフトウェアがインストールされるSSDはより高速なNVMe対応製品としています。

設置場所がオフィス内であることに留意し、静音性の高い筐体を採用していますが、GPGPUでビデオカードをフル稼働させた場合には、ある程度の大きさの駆動音が発生いたします。さらなる冷却性・静音性を希望される場合、オプションで静音ラックのご用意もございますので、ご相談ください。

稼働音対策をご希望のお客様には、エスアイ社製の静音ラックと合わせたご提案を承っております。 静音性を重視したマシン導入をお考えの際には、気兼ねなくご相談ください。 エスアイ社製 静音ラックの特長 [1]ユーザーの環境とマシンに合わせた専用設計のラックを提供 [2]静音性と安全放熱を高い次元で両立 [3]音響の専門技術を軸としたメーカーなので、静音性の技術力が高い [4]マシン適合の技術サービスが付帯し、安全運用を約束

なお、本事例の構成は、金額にはとらわれず性能を優先した構成です。
メモリチャネル数が8と高性能ですので、コストダウンで最初に見直すポイントはCPUやメモリ周りになると考えられます。 ご予算に応じたプラン提案につきましても、お気軽にご相談ください。

磁気共鳴機能画像法 (fMRI) で取得した動画の解析を行うため、新たにマシンを導入したい。
希望する条件は以下の通り。

CPU性能とメモリ容量を考慮して、第3世代Xeon Scalable搭載の2CPU構成をご提案しました。

OSとの兼ね合いから、CPUは32コア/64スレッドの製品としています。
Windows 10は、仕様上64コアを超える論理コア (スレッド) を認識すると、プロセッサーグループという論理コアのグループを生成します。原則として、明示的にプロセッサーグループを超えて利用できるように設計されていないアプリケーションでは、プロセッサーグループを超えて並列計算を行うことができず、MATLABもこの制限に係ります。そのため、64を超える論理コアを搭載しても、十分に活用できない状況が発生します。

参考：maxNumCompThreads (MathWorks) ※外部サイトへ飛びます

対応として、Hyperthreadingを無効化し物理コアだけにする方法、もしくは、OSをWindows 11にするという方法があります。
Windows 11では、プロセッサーグループの仕組みが変更されており、搭載する論理コア数に関わらずアプリケーションが全ての論理コアにアクセスできます。
運用方法などの面で問題がない場合には、選択肢としてご検討いただければと存じます。

参考：プロセッサ グループ (Microsoft) ※外部サイトへ飛びます

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

検索キーワード
fMRI動画解析,MATLAB,Python,Fiji,画像解析,CPU性能,メモリ容量,SPM,CONN,Windows 10

「SCONE」を用いた生体運動の予測計算や、「OpenSim」を利用した筋骨格モデルの開発・解析を行うためのマシンを導入したい。ヒトの運動に対する解析・最適化を行うことを想定している。

最適化の処理はCPUスレッドで行い、並列計算を行うCPUの速度とコア数が計算時間に直接影響することがわかっている。そのため、コア数の多い構成を希望する。
HDD容量はあまり必要ないが、リアルタイムで書き込みを行うため、処理速度の速いものを採用したい。

OSは現在の環境で安定しているWindows10を希望。
Xeon仕様で予算500～600万円程度の構成を提案して欲しい。

コア数を重視したXeon構成として、Xeon Platinum 8380(40コア)を2基搭載した構成をご提案しました。

メモリ容量の指定がございませんでしたので、マシン規模を考えて仮に512GBで設定しています。SSDは速度を優先し、M.2タイプの4TB製品を選択しています。

また、ソフトウェアの性質を考えると、一般的なレベルで画面出力できる程度のビデオ性能でよいと判断し、ローエンドタイプのビデオカードを選択しました。

OSはWindows10としていますが、Windows10自体はすでに終息していますので、ソフト側が対応している場合にはWindows11の利用を強くおすすめします。
なお、コア数がとにかくたくさん必要な場合には、Windwos10ではなくLinux系OSを利用することでEPYCを利用することができ、128コア/256スレッド構成が実現可能となります。

同じ用途・条件でのご相談で、ご予算を抑えた ThreadripperPRO 構成の事例 PC-10721A もご参照ください。

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

BLASTによるDNA塩基配列の検索や、HMMERによるタンパク質のドメイン検索を行うためのマシンを導入したい。
教員と複数の学生が使用し、学内の有線LAN経由でマシンにアクセスする使い方を予定している。
BLASTでのクエリ配列は数百から数千程度で、データベース配列は10万程度を予定。
HMMERによるドメイン検索は、10万程度のクエリ配列を想定している。
マシン性能が十分であれば、植物のゲノムde novo解析も行いたい。 現時点で考えているマシンスペックは以下の通り。

ご要望に合わせて構成を検討しました。
データベースはHDD 8TBへの格納を想定していますが、サイズによってはストレージ容量が不足する場合があるため、容量面で問題ないことをお客様にご確認いただいています。

de novo解析の実行も可能な構成ですが、優先度の高い要件として考慮する場合には、仕様上の最大メモリ容量となる128GBを搭載するのが良いかと思われます。

また、ネットワークアクセスで利用し、研究室内で小規模な簡易サーバーとして利用するのみでしたら、本事例の構成でもコスト重視の選択として成立します。ただし、学部レベルの人数で利用する想定の場合は、明らかにスペックが不足します。
マシンの重要度や求める可用性などの条件によっては、より本格的なサーバー構成を検討いただく必要があるため、お客様にはご提案と合わせてお伝えしています。

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。