- 事例No.PC-10792
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参考価格：
1,996,500円fMRI動画解析用マシン
用途：MATLAB、Python、Fijiなどの利用お客さまからのご相談内容
磁気共鳴機能画像法 (fMRI) で取得した動画の解析を行うため、新たにマシンを導入したい。
希望する条件は以下の通り。・MATLABやPython、Fijiなどを用いた画像解析を想定している。
・MATLABではParallel Computingを利用するため、CPU性能を重視。
・単一データの容量が4GB程度なので、メモリ容量も重視。
・その他、SPMやCONNも日常的に利用している。
・DeepLearningは想定していない。
・OSはWindows 10。
・予算は200万円程度。テガラからのご提案
CPU性能とメモリ容量を考慮して、第3世代Xeon Scalable搭載の2CPU構成をご提案しました。
OSとの兼ね合いから、CPUは32コア/64スレッドの製品としています。
Windows 10は、仕様上64コアを超える論理コア (スレッド) を認識すると、プロセッサーグループという論理コアのグループを生成します。原則として、明示的にプロセッサーグループを超えて利用できるように設計されていないアプリケーションでは、プロセッサーグループを超えて並列計算を行うことができず、MATLABもこの制限に係ります。そのため、64を超える論理コアを搭載しても、十分に活用できない状況が発生します。参考：maxNumCompThreads (MathWorks) ※外部サイトへ飛びます
対応として、Hyperthreadingを無効化し物理コアだけにする方法、もしくは、OSをWindows 11にするという方法があります。
Windows 11では、プロセッサーグループの仕組みが変更されており、搭載する論理コア数に関わらずアプリケーションが全ての論理コアにアクセスできます。
運用方法などの面で問題がない場合には、選択肢としてご検討いただければと存じます。参考：プロセッサ グループ (Microsoft) ※外部サイトへ飛びます
本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。
検索キーワード
fMRI動画解析,MATLAB,Python,Fiji,画像解析,CPU性能,メモリ容量,SPM,CONN,Windows 10主な仕様
CPU Xeon Gold 6326 (2.90GHz 16コア) x2 メモリ 512GB REG ECC (32GB x16) ストレージ1 1TB SSD M.2 ストレージ2 7.68TB SSD U.2 ビデオ NVIDIA T1000 ネットワーク on board (1000Base-T x2) 筐体+電源 タワー型筐体 + 850W OS Microsoft Windows 10 Pro 64bit キーワード
・MATLABとは
MATLABは工学・理学・経済学など幅広い分野でのデータ解析やアルゴリズム開発、モデル作成で使用される数値解析用ソフトウェアかつ、内部で使用するプログラミング言語の名称でもある。参考：MATLAB (MathWorks) ※外部サイトに飛びます
・Pythonとは
Pythonは、Python Software Foundation (PSF) が著作権を保持する、オブジェクト指向プログラミング言語。プログラミングの構文がシンプルなため可読性が高く、また目的に応じたライブラリやフレームワークといったコンポーネントが豊富に揃っていることも特徴。プログラミングの初学者から上級者に至るまで人気のある言語。参考：Python ※外部サイトに飛びます
参考：【特集記事】プログラミング言語 Python その人気の理由は？- Python プログラミングを加速するツールたち ※弊社オウンドメディア「TEGAKARI」に飛びます
・Fijiとは
Fijiはオープンソースの画像処理用ソフトウェア。科学的な画像分析に適した多数のプラグインがバンドルされている。参考：Fiji ※外部サイトに飛びます
・プロセッサーグループとは
CPUを安定動作させるための制限。
1つのプロセスがCPU全てを使ってしまうことがないように、リソースを制限する手段。・SPMとは
SPM (Statistical parametric mapping)は、機能的な神経画像データの分析を支援するソフトウェア。MATLABで作成されたフリーソフトウェアとして配布されている。参考：SPM (University College London) ※外部サイトに飛びます
・CONNとは
CONNは、fMRIにおける機能的結合の計算、表示、および分析を行うためのMATLABベースのクロスプラットフォームイメージングソフトウェア。参考：CONN toolbox ※外部サイトに飛びます
事例追加日：2023/02/02
- 事例No.PC-10721B
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参考価格：
5,580,300円SCONEやOpenSimの利用に適したマシン (予算500万～600万円)
用途：生体運動予測計算ソフトウェア「SCONE」、筋骨格モデルの開発・解析用ソフトウェア「OpenSim」お客さまからのご相談内容
「SCONE」を用いた生体運動の予測計算や、「OpenSim」を利用した筋骨格モデルの開発・解析を行うためのマシンを導入したい。ヒトの運動に対する解析・最適化を行うことを想定している。
最適化の処理はCPUスレッドで行い、並列計算を行うCPUの速度とコア数が計算時間に直接影響することがわかっている。そのため、コア数の多い構成を希望する。
HDD容量はあまり必要ないが、リアルタイムで書き込みを行うため、処理速度の速いものを採用したい。OSは現在の環境で安定しているWindows10を希望。
Xeon仕様で予算500～600万円程度の構成を提案して欲しい。テガラからのご提案
コア数を重視したXeon構成として、Xeon Platinum 8380(40コア)を2基搭載した構成をご提案しました。
メモリ容量の指定がございませんでしたので、マシン規模を考えて仮に512GBで設定しています。SSDは速度を優先し、M.2タイプの4TB製品を選択しています。
また、ソフトウェアの性質を考えると、一般的なレベルで画面出力できる程度のビデオ性能でよいと判断し、ローエンドタイプのビデオカードを選択しました。
OSはWindows10としていますが、Windows10自体はすでに終息していますので、ソフト側が対応している場合にはWindows11の利用を強くおすすめします。
なお、コア数がとにかくたくさん必要な場合には、Windwos10ではなくLinux系OSを利用することでEPYCを利用することができ、128コア/256スレッド構成が実現可能となります。同じ用途・条件でのご相談で、ご予算を抑えた ThreadripperPRO 構成の事例 PC-10721A もご参照ください。
本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。主な仕様
CPU Xeon Platinum 8380 (2.30GHz 40コア) x2 メモリ 512GB REG ECC (32GB x16) ストレージ 4TB SSD M.2 ビデオ NVIDIA T400 ネットワーク on board (1000Base-T x2) 筐体+電源 タワー型筐体 + 1000W OS Microsoft Windows 10 Pro 64bit キーワード
・SCONEとは
SCONEは人間と動物の動きを予測シミュレーションするためのオープンソースソフトウェア。
歩行速度やエネルギー効率など、特定のタスクを最適に遂行するための神経筋コントローラを定義し、最適化することができる。参考：Welcome to SCONE ※外部サイトに飛びます
・OpenSimとは
OpenSimは神経骨格系のモデリング、シミュレーション、制御、分析を行うためのソフトウェア。
ユーザーが筋骨格構造のモデルを開発し、動きの動的なシミュレーションを作成することができる。参考：OpenSim ※外部サイトに飛びます
事例追加日：2023/01/10
- 事例No.PC-9233
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この事例は掲載から時間が経過しているため内容が古い可能性があります。
用途や特徴・要件をふまえた、最新構成でのご提案をご希望の場合は、お気軽にお問い合わせください。 参考価格：
3,906,947円CFD解析用マシン (80コア仕様)
用途：CFD解析、並列計算お客さまからのご相談内容
CFD解析専用のマシンとして、Xeon仕様の40コア以上 (希望は80コア) のマシンを導入したい。
多くの計算を並列で実行するため、コア数は多ければ多いほど良い。
希望スペックとして、OSはUbuntuで、メモリは512GB、ストレージはSSD 1TBとHDD 8TBを希望。
wifi対応で、27インチの液晶ディスプレイも付けて欲しい。テガラからのご提案
お客様のご希望に合わせて、80コア仕様でのお見積もりをご提案しました。
CPUのコストが大きい構成ですが、ご予算を優先する場合には40コア仕様に変更することで、コストダウンが可能です。
実際の計算とご予算とのバランスによって、選択肢が異なるかと存じますので、お気軽にご相談ください。
主な仕様
CPU Xeon Platinum 8380 (2.30GHz 40コア) ×2 メモリ 512GB ECC REG ストレージ1 1TB SSD S-ATA ストレージ2 8TB HDD S-ATA ビデオ NVIDIA T600 ネットワーク on board (1000Base-T x2) 筐体+電源 タワー型筐体 + 1000W OS Ubuntu 20.04 ディスプレイ 27型ワイド液晶ディスプレイ その他 無線LAN拡張カード 事例追加日：2021/11/05
- 事例No.PC-9226
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この事例は掲載から時間が経過しているため内容が古い可能性があります。
用途や特徴・要件をふまえた、最新構成でのご提案をご希望の場合は、お気軽にお問い合わせください。 参考価格：
1,452,000円気象環境・流体シミュレーション用マシン
用途：WRF-Chem、OpenFOAMお客さまからのご相談内容
WRF-Chemを用いた気象環境シミュレーションとOpenFOAMを用いた流体シミュレーションを行うためのマシンを導入したい。
CPUはXeonを希望で、WRFをインストールする都合上、OSはRedhatもしくはCentOS系がいいと考えている。
予算は160万円程度。
現在、2コア仕様のXeon ×8台でのLinuxクラスタ (13年ほど前に導入) を使用しているので、それを上回る性能のマシンが望ましい。テガラからのご提案
現在ご利用のクラスタは1ノードあたり2コアですので、8ノード分のCPUコアを確保するだけであれば、1CPU構成でも対応可能です。本件ではご予算に余裕がありますので、既存マシンの2倍の 2ソケット 32コア構成 としています。
なお、既存マシンについてはノードあたりのメモリ搭載量が不明でしたが、世代を考慮すると多くても1ノードあたり32GB程度だと推測されます。そのため、本構成では、32GB ×8台分の2倍となる512GBのメモリを搭載しています。
CPUコアとメモリのバランスについては、現在のクラスタの構成と比較しつつご検討いただく想定ですので、ご要望に合わせて変更いたします。
その他の構成は暫定的なものとしていますが、ビデオカードはWRF-Chemがポスト処理で解析結果の可視化を行うことができるため、ある程度の性能を持ったエントリークラスの製品を選択しています。
WRF-ChemはLinuxディストリビューションに依存しないソフトウェアだと思われますので、本構成ではUbuntu 20.04としています。また、OpenFOAMはUbuntuで簡便にインストールできます。主な仕様
CPU Xeon Gold 6326 (2.90GHz 16コア) ×2 メモリ 512GB ECC REG ストレージ1 1TB SSD S-ATA ストレージ2 8TB HDD S-ATA ビデオ NVIDIA T1000 ネットワーク on board (1000Base-T x2) 筐体+電源 タワー筐体 + 1000W OS Ubuntu 20.04 その他 Intel oneAPI(Base Toolkit + HPC Toolkit) Free版 本事例はRADIC 2CPU Modelをベースにしています。
スペック変更による概算価格のシミュレーションはこちらからご確認いただけます。
※RADICのモデルチェンジ等の理由により、事例の構成と同一のスペックを選択できない場合があります。
おそれ入りますが、予めご承知おきください。検索キーワード
CFD,OpenFOAM,Two phase flow,Run up,Undertow current,Turbulent separated flows,Viscoelastic flow,Planar contraction,Fluid mechanics,ViscoelasticFluidFoam,Computational fluid dynamics,Population balance,Multiphase Flow,Nonlinear wave–structure interactions,Wave loading,Spectral decomposition,Focused waves,NewWave,VOF phase-fraction,Wave-structure interaction,Shape optimization事例追加日：2021/10/18
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