- 事例No.PC-11084
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参考価格：
895,400円J-OCTA用マシン
用途：J-OCTAの利用 (COGNAC、VSOPを使った粗視化分子動力学シミュレーション)お客さまからのご相談内容
分子動力学計算のためのワークステーションを導入したい。
現在使っているワークステーションよりもスペックの良い構成を希望する。主な用途はJ-OCTAの利用で、ソフトウェアの仕様上、分子動力学解析はCPUでしか行うことができないため、CPU性能を重視して欲しい。
使用しているワークステーションのスペックと、新たに導入するワークステーションに希望する条件は以下の通り。
■既存ワークステーションのスペック
・CPU：Xeon E5-2650 x2基
・メモリ：64GB
・ストレージ：HDD 1TB (＋外付けHDD 6TB)
・ビデオカード：NVIDIA Quadro K420
・OS：Windows 8.1 Pro■新しいワークステーションの条件
・CPU：40スレッド以上が理想 もしくは クロックが2.3GHz以上
・メモリ：32GB以上
・ストレージ：1TB程度 SSDを希望
・ビデオ：既存ワークステーションと同程度
・OS：Windows 10 (J-OCTAの対応バージョン)テガラからのご提案
CPU性能を重視した構成を検討しました。
Xeon W-2400シリーズの20コアモデルを採用した構成です。
すべてのコアがHyper Threadingに対応するため、システム上では40スレッドとして扱われます。もし、CPUスペックを下げてでもコストを下げたい場合には、Core i9-13900Kという選択肢もあります。 Xeon E5-2650を上回る性能を持ち、コア数も24と多いですが、アーキテクチャの都合によりスレッド数は32となります。 コストや用途との総合的な判断になると思われますので、優先する条件にあわせ1つの選択肢としてご検討ください。
なお、Xeon E5-2650 x2基とXeon W7-2475X x1基を一般的なベンチマークソフトのスコアで比較した場合、2倍近いスコア差でW7-2475Xが優位です。
ビデオカードはQuadro K420の代替品として現行のT400を採用しています。
OSはご指定にあわせてWindows 10としています。 ご案内時点では、Windows 11への無償アップグレードが可能ですので、J-OCTAがWindows 11に対応した場合には、OSのアップグレードが可能です。この点につきましては、実際にアップグレードが必要になったタイミングで、マイクロソフト社のアナウンスをご確認いただけますようお願い致します。
本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。
検索キーワード
J-OCTAワークステーション,分子動力学計算マシン,COGNACシミュレーション,VSOP分子動力学,マルチスケールシミュレーション,マルチスケール解析,構造材料シミュレーション,マルチスケールプラットフォーム,マテリアルモデリング,分子シミュレーション,ワークステーション,材料特性予測,マルチスケールデータ解析
主な仕様
CPU Xeon W7-2475X (2.60GHz 20コア) メモリ 64GB REG ECC ストレージ1 1TB SSD S-ATA ストレージ2 8TB HDD S-ATA ビデオ NVIDIA T400 4GB MiniDisplayPort x3 ネットワーク on board (2.5GbE x1 /10GbE x1) 筐体+電源 タワー型筐体 + 1000W OS Microsoft Windows 10 Professional 64bit キーワード
・J-OCTAとは
J-OCTAは構造材料のマルチスケールシミュレーションプラットフォーム。材料の化学組成と熱処理条件を入力すると、第一原理計算に基づくマルチスケールシミュレーションにより鉄鋼材料の微視組織や特性が算出される。算出された情報はCAEの材料モデルとして利用でき、構造解析の高精度化への活用が可能。原子スケールからメゾスケールまでの広範な時間・空間スケールを解析できるため、従来に無い高精度な材料挙動を予測できる。参考：マルチスケールシミュレーションソフトウェア J-OCTA (JSOL Corporation) ※外部サイトに飛びます
事例追加日：2023/07/07
- 事例No.PC-10865
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参考価格：
646,800円材料計算用マシン
用途：最大100-200原子数程度の計算セルに対するトータルエネルギー計算・構造緩和・フォノン計算・物性計算お客さまからのご相談内容
材料計算、特に第一原理電子状態計算 (想定ソフトウェア：VASP、ABINIT)に使用する目的で、ワークステーションを導入したい。
具体的には、最大100-200原子数程度の計算セルに対するトータルエネルギー計算・構造緩和・フォノン計算・物性計算を考えている。
予算60万円程度で提案して欲しい。テガラからのご提案
ご要望の条件に合わせて構成を検討しました。
VASP、ABINITでのGPU選定
VASP、ABINITともにGPGPUに対応していますが、公式ドキュメントの情報を確認するとTESLA系統のfp64性能の高いGPGPU専用カードの利用が前提と考えられます。
本件のご予算では、これらのカードを選択することはできないため、GPU利用に固執せず構成を検討するのが良いと思われます。VASP利用時のメモリ消費量
なお、ご利用予定のソフトウェアは計算規模が大きくなるとメモリ消費量が増加します。
VASPの必要メモリ容量を計算するための考え方が公式サイトに掲載されていますので、計算内容に合わせてご確認ください。参考：Memory requirements (VASP Software GmbH) ※外部サイトへ飛びます
検索キーワード
材料計算ワークステーション,第一原理電子状態計算,VASP計算,ABINITシミュレーション,トータルエネルギー計算,構造緩和計算,フォノン計算,物性計算,材料特性予測,GPGPU対応,分子動力学解析,電子密度関数法,第一原理計算,ワークステーション,材料シミュレーション,物質科学ソフトウェア,コア数重視,材料特性計算
主な仕様
CPU Xeon W-2265 (3.50GHz 12コア) メモリ 128GB REG ECC ストレージ 1TB SSD S-ATA ビデオ NVIDIA T400 ネットワーク on board (10/100/1000Base-T x1 5G x1) 筐体+電源 ミドルタワー筐体 + 850W OS Ubuntu 22.04 その他 TPMモジュール キーワード
・VASPとは
VASP (Vienna Ab initio Simulation Package) は、第一原理計算に使用される物質科学ソフトウェア。電子構造計算、分子動力学シミュレーション、熱力学的性質の予測などに使用される。密度汎関数理論(DFT)に基づいており、固体、表面、分子など、さまざまな種類の系に対応している。参考：VASP (VASP Software GmbH) ※外部サイトへ飛びます
・ABINITとは
ABINITは、第一原理計算に使用される電子状態計算ソフトウェアの一つで、分子動力学シミュレーション、電子密度関数法、Green関数法などを用いた計算が可能。固体、表面、分子、クラスターなどの様々な物質系に対応している。密度汎関数理論 (DFT) を用いた第一原理計算を行い、電子密度やバンド構造、光学特性などの物理量を計算することができる。参考：ABINIT (The ABINIT Group.) ※外部サイトへ飛びます
事例追加日：2023/03/23
- 事例No.PC-10825
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参考価格：
2,196,700円タンパク質結合解析用マシン
用途：タンパク質・低分子化合物の結合解析お客さまからのご相談内容
アカデミックフリーのツールを用いたタンパク質・低分子化合物の結合解析を行いたい。
構造予測、ドッキングシミュレーション、量子計算、MD計算に使用する予定。
使用するソフトウェアは以下を考えている。構造予測 Alphafold2 ドッキング autodock (GNINA) / ucsf-dock 量子計算 GAMESS / firefly MD GROMACS 2022.4 AlphaFold2をローカルで構築でき、一般的な条件でGROMACSを稼働させられるスペックが必要。
メインの用途はMD計算や量子計算で、将来的にはイン・シリコ・スクリーニングへの発展を考えている。テガラからのご提案
第3世代Xeon Scalableを搭載した2CPU構成をご提案しました。
ご利用のソフトウェアにIntel APIをコンパイラとして推奨している物があることに配慮した選択です。ソフトウェアの性質にあわせたCPU・GPU選定が必要
ご連絡いただいているのソフトウェアのうち、GAMESS以外は何らかの形でGPUを利用することができますが、CPUで処理を行う部分も相応にあるため、CPUとGPUのバランスを考える必要があります。
AlphaFold2はGPUを必要とするソフトウェアで、かつ2.2TBほどの巨大なデータベースを参照するため、ストレージ性能がパフォーマンスに大きく影響します。2ndストレージとして搭載している大容量のSSDはAlphaFold2のデータベース保存を想定したものです。
AlphaFold2とそれ以外のソフトウェアとではGPUの使われ方が異なる
なお、AlphaFold2とそれ以外のソフトウェアでは、GPUの使われ方が異なり、AlphaFold2はTensorflowを基盤としたDeepLearningになりますが、他のソフトはGPUをコアプロセッサとした科学計算です。
科学計算ではGPGPUに倍精度小数点演算 (fp64) を求められることがありますが、非常に高額で専用筐体が必要になります。 利用を想定しているソフトウェアは、いずれもfp64が必須ではなくCUDAに対応したNVIDIA製GPUであれば利用可能とされているため、搭載GPUはディスプレイ出力を兼ねたビデオカードを選択しています。本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。
検索キーワード
タンパク質結合解析ワークステーション,アカデミックフリーのツール,タンパク質結合予測,構造予測ソフトウェア,ドッキングシミュレーション,量子計算ソフトウェア,MD計算ワークステーション,AlphaFold2,Autodock,GNINA,UCSF Dock,GAMESS,Firefly計算,イン・シリコ・スクリーニング,タンパク質立体構造予測,第3世代Xeon Scalable,Intel APIコンパイラ,量子計算スペック,GROMACS計算,構造予測ワークステーション,タンパク質・低分子結合解析,タンパク質立体構造予測,ドッキング計算,量子化学計算,タンパク質構造解析,タンパク質相互作用解析,タンパク質化合物結合予測
主な仕様
CPU Xeon Gold 6326 (2.90GHz 16コア) x2 メモリ 256GB REG ECC ストレージ1 2TB SSD S-ATA ストレージ2 4TB SSD M.2 ビデオ Geforce NVIDIA RTX4080 x2 ネットワーク on board (1000Base-T x2) 筐体+電源 タワー型筐体 + 1600W OS なし キーワード
・AlphaFold2とは
AlphaFold2はDeepLearningによるタンパク質の立体構造予測を行うプログラム。従来の手法では、タンパク質の構造を決定するには膨大な時間とコストがかかったが、AlphaFold2は迅速かつ効率的に予測処理を行うことができる。タンパク質の構造解析は、疾患の発症メカニズムや薬剤開発における貴重な情報源となる。参考：deepmind / Alphafold ※外部サイトに飛びます
・GROMACSとは
GROMACS (Groningen Machine for Chemical Simulations) は、オランダのフローニンゲン大学で開発された分子動力学シミュレーションのパッケージ。主に、タンパク質や脂質、拡散などの生化学分子用に設計されている。参考：GROMACS ※外部サイトに飛びます
・GNINAとは
GNINAは異なるタンパク質間の相互作用や機能の関係を推定するために利用するプログラム。タンパク質の相互作用ネットワークを比較することで、タンパク質間の機能的な類似性を推定することができる。参考：gnina / gnina ※外部サイトに飛びます
・UCSF Dockとは
UCSF Dockは、タンパク質と小分子リガンドの間の相互作用を予測するためのオープンソースのドッキングプログラム。リガンドとタンパク質の分子構造情報を入力として受け取り、両者の3次元構造を解析して、最適なドッキング構造を計算する。UCSF Dockは、多くの異なる機能を持ち、タンパク質リガンド相互作用エネルギーの計算、分子動力学シミュレーション、柔軟なドッキング、および仮想スクリーニングなど、多数のドッキングタスクに適用可能。参考：UCSF Dock (The Official UCSF DOCK Web-site) ※外部サイトに飛びます
・GAMESSとは
GAMESS（General Atomic and Molecular Electronic Structure System）は、分子構造や反応に対する電子構造解析を行うための計算化学ソフトウェア。GAMESSは、量子力学に基づいた理論を用いて、分子の電子構造や反応エネルギー、スペクトルなどの物理化学的性質を計算することができる。参考：GAMESS ※外部サイトに飛びます
・Fireflyとは
Firefly (旧名PC GAMESS) は、分子構造や反応に対する電子構造解析を行うための計算化学ソフトウェア。様々な計算方法をサポートしており、HF法、DFT法、MP2法、CCSD法、CASPT2法、および多くの高次の相関法などが含まれる。これらの方法は、分子の電子状態を解析するために使用され、反応エネルギーやスペクトルなどの物理化学的性質を計算することができる。参考：Firefly computational chemistry program ※外部サイトに飛びます
・イン・シリコ・スクリーニングとは
イン・シリコ・スクリーニングは、コンピュータを用いて、大量の化合物の中から有望な化合物を選別する手法。分子の構造情報をコンピュータに入力し、化合物の相互作用や反応に関するシミュレーションを行い、大量の化合物の中から有望な候補を選び出すことができる。医薬品開発だけでなく、農薬や化粧品などの製品開発にも応用されている。事例追加日：2023/03/15
- 事例No.PC-10461
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この事例は掲載から時間が経過しているため内容が古い可能性があります。
用途や特徴・要件をふまえた、最新構成でのご提案をご希望の場合は、お気軽にお問い合わせください。 参考価格：
467,500円金属錯体計算用マシン
用途：科学計算用ソフトウェア「Gaussian」の利用お客さまからのご相談内容
Gaussianを使って金属錯体の計算を行いたい。想定している計算では、基本的にCPUを8コア使うことを想定している。
必要に応じて2つの計算を同時に行う場合があり、CPU全体としては合計20スレッドあれば十分。R言語による行列計算も考えている。
なお、自分自身で検討した構成は下記の通り。・CPU：Xeon W-2255 (3.70GHz 10コア) 20スレッド
・メモリ：64GB
・ストレージ：SSD 2TB S-ATA
・ビデオカード：NVIDIA T400
・OS：なし予算50万円の範囲内で、より良い構成の提案を希望する。
テガラからのご提案
ご予算の範囲内で、CPU性能がより高くなる構成をご提案しました。
CPUはRyzen 7000シリーズ最上位の16コアモデルであるRyzen9 7950X (32スレッド) を搭載した製品です。
下位モデルには12コア/24スレッドの製品もありますが、Ryzen9 7950Xの方がブーストクロック作動時の最大クロックが高く設定されているため、CPU速度を重視した選定としています。【Ryzen 7000シリーズ 12コアモデルと16コアモデルの最大クロック】
■12コア/24スレッドモデル AMD Ryzen9 7900X 4.50GHz Boost時 最大5.60GHz ■16コア/32スレッドモデル AMD Ryzen9 7950X 4.70GHz Boost時 最大5.70GHz Ryzen9 7950X とXeon W-2200シリーズとの比較で考えた場合、Xeon W-2200シリーズは発売から時間が経過していますので、後発であるRyzen9 7950Xの方がCPU自体の性能が高いとお考えください。
なお、Ryzenはコンシューマ向け製品のため、メモリ容量の上限は128GBです。Xeon W-2200シリーズのメモリ上限1TBよりも低くなりますが、想定されているメモリ容量が64GBでしたので、この点は問題にならないと判断しています。本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。検索キーワード
金属錯体計算ワークステーション,Gaussian,科学計算ソフトウェア,高性能ワークステーション提案,分子動力学シミュレーション,行列計算処理,マシン性能最適化,理論計算ツール,サイエンティフィックコンピューティング,金属錯体計算ワークステーション,数値シミュレーション,予算内高性能マシン,ハイエンドコンピューティング,化学計算,数値解析ツール,科学計算ツール,メタルコンプレックス計算,分子解析ソフトウェア,高性能ワークステーション構築,ワークステーション提案,サイエンティフィックコンピューティングマシン,理論計算,分子モデリング,化学反応計算
主な仕様
CPU AMD Ryzen9 7950X (4.50GHz 16コア) メモリ 64GB ストレージ 2TB SSD S-ATA ビデオ NVIDIA T400 ネットワーク on board (2.5G x1 10/100/1000Base-T x1) Wi-Fi x1 筐体+電源 ミドルタワー筐体 + 850W OS なし キーワード
・Gaussianとは
Gaussianは、米国のGaussian社の開発する計算化学用ソフトウェア。
電子構造や分子特性などの予測計算が可能であり、量子化学計算や分子動力学計算に限らず、様々な用途で利用される。参考：Gaussian ※外部サイトに飛びます
・Rとは
Rとはオープンソース・フリーソフトウェアの統計解析向けプログラミング言語/開発実行環境。統計処理のための計算やグラフ化で利用される。
多くのライブラリが存在するため、ライブラリを呼び出すだけで複雑な手法を扱うことができる。参考：The R Project for Statistical Computing ※外部サイトに飛びます
・ブーストクロックとは
AMD RyzenシリーズとRyzen Threadripper 2000シリーズ以降の製品に搭載されたテクノロジー「Precision Boost 2」により、クロック速度を自動的に高速化する機能。適切な温度環境やシステム環境、作業負荷やアクティブなCPUコア数など様々な要素を元に、CPUに余裕がありより強力なCPU処理能力が必要と判断された場合、自動的にクロック数がひきあげられる。参考：TAMD Ryzenテクノロジー：Precision Boost 2の性能強化 (AMD) ※外部サイトに飛びます
事例追加日：2022/12/15
ご注文の流れ
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お問い合わせフォームよりご相談内容をお書き添えの上、 お問い合わせください。 （お電話でもご相談を承っております） |
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弊社より24時間以内にメールにてご連絡します。 |
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必要に応じてメールにて打ち合わせさせていただいた上で、 メール添付にてお見積書をお送りします。 |
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お見積もり内容にご納得いただけましたら、メールにてご注文ください。 ご注文確定後、必要な部材を手配し PCを組み立てます。 (掛売りの場合、最初に新規取引票のご記入をお願いしております) |
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動作チェックなどを行い、納期が確定いたしましたらご連絡いたします。 (納期は仕様や製造ラインの状況により異なります) |
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お客様のお手元にお届けいたします (ヤマト運輸/西濃運輸) |
お支払い方法
お支払い方法は、お見積もりメール・お見積書でもご案内しています。
| 法人掛売りのお客様 |
| 原則として、月末締、翌月末日払いの後払いとなります。 |
| 学校、公共機関、独立行政法人のお客様 |
| 納入と同時に書類三点セット（見積書、納品書、請求書）をお送りしますのでご請求金額を弊社銀行口座へ期日までにお振込み願います。 先に書面での正式見積書（社印、代表者印付）が必要な場合はお知らせください。 |
| 企業のお客様 |
| 納品時に、代表者印つきの正式書類（納品書、請求書）を添付いたします。 ご検収後、請求金額を弊社銀行口座へお支払い期日までにお振込み願います。 |
| 銀行振込(先振込み)のお客様 |
| ご注文のご連絡をいただいた後、お振込みを確認した時点で注文の確定とさせていただきます。 |
修理のご依頼・サポートについて
弊社製PCの保証内容は、お見積もりメールでもご案内しています。
■お問合せ先
テガラの取り扱い製品に関する総合サポート受付のWEBサイトをご用意しております。
テガラ株式会社 サポートサイト
※お問い合わせの際には、「ご購入前」と「ご購入後」で受付フォームが分かれておりますので、ご注意ください。
| メール | support@tegara.com |
| 電話 | 053-543-6688 |
■テグシスのサポートについて
保証期間内の修理について
保証期間内におけるハードウェアの故障や不具合につきましては、無償で修理いたします。
ただし、お客様による破損や、ソフトウェアに起因するトラブルなど保証規定にて定める項目に該当する場合は保証対象外となります。
保証期間経過後も、PCをお預かりしての初期診断は無料で実施しております。
無料メール相談
PCの運用やトラブルにつきまして、メールでのご相談を承ります。経験・知識の豊富な技術コンサルタントが無料でアドバイスいたします。
※調査や検証が必要な場合はお答えできなかったり、有償対応となることがあります
オプション保証サービス
| 「あんしん＋」 もしもの時の延長保証サービス |
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PCのご購入時にトータル5年までの延長保証をご選択いただけます。また、ご購入後にも延長保証を申し込むことができます。
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| HDD返却不要サービス |
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保証期間内にPCのHDD(SSD)が故障した場合、通常、新品のHDDとの交換対応となり、故障したHDDはご返却いたしません。 
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| オンサイト保守サポート | |
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故障発生時、必要に応じエンジニアスタッフが現地へ訪問し、保守対応を行うサービスです。
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「お客様だけのオーダーメイドPC」を製作しています。
用途に応じた細かなアドバイスや迅速な対応がテガラの強みです。
上記の仕様はテガラでお客様に提案したPC構成の一例です。
掲載内容は提案当時のものであり、また使用する部材の供給状況によっては、現在では提供がむずかしいものや、部材を変更してのご提案となる場合がございます。
参考価格については、提案当時の価格(送料込・税込)になります。
ご相談時期によっては価格が異なる場合がございますので、あらかじめご了承ください。
