事例No.PC-10873
参考価格:
1,466,300

自然言語処理モデル用ワークステーション

用途:BERTのFine-tuningおよびNVIDIA Clara Parabricks

お客さまからのご相談内容

手持ちのGPU x2台 (RTX A6000 2台またはA100 2台)を使用するためのマシンを購入したい。
希望する条件は以下の通り。

・100Vの電源環境で動作する構成を希望
・消費電力はできるだけ小さくしたい
・居室で使用するため、GPU使用時以外は静音が望ましい。ただし、GPU使用時の稼働音は許容する
・用途はBERTのFine-tuningおよびNVIDIA Clara Parabricks
・予算は150万円

予算は年度を超えても大丈夫だが、できるだけ早く入手できると嬉しい。

テガラからのご提案

ご要望に合わせて構成を検討しました。
消費電力を意識して、Ryzen Threadripper構成としています。

搭載するGPUはRTX A6000を想定しています。
A100はGPU本体に冷却FANがないため、GPU冷却機構を持つGPGPUサーバー用の筐体が必須となり、ご予算内での実現は難しいとお考えください。

100V環境で利用できる電源容量

電源ユニットは1600W対応品としていますが、100V環境での利用では1300W程度までが利用可能です。 入力が最大100V/15Aの交流に対して直流への変換時にロスがあり、80+の最大変換効率であるTITANIUMであっても、100%動作時の変換効率は90%です。100V/15A時は1500W x0.9として1350Wが理論上の上限となります。

上記を前提に、CPU側は極力消費電力が少ないことが望ましいと考えられるため、1CPU構成のThreadripper構成をご提案しました。 また、本構成は1CPU構成のため物理的に筐体内部スペースの余裕がありますので、200V環境で利用する場合にはRTX A6000を合計3台利用することができます。

 

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

稼働音対策をご希望のお客様には、エスアイ社製の静音ラックと合わせたご提案も承っております。
静音性を重視したマシン導入をお考えの際には、気兼ねなくご相談ください。

エスアイ社製 静音ラックの特長
[1]ユーザーの環境とマシンに合わせた専用設計のラックを提供
[2]静音性と安全放熱を高い次元で両立
[3]音響の専門技術を軸としたメーカーなので、静音性の技術力が高い
[4]マシン適合の技術サービスが付帯し、安全運用を約束
お客様の声 AIモデル開発 環境整備のためのお役立ち情報
AIモデル開発向けマシン選定のポイント 生成AIモデル開発向けマシン選定のポイント
テグシスの延長保証サービス「あんしん+」 HDD返却不要サービス

 

 

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検索キーワード
自然言語処理モデル用ワークステーション,BERT Fine-tuning,NVIDIA Clara Parabricks,GPU x2台,RTX A6000,A100,100V電源環境,消費電力,静音,予算150万円

主な仕様

CPU AMD Ryzen ThreadripperPRO 5975WX (3.60GHz 32コア)
メモリ 256GB REG ECC
ストレージ 1TB SSD M.2
ビデオ on board (VGAx1)
ネットワーク on board (1GbE x1 10GBase-T x1)
筐体+電源 タワー型筐体 + 1600W
OS Ubuntu 20.04

キーワード

・BERTとは
BERT (Bidirectional Encoder Representations from Transformers) は、Googleが開発した自然言語処理 (NLP) モデル。与えられた文脈に基づいて単語を理解することができ、言語処理における幅広いタスクに適用される。
また、BERTは事前学習とファインチューニングの2つのフェーズで構成されている。事前学習では、大規模なコーパスから学習された汎用的な言語モデルが作成される。ファインチューニングでは、特定のタスクに適用するために、小規模なデータセットから学習されたモデルが調整される。
従来のNLPモデルに比べて高い精度を示し、複雑なタスクにも対応できることが特徴で、テキスト生成、質問応答、文書分類、言語翻訳などに応用されており、NLPの分野で最も有名なモデルの1つとして広く使われている。

 

・Fine-tuningとは
Fine-tuningとは、事前学習済みの機械学習モデルを特定のタスクに適用するために、タスクに関連するデータセットを用いてモデルを微調整すること。例えば、自然言語処理の場合、大規模なコーパスから学習した汎用的な言語モデルを、特定のテキスト分類タスク (感情分析、スパム検出、トピック分類など) に適用することができる。この場合、モデルは特定の分類タスクに関連する少量のデータセットから学習され、最終的には特定のタスクに最適化される。
Fine-tuningによって、大量のデータを必要とせずに、既存の汎用的なモデルを特定のタスクに適用することができる。

 

・NVIDIA Clara Parabricksとは
NVIDIA Clara Parabricksは、GPUベースの高速なゲノム解析ソフトウェア。ゲノム解析のタスクを大幅に高速化するために、GPUアクセラレーションを利用している。
配列アラインメント、バリアントコール、ゲノムアセンブリなどのタスクに使用されるソフトで、高速な処理速度と高い精度を実現し、短い時間で大量のデータを処理することができる。
また、ハードウェアに依存しないアルゴリズムを採用しているため、様々なGPUプラットフォーム上で動作する。

参考:NVIDIA Clara Parabricks (NVIDIA) ※外部サイトへ飛びます

 

 

事例追加日:2023/04/13
事例No.PC-10876B
参考価格:
1,491,600

NGS解析用ワークステーション (予算150万円)

用途:NGS解析

お客さまからのご相談内容

NGS解析用のワークステーションを導入したい。
業務上の事情で解析内容の説明はできないが、下記の条件で見積もって欲しい。

・OS:Ubuntu (インストールなしでの出荷を希望)
・予算:100万円、150万円、200万円の3パターンでの提案を希望

テガラからのご提案

ご予算150万円想定でのお見積もりです。

CPUにはRyzen Threadripper Proを選定しています。
ご予算100万円、200万円の構成は、以下をご覧ください。

事例No.PC-10876A NGS解析用ワークステーション (予算100万円)

事例No.PC-10876C NGS解析用ワークステーション (予算200万円)

PC-10876Aと比較すると、CPUコア数の合計は同じですが、動作クロックの高いPC-10876Bの方がマシン性能が高いと言えます。
ビデオカードはUbuntuで利用できるエントリークラスの製品ですが、利用するソフトウェアがGPGPUに対応している場合には、ビデオカードをハイエンド製品に変更することで対応可能です。

お客様の声
テグシスの延長保証サービス あんしん+ HDD返却不要サービス

 

 

 

主な仕様

CPU AMD Ryzen ThreadripperPRO 5975WX (3.60GHz 32コア)
メモリ 256GB REG ECC
ストレージ1 1TB SSD S-ATA
ストレージ2 10TB HDD S-ATA
ビデオ NVIDIA T400
ネットワーク on board (1GbE x1 10GBase-T x1)
筐体+電源 タワー型筐体 + 1000W
OS なし

 

 

事例追加日:2023/03/29
事例No.PC-10825
参考価格:
2,196,700

タンパク質結合解析用マシン

用途:タンパク質・低分子化合物の結合解析

お客さまからのご相談内容

アカデミックフリーのツールを用いたタンパク質・低分子化合物の結合解析を行いたい。
構造予測、ドッキングシミュレーション、量子計算、MD計算に使用する予定。
使用するソフトウェアは以下を考えている。

構造予測 Alphafold2
ドッキング autodock (GNINA) / ucsf-dock
量子計算 GAMESS / firefly
MD GROMACS 2022.4

AlphaFold2をローカルで構築でき、一般的な条件でGROMACSを稼働させられるスペックが必要。
メインの用途はMD計算や量子計算で、将来的にはイン・シリコ・スクリーニングへの発展を考えている。

テガラからのご提案

第3世代Xeon Scalableを搭載した2CPU構成をご提案しました。
ご利用のソフトウェアにIntel APIをコンパイラとして推奨している物があることに配慮した選択です。

ソフトウェアの性質にあわせたCPU・GPU選定が必要

ご連絡いただいているのソフトウェアのうち、GAMESS以外は何らかの形でGPUを利用することができますが、CPUで処理を行う部分も相応にあるため、CPUとGPUのバランスを考える必要があります。

AlphaFold2はGPUを必要とするソフトウェアで、かつ2.2TBほどの巨大なデータベースを参照するため、ストレージ性能がパフォーマンスに大きく影響します。2ndストレージとして搭載している大容量のSSDはAlphaFold2のデータベース保存を想定したものです。

AlphaFold2とそれ以外のソフトウェアとではGPUの使われ方が異なる

なお、AlphaFold2とそれ以外のソフトウェアでは、GPUの使われ方が異なり、AlphaFold2はTensorflowを基盤としたDeepLearningになりますが、他のソフトはGPUをコアプロセッサとした科学計算です。
科学計算ではGPGPUに倍精度小数点演算 (fp64) を求められることがありますが、非常に高額で専用筐体が必要になります。 利用を想定しているソフトウェアは、いずれもfp64が必須ではなくCUDAに対応したNVIDIA製GPUであれば利用可能とされているため、搭載GPUはディスプレイ出力を兼ねたビデオカードを選択しています。

 

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

お客様の声 AIモデル開発 環境整備のためのお役立ち情報
AIモデル開発向けマシン選定のポイント 材料工学・マテリアル研究向けマシン選定のポイント
テグシスの延長保証サービス「あんしん+」 HDD返却不要サービス

 

 

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検索キーワード
タンパク質結合解析ワークステーション,アカデミックフリーのツール,タンパク質結合予測,構造予測ソフトウェア,ドッキングシミュレーション,量子計算ソフトウェア,MD計算ワークステーション,AlphaFold2,Autodock,GNINA,UCSF Dock,GAMESS,Firefly計算,イン・シリコ・スクリーニング,タンパク質立体構造予測,第3世代Xeon Scalable,Intel APIコンパイラ,量子計算スペック,GROMACS計算,構造予測ワークステーション,タンパク質・低分子結合解析,タンパク質立体構造予測,ドッキング計算,量子化学計算,タンパク質構造解析,タンパク質相互作用解析,タンパク質化合物結合予測

主な仕様

CPU Xeon Gold 6326 (2.90GHz 16コア) x2
メモリ 256GB REG ECC
ストレージ1 2TB SSD S-ATA
ストレージ2 4TB SSD M.2
ビデオ Geforce NVIDIA RTX4080 x2
ネットワーク on board (1000Base-T x2)
筐体+電源 タワー型筐体 + 1600W
OS なし

キーワード

・AlphaFold2とは
AlphaFold2はDeepLearningによるタンパク質の立体構造予測を行うプログラム。従来の手法では、タンパク質の構造を決定するには膨大な時間とコストがかかったが、AlphaFold2は迅速かつ効率的に予測処理を行うことができる。タンパク質の構造解析は、疾患の発症メカニズムや薬剤開発における貴重な情報源となる。

参考:deepmind / Alphafold ※外部サイトに飛びます

 

・GROMACSとは
GROMACS (Groningen Machine for Chemical Simulations) は、オランダのフローニンゲン大学で開発された分子動力学シミュレーションのパッケージ。主に、タンパク質や脂質、拡散などの生化学分子用に設計されている。

参考:GROMACS ※外部サイトに飛びます

 

・GNINAとは
GNINAは異なるタンパク質間の相互作用や機能の関係を推定するために利用するプログラム。タンパク質の相互作用ネットワークを比較することで、タンパク質間の機能的な類似性を推定することができる。

参考:gnina / gnina ※外部サイトに飛びます

 

・UCSF Dockとは
UCSF Dockは、タンパク質と小分子リガンドの間の相互作用を予測するためのオープンソースのドッキングプログラム。リガンドとタンパク質の分子構造情報を入力として受け取り、両者の3次元構造を解析して、最適なドッキング構造を計算する。UCSF Dockは、多くの異なる機能を持ち、タンパク質リガンド相互作用エネルギーの計算、分子動力学シミュレーション、柔軟なドッキング、および仮想スクリーニングなど、多数のドッキングタスクに適用可能。

参考:UCSF Dock (The Official UCSF DOCK Web-site) ※外部サイトに飛びます

 

・GAMESSとは
GAMESS(General Atomic and Molecular Electronic Structure System)は、分子構造や反応に対する電子構造解析を行うための計算化学ソフトウェア。GAMESSは、量子力学に基づいた理論を用いて、分子の電子構造や反応エネルギー、スペクトルなどの物理化学的性質を計算することができる。

参考:GAMESS ※外部サイトに飛びます

 

・Fireflyとは
Firefly (旧名PC GAMESS) は、分子構造や反応に対する電子構造解析を行うための計算化学ソフトウェア。様々な計算方法をサポートしており、HF法、DFT法、MP2法、CCSD法、CASPT2法、および多くの高次の相関法などが含まれる。これらの方法は、分子の電子状態を解析するために使用され、反応エネルギーやスペクトルなどの物理化学的性質を計算することができる。

参考:Firefly computational chemistry program ※外部サイトに飛びます

 

・イン・シリコ・スクリーニングとは
イン・シリコ・スクリーニングは、コンピュータを用いて、大量の化合物の中から有望な化合物を選別する手法。分子の構造情報をコンピュータに入力し、化合物の相互作用や反応に関するシミュレーションを行い、大量の化合物の中から有望な候補を選び出すことができる。医薬品開発だけでなく、農薬や化粧品などの製品開発にも応用されている。

事例追加日:2023/03/15
事例No.PC-10797
参考価格:
1,094,500

森林資源解析用マシン

用途:ドローン空撮によるオルソ画像作成や点群データによる森林資源解析

お客さまからのご相談内容

自社の所有する森林資源を維持管理するため、管理山林全体をドローンで空撮しオルソ画像を作成したり、点群データによる森林資源解析を行いたい。そのためのマシンを予算100万円程度で提案して欲しい。

対象となるエリアは数十~数百haと広いことに加えて、森林資源解析のためには解像度の高い写真を扱う必要がある。しかし、現在利用しているPCでSfM処理を行うと完了までに3~4日かかるので、処理速度を向上させたい。
以前にSfM処理を行った際の条件は以下の通り。

【以前にSfM処理を行った際の条件】

・ドローン:DJI Mavic2Pro
・写真の画素数:2000万画素
・画像解像度:約3cm
・ソフトウェア:Metashape 超高密クラウドの品質は「高」、深度マップ「中」
・オーバーラップ率縦横90%で約100haの空撮
・15000枚の画像処理を実施

【現在利用しているPCのスペック】

・CPU:Intel Xeon Gold 6128
・メモリ:128GB
・GPU:Geforce GTX1080

同様の処理を数百ha単位で実施する必要があり、安定して処理することのできるPCを希望する。

テガラからのご提案

パーツの世代差による性能の向上

現在お使いのマシンは、初代Xeon Scalableの1CPU構成ですので、後継に当たる第3世代Xeon Scalableを搭載した1CPU構成にてご提案しました。
CPUのランクはGoldからSilverに下がっていますが、世代やCore数の差によりベンチマークソフトウェアでの総合スコアは2倍以上優位な製品です。 MetashapeはCPU処理が並列化されているので、コア数とクロックを比較する場合にはXeon Gold 6128のようなクロック特化モデルではなく、コア数を優先したCPU選定が良いと思われます。

ビデオカードは、最新世代のRTX4000シリーズからGeforce  RTX4080を選択しています。
現在お使いのマシンのビデオカードと比べると、性能差はCPU以上に大きいとお考えください。

メモリ容量は全体のバランスを考慮して選定

メモリは、ご予算内で全体のバランスを取った場合、256GBが上限となります。
処理の規模を考えると、本来は512GBまで確保できるのが理想ですが、現在お使いのマシンの128GBでも時間はかかったものの処理自体は行うことができているため、この容量としています。

世代差による性能UPと実施する処理の規模

総合的なポテンシャルにつきましては、現在のマシンよりもCPUとGPU性能が2倍以上に向上していますので、同じ処理を今よりも早く完了させることができる構成です。しかし、そもそもの処理の規模がかなり大きいため、ある程度の時間を要することを想定する必要があります。

 

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

 

 

 

主な仕様

CPU Xeon Silver 4314 (2.40GHz 16コア)
メモリ 256GB
ストレージ1 1TB SSD S-ATA
ストレージ2 4TB HDD S-ATA
ビデオ NVIDIA Geforce  RTX4080
ネットワーク on board (1000Base-T x2)
筐体+電源 ミドルタワー筐体 + 1000W
OS Microsoft Windows 11 Professional 64bit
その他 TPMモジュール

キーワード

・オルソ画像とは
オルソ画像は、写真上の像の位置ズレをなくし、ドローンなどで撮影した航空写真を地図と同じように真上から見た傾きのない正しい大きさと位置に表示される画像に変換(=正射変換)した画像。カメラから対象物までの距離や地形の高低差による変形を補正し、形状・位置が正しく配置された画像であるため、地理情報システム (GIS) などにおいて位置/面積/距離などを正確に計測することが可能。地図データなどと重ね合わせて利用できる地理空間情報である。

 

・Metashapeとは
Metahsapeは、写真 (静止画像) から高品質な3Dモデルを構築できるソフトウェア。
基本的な機能を搭載したStandard Editionと、より多くの機能を搭載するProfessional Editionが存在し、 Professional版では航空写真などから3次元GISコンテンツを作成することも可能。
Metashapeライセンスはユニポスにて取り扱っています。

参考:Metashape (Agisoft) ※弊社研究開発者向け海外製品調達・コンサルテーションサービス「ユニポス」のWEBサイトに飛びます

 

事例追加日:2023/03/08

ご注文の流れ

お問い合わせフォームよりご相談内容をお書き添えの上、 お問い合わせください。
(お電話でもご相談を承っております)
弊社より24時間以内にメールにてご連絡します。
必要に応じてメールにて打ち合わせさせていただいた上で、 メール添付にてお見積書をお送りします。
お見積もり内容にご納得いただけましたら、メールにてご注文ください。
ご注文確定後、必要な部材を手配し PCを組み立てます。
(掛売りの場合、最初に新規取引票のご記入をお願いしております)
動作チェックなどを行い、納期が確定いたしましたらご連絡いたします。
(納期は仕様や製造ラインの状況により異なります)
お客様のお手元にお届けいたします (ヤマト運輸/西濃運輸)

お支払い方法

お支払い方法は、お見積もりメール・お見積書でもご案内しています。

法人掛売りのお客様
原則として、月末締、翌月末日払いの後払いとなります。
学校、公共機関、独立行政法人のお客様
納入と同時に書類三点セット(見積書、納品書、請求書)をお送りしますのでご請求金額を弊社銀行口座へ期日までにお振込み願います。
先に書面での正式見積書(社印、代表者印付)が必要な場合はお知らせください。
企業のお客様
納品時に、代表者印つきの正式書類(納品書、請求書)を添付いたします。
ご検収後、請求金額を弊社銀行口座へお支払い期日までにお振込み願います。
銀行振込(先振込み)のお客様
ご注文のご連絡をいただいた後、お振込みを確認した時点で注文の確定とさせていただきます。

修理のご依頼・サポートについて

弊社製PCの保証内容は、お見積もりメールでもご案内しています。

■お問合せ先
テガラの取り扱い製品に関する総合サポート受付のWEBサイトをご用意しております。
テガラ株式会社 サポートサイト

※お問い合わせの際には、「ご購入前」と「ご購入後」で受付フォームが分かれておりますので、ご注意ください。

メール support@tegara.com
電話 053-543-6688

■テグシスのサポートについて
保証期間内の修理について

保証期間内におけるハードウェアの故障や不具合につきましては、無償で修理いたします。
ただし、お客様による破損や、ソフトウェアに起因するトラブルなど保証規定にて定める項目に該当する場合は保証対象外となります。
保証期間経過後も、PCをお預かりしての初期診断は無料で実施しております。

無料メール相談
PCの運用やトラブルにつきまして、メールでのご相談を承ります。経験・知識の豊富な技術コンサルタントが無料でアドバイスいたします。
※調査や検証が必要な場合はお答えできなかったり、有償対応となることがあります

オプション保証サービス

「あんしん+」 もしもの時の延長保証サービス

PCのご購入時にトータル5年までの延長保証をご選択いただけます。また、ご購入後にも延長保証を申し込むことができます。
延長を申し込みいただきますと、標準保証と同等の保証を期間満了まで受けることができます。
なお、PCの仕様によっては料金が異なる場合があります。

延長保証あんしん+ ご加入のタイミング
※仕様によっては保証期間の延長ができない場合があります。

HDD返却不要サービス

保証期間内にPCのHDD(SSD)が故障した場合、通常、新品のHDDとの交換対応となり、故障したHDDはご返却いたしません。
しかしこの「HDD返却不要サービス」にご加入いただければ、保証期間内にHDD(SSD)が故障した場合には新品のHDDをご提供いたしますが、故障したHDDを引き渡していただく必要はありません。お客さまの大切なデータの入ったHDDをお手元に保管しておくことができます。

オンサイト保守サポート

故障発生時、必要に応じエンジニアスタッフが現地へ訪問し、保守対応を行うサービスです。
発送にかかる手間、時間を短縮できますので、緊急性の高い保守に最適です。

費用ご参考(目安)
本体+延長保証代金の10%~
※ 製品の性質や価格帯、条件等により異なります。
★TEGSYS オンサイト保守利用規約はこちら (pdf)
お客様のご要望をうかがい、最適なPCの構成をご提案する
「お客様だけのオーダーメイドPC」を製作しています。
用途に応じた細かなアドバイスや迅速な対応がテガラの強みです。

上記の仕様はテガラでお客様に提案したPC構成の一例です。
掲載内容は提案当時のものであり、また使用する部材の供給状況によっては、現在では提供がむずかしいものや、部材を変更してのご提案となる場合がございます。

参考価格については、提案当時の価格(送料込・税込)になります。
ご相談時期によっては価格が異なる場合がございますので、あらかじめご了承ください。