PC提案事例

GROMACS・LAMMPSなどのソフトウェアを用いた量子化学計算・分子動力学計算用コンピュータ・クラスターの導入を検討している。
ワークステーション (ノード) が並列化されたシステムから構成され、3ノード以上かつ、全コア数が60以上の構成を提案して欲しい。

ノードのうち1台にはRTX A6000などの分子動力学計算用GPUを搭載したい。

ソフトウェアに関しては、GAMESS、 LAMMPS、 GROMACS、 RadonPy、 ERmodの使用を予定している。
上記のソフトウェアをプリインストールし、PBSでジョブ管理が可能な状態で納入してほしい。
また、LAMMPS・GROMACSについてはGPUを利用したジョブ実行ができることが好ましい。

具体的な各ノード構成の希望は以下の通り。

4台構成のコンピュータ・クラスター

お客さまのご要望に合わせて、
管理ノード + GPU搭載計算ノード + GPU非搭載計算ノード x2の合計4台構成
でクラスターを構成しました。

管理ノードは共有ストレージを兼用し、20TB HDD S-ATA x5枚でRAID5を構成しています。
計算クラスターとしては、1ノードあたり56コア x3台で、合計で168コアのクラスターシステムです。
また、GPU搭載計算ノードにはNVIDIA RTX A6000 48GB GDDR6を搭載しています。

各ノード・UPS・ネットワークスイッチは42Uのサーバラックに収納し、現地での設置作業を含める形でご提供しています。
なお、各ノード間は10GbEネットワークスイッチを介して接続しています。

ジョブ管理が可能な状態でのソフトウェアセットアップ

お客様のご要望にあわせて、GAMESS、 LAMMPS、 GROMACS、 RadonPy、 ERmodをプリインストールしています。
LAMMPS・GROMACSは、GPUを利用した計算を行うことができるようにセットアップしています。
また、管理ノードにPBSをインストールし、各ノードへの計算リソース配分が行えるよう設定しています。

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
いただいた条件に合わせて柔軟にマシンをご提案いたしますので、掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

Ansys Fluentが出来るだけ高速に動くワークステーション構成を提案してほしい。

GPUは手持ちのNVIDIA Quadro RTX 6000を搭載したい。
また、将来的にはグラフィックカードを合計2枚搭載する可能性もあるため、2枚のグラフィックカードに対応したハードウェア構成と、100V環境における最大容量の電源を搭載したい。
コストよりも能力と安定性を重視したいと考えている。

希望する条件は以下の通り。

お客さまご希望の条件に沿った構成をご提案しました。

AMD EPYCとOSの対応

128コアを搭載する場合、EPYCの採用が必要となりますが、EPYCはWindows11 Proに対応していません。
Windows Serverであれば対応していますが、コア数ベースのライセンスのため、OSが非常に高額となってしまいます。

Windows11に対応したAMD Ryzen ThreadripperPRO

そのため、ご希望のOSであるWindows 11 Proに対応しているAMD Ryzen ThreadripperPRO 5000シリーズを搭載した構成をご案内しました。
AMD Ryzen ThreadripperPRO 5995WXは64コア/128スレッドの製品のため、スレッド単位であれば128の並列計算を行うことも可能です。

電源容量は1500Wを選択しています。
なお、1500Wは200V環境で使用した際の最大出力で、100V環境では最大で1300W程度の出力です。
また、本構成は2枚のグラフィックカードを搭載することが可能な構成です。

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
いただいた条件に合わせて柔軟にマシンをご提案いたしますので、掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

Stata/MP (12コア) 、 R、 Python等でのデータ解析・シミュレーション用マシンの導入を検討している。将来的には機械学習を行うことも考えている。
予算100万円程度で、用途に適した構成を提案してほしい。

解析等に用いるデータや生成物はすべて外付けのメディアに保存するため、大容量ストレージを搭載する必要はない。
また、解析のために1日以上継続してマシンを稼働させることがあるが、頻繁に長時間稼働させることはない。
ワークステーションではないマシンでもこのような運用を行うことができれば、コンシューマー向けの構成を希望する。

加えて、12コアライセンスのStataを使用予定だが、どの程度のコア数のCPUが適しているかを教えてほしい。

その他の希望条件は以下を想定している。

お客さまのご希望条件に合わせて構成を検討しました。

計算用途におけるコンシューマー向け構成の利用

ご予定の運用方法を踏まえて、コンシューマー向けの構成にてご提案しています。
コンシューマー向けの構成を1日連続稼働させると直ちに故障するといったことはありませんが、長時間の計算を頻繁に行う場合には、ECCメモリに対応したワークステーションを利用することで信頼性を高めることができます。
反対に、最長で24時間程度しか連続稼働させない場合には、コストパフォーマンスを重視してワークステーション向けではない構成を利用することも有用な選択肢です。

ライセンスの契約コア数とCPUコア数の選び方

CPUはRyzen 7000シリーズのRyzen9 7950X (16コア) を選択しています。
12コアしか搭載していないCPU において、ライセンス上の最大数である12コア全てでStataを稼働させた場合、CPUのリソースを使い切ることになり、並行して別の作業を行う際に影響が出る可能性があります。
そのため、16コアモデルのCPUを選択し、リソースに余裕を持たせていますが、Stataの稼働中に他の操作を行わない場合は12コアモデルに変更することも可能です。

また、機械学習での利用予定がある点を踏まえて、ビデオカードはCUDAを使用する想定でハイエンドのワークステーション向けグラフィックボード NVIDIA RTX A5000を選定しています。ビデオカードはご希望に応じて変更できますので、気兼ねなくお申し付けください。

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
いただいた条件に合わせて柔軟にマシンをご提案いたしますので、掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

PC-10619を見ての問い合わせ。
疫学データを用いて、将来の健康の予測モデル構築や測定項目間の因果探索を実施している。
予算280万円以内で、可能な限り処理速度の速いPCを提案してほしい。

解析環境にはPythonを使用しており、パッケージとしてはRandomForest、LightGBM、LiNGAM、pgmpyを使用することが多い。扱っているデータは最大で1万行×1万列であり、現状計算に非常に時間を要している。

使用するパッケージにGPU性能は必要ないため、現状ではGPU性能は重視していないが、将来的には深層学習の実施や、より大規模なデータを取り扱うことを考えている。そのため、ビデオカードが増設可能な拡張性のあるマザーボードが好ましい。

希望する条件は以下の通り。

お客様ご希望の条件に沿った構成をご提案しました。
お問い合わせ事例PC-10619の構成をベースに、さらにスケールアップした構成です。
具体的には、並列処理性能の向上のため、CPUを上位モデルに変更し、メモリ搭載量を倍増しています。

ビデオカードの優先度は低いとのことでしたが、CPUを最上位品にしてもご予算に余裕があることに加えて、将来的にDeepLearningを実施する予定があるとうかがいましたので、ハイエンドモデルであるNVIDIA Geforce RTX4090 24GBを選択しました。

Geforce RTX4090 24GB は16,384基のCUDAコア、512基の第4世代Tensorコア、24GBのGDDR6X VRAMを搭載しているため、DeepLearningへの活用が期待できます。DeepLearningへの対応が必要ない場合は変更も可能です。

マザーボードに関しては、拡張性を確保した選定を行っています。
具体的な拡張予定のご要望がありましたら、それに合わせた構成の調整も可能ですのでお申し付けください。

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
いただいた条件に合わせて柔軟にマシンをご提案いたしますので、掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

検索キーワード
健康予測モデル構築,疫学データ分析,健康予測ツール,健康データ解析,データ駆動の予測モデル,Pythonデータ解析,データ科学ソリューション,AMD Ryzen ThreadripperPRO,ハイパフォーマンスPC,ディープラーニング対応PC,ビッグデータ解析PC,Windows 11 Professional,データ解析ワークステーション,NVIDIA Geforce RTX4090,高性能ワークステーション,拡張性のあるマザーボード,疫学研究,ランダムフォレスト,LightGBM,LiNGAM,pgmpy,ディープラーニング予備,ビッグデータ解析ソフトウェア