PC提案事例

NGS解析用マシンの導入を考えている。
バイオインフォマティクスを専門にはしていないため、それほど高度な作業を行う予定はない。
WinRHIZOで画像解析したデータや遺伝子発現データをExcelやRなどで解析したり、シーケンスデータから定量データに計算させる処理を考えている。3Dモデルを動かすような処理は行わない。

想定スペックは以下の通り。

上記の想定スペックは知人からのアドバイスによるもので、自分自身はPCに詳しくない。
一般的な大手メーカー製PCと比べて、セットアップの手間が多いなどの問題はないか。また、購入した場合にはどのようなソフトが付属するのか知りたい。

ご要望に合わせて、構成をご提案しました。

CPUは、AMD Ryzen9 Threadripper 7950Xを選択し、32スレッド程度の条件を満たしています。
また、3Dモデルの表示や操作は行わないと伺いましたので、ビデオ出力はコストを優先してオンボードとしています。

一般的な大手メーカー製マシンと比較した場合、納入後に行っていただくセットアップ内容には、それほど大きな違いはありません。しかし、弊社製PCにはセキュリティソフトの試用版などはバンドルされませんので、必要な場合にはご相談ください。

また、OS以外のソフトウェアに関しては、Windowsが標準で提供するもの以外は付属・インストールしておりません。そのため、利用予定のない多数のソフトウェアにマシンのリソースを占有されたり、煩わしいポップアップが表示されることなく、快適にお使いいただくことができます。
なお、現在のWindowsでは、DVDへの書き込みや読み込みが標準サポートされています。DVDビデオの作成や再生を行う場合には別途ソフトウェアが必要ですが、そのような用途での利用がない場合には追加のソフトウェアは不要です。

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

PC-8850Bの遺伝子発現解析用マシン (2022年9月版) を見ての問い合わせ。

ゲノムデータや統計解析を使用した計算を行うためのマシンが欲しい。
SNP (スニップ/一塩基多型) という遺伝子型の情報を使い、遺伝子的能力の推定を行う予定。
具体的には、1万x1万以上の行列を処理するため、大容量のメモリが必要。

現在使用中のマシンスペックは以下の通り。

使用しているプログラムはBLUPF90。
複数の計算を処理するにあたって、64GBメモリでは不足気味であることが分かっている。

その他、将来的にはPythonを用いた16S リボソームRNAのデータ解析や、畜産のビッグデータを使用した機械学習も予定している。

OSは使い慣れたWindowsを希望。ストレージ容量は4TB以上が必須。
PCに詳しくないので具体的な要望を出すことは難しいが、予算内でできる限り高スペックなマシンを提案して欲しい。

ご覧いただいた事例No.PC-8850Bをベースに、構成を変更してご提案しました。

CPUは、コア数とクロックのバランスのよいThreadripperPRO 5975WXを選定しました。
また、メモリは余裕をみて256GBとしています。現在お使いのマシンの4倍に相当する容量ですので、同じ処理を比較的余裕を持って実施できる想定です。

その他、将来的に機械学習の手法を取り入れる可能性があることを考慮し、機械学習で利用されることの多いハイエンドGPUを搭載しています。機械学習の実装にも種類がありますので、NVIDIA GPUに対応するGPGPUフレームワークやCUDA Toolkitを介したプログラムを利用しない、またはそれほど本格的に取り組む想定ではない場合には、必ずしもこのGPUである必要はありませんので、安価な製品に変更することで価格を抑えることができます。

なお、ご利用中のMac Proと比較するとパーツの世代差が大きいため、性能の向上を体感できる構成です。

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

検索キーワード
遺伝的能力推定,ゲノムデータ解析,SNP (スニップ/一塩基多型),メモリ容量,BLUPF90,16SリボソームRNA解析,機械学習,Windows OS,ストレージ容量,ThreadripperPRO

次世代シーケンサー解析ソフト「Bioconda3」を利用するためのマシンを導入したい。
想定しているスペックは以下の通り。

・CPU：Xeon 36スレッド程度
・メモリ：ECC 64～128GB
・ストレージ：SSD 1TB + HDD 6TB
・OS：Ubuntu 20.04
・その他：Bioconda3プリインストール

Bioconda3の他にも、BWA、GATK、STAR-Fusion、SAMtools、Bedtoolsなどを利用する予定。
予算140万円の範囲で提案して欲しい。

ご要望に合わせて36スレッドのXeon Wを採用した構成にてお見積もりしました。
HDDは6TB製品がほとんど流通しておらず、入手できた場合でもコスト面でもメリットが少ないため、代替品として8TB製品を選択しています。

また、ご予算の上限には余裕がありますが、ご利用予定のソフトの中にはGPGPUを利用するものがないため、ビデオカードは画面出力のみを考慮したエントリークラスの製品としています。GPUの利用も想定する場合、より上位の製品への変更が可能です。
その他のスペックはひとまずご要望のスペックを優先した選定としていますが、ご予算上限にあわせたご提案をご希望の場合には気兼ねなくお申し付けください。

なお、Bioconda3はminiconda (Anacondaのコンパクト版) のチャンネルとして導入する形ですので、Biocondaチャンネルの登録を行った状態での出荷を想定しています。