- 事例No.PC-11089
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参考価格:
600,600円シングルセルRNA-seq解析用マシン (2023年07月版)
用途:Cell Rangerの利用お客さまからのご相談内容
シングルセルRNA-seq用にPCを導入したい。
現在はMacを利用しており、DockerでLinux環境を作りCell Rangerを起動しているが、処理にとても時間がかかっている。
Linuxマシンで、60万円程度の構成を提案して欲しい。スペックの条件としては、メモリ128GB以上を希望する。
テガラからのご提案
主な仕様
CPU Core i9-13900KS (3.20GHz 8コア + 2.40GHz 16コア) メモリ 128GB ストレージ1 2TB SSD M.2 ストレージ2 16TB HDD S-ATA ビデオ NVIDIA T400 4GB MiniDisplayPort x3 ネットワーク on board (2.5GBase-T x1) Wi-Fi x1 筐体+電源 タワー型筐体 + 850W OS Ubuntu 22.04 ■キーワード
・シングルセルRNA-seqとは
シングルセルRNA-seqは個々の細胞レベルで遺伝子発現を解析可能にする技術。細胞のトランスクリプトームマッピングを行うことで、細胞間の違いを明らかにする。同種の細胞でも個々に微細な違いがあるため、このような解析手法が必要とされる。活用としては、例えばがん細胞内の異質性の解明や細胞分化のプロセス解明などが期待される。また、少ない量のRNAからの解析が可能であり、細密な解析に利用されている。・Cell Rangerとは
Cell Rangerは10x Genomics社によるソフトウェアパイプラインの1種。シングルセルRNAシークエンスデータの処理、クラスタリング、遺伝子表現量の量化を行うことができる。 10x Genomics Chromeを使って生成されたシングルセルRNAシークエンスデータを処理したり、 遺伝子表現クラスタリングを行いシングルセルのサブポピュレーションを同定することが可能。その他、バーチャルリファレンスにマッピングし遺伝子を量化しての表現行列作成にも対応。事例追加日:2023/07/14
- 事例No.PC-11067
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参考価格:
666,600円脳波測定用マシン
用途:VRを使用した実験、E-Primeを用いた実験お客さまからのご相談内容
脳波測定の実験を行うためのPCをリプレースしたい。
現在使用しているPCのスペックよりも高性能な構成を希望する。・CPU:Core i7-7700
・メモリ:16GB
・ストレージ:SSD 250GB、HDD 1TB
・ビデオ:NVIDIA Geforce GTX1080OSはWindows10を使用。また、外部機器との接続のため、シリアルポートとパラレルポートが各1ポート必要。
対応可能な構成を提案してほしい。テガラからのご提案
現在ご利用のPCスペックを踏襲しつつ、性能が高くなる構成を検討しました。
CPUには同じCore i7の最新版を選択し、メモリやストレージ容量を増やしてあります。ビデオカードはご利用PCのGTX1080と同じ「x080」ランクを引き継いで、RTX4080としています。世代の違いでスペックがかなり上がっていますので、VR側の表示能力に対して過剰スペックである場合には、RTX4070に変更するプランも考えられます。
パラレルポートについては、現在では古い世代の規格に属するものであり、最新仕様でパラレルポートを標準搭載しているマザーボードはございません。そのため、本事例では追加カードの搭載で対応しています。
シリアルポートはマザーボード上にオンボードのピンコネクタからPC背面に延長したポート x1つと、パラレルポート増設カードに搭載されているポート x1つがありますので、合計2ポート用意しています。
刺激のトリガーを受けるためのI/Oになると思われますので、利用予定のWindowsで認証 (WHQL) の取れている製品を選定しています。I/Oポートは拡張カードでの対応ですので、本体スペックの条件が変わってもある程度対応できる想定です。
ご予算や、用途 (例えば、VRで必要なスペック)など、ご希望に合わせて構成を検討させていただきます。本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。主な仕様
CPU Core i7-13700 (2.10GHz 8コア + 1.50GHz 8コア) x2 メモリ 32GB ストレージ1 1TB SSD M.2 ストレージ2 4TB HDD S-ATA ビデオ NVIDIA Geforce RTX4080 ネットワーク on board (2.5GBase-T x1) Wi-Fi x1 筐体+電源 タワー型筐体 + 1000W OS Microsoft Windows 10 Professional 64bit その他 追加パラレルポート x1,シリアルポート x2 ■キーワード
・パラレルポートとは
パラレルポートはコンピュータと周辺機器を接続するためのインターフェース規格の一種。1980年代から1990年代に広く使われ、プリンター、スキャナー、外付けストレージなどを接続に使われた。 Centronicsインターフェースとも呼ばれ、データ転送速度は最大5Mbps程度。 現在ではUSBやネットワーク接続が主流となり、パラレルポートはほとんど使われなくなった。・シリアルポートとは
シリアルポートはコンピュータと周辺機器を接続するためのインターフェース規格。1本のデータ線を使って1ビットずつデータを転送する。RS-232C規格で知られ、1980年代から広く使われた。 マウス、モデム、ターミナルなどに使われ、外部機器を直接PCに接続した。現在ではほとんど使われなくなったが、後方互換性や専用機器向けに一部で残っている。 シリアルポートは簡潔ながら安定した通信インターフェースとして、コンピュータが一般家庭向けに普及するまで重要な役割を果たした。その後高速で使いやすいUSBに置き換えられていった。事例追加日:2023/06/23
- 事例No.PC-11009
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参考価格:
618,200円Omics解析用マシン
用途:R (R Studio)やPython、Jupyterを用いたOmics解析お客さまからのご相談内容
Omics解析のためのPCを検討している。
これまでは一般的なノートPCを使って解析を行っていたが、解析可能なデータ量や処理にかかる時間などの問題から、専用PCを購入したいと考えている。
サンプル解析は外注に依頼しており、導入するPCでは生データからの解析を主とする予定。
以下の条件で提案を希望する。
・CPU:Core i7 もしくはCore i9
・メモリ:64GB
・ストレージ:2TB
・ビデオ:Geforceでデュアルディスプレイに対応したそれなりのカード
・OS:Windows
・その他:32型程度のディスプレイ
・使用ソフト:R (R Studio)、Python、Jupyter
・予算:60万円程度デュアルディスプレイで使いたいが、同様の使い方をするユーザーに適したディスプレイ環境があれば教えて欲しい。
テガラからのご提案
CPUでの処理を前提とした構成をご提案しました。
Core i9-13900KはCore i7-13700Kよりもコア数が多く、1コアあたりのBoost上限も向上するため、1計算あたりの速度に対してメリットがあります。GPUはご予算から逆算し、GPUアクセラレーションも可能なものとしておりますが、画面出力のみを目的とする場合はローエンドモデルに変更し、コストを下げることも可能です。
ディスプレイは物理的なサイズと表示領域のバランスを考慮してWQHD対応モニタを選定いたしました。
本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。主な仕様
CPU Core i9-13900K (3.00GHz 8コア + 2.20GHz 16コア) メモリ 64GB ストレージ 2TB SSD M.2 ビデオ NVIDIA Geforce RTX4070 12GB ネットワーク on board (2.5GBase-T x1) Wi-Fi x1 筐体+電源 ミドルタワー筐体 + 850W OS Microsoft Windows 11 Professional 64bit その他 32型ワイドディスプレイ WQHD ■キーワード
・Omics解析とは
Omics解析は、生物学や医学の分野で広く使用されるデータ駆動型のアプローチ。Omicsとはゲノミクス、プロテオミクス、トランスクリプトミクスなど、生物学的なデータを収集・解析するための技術の総称。
Omics解析では、高スループットの実験技術や次世代シーケンシングなどの先端技術が活用される。これにより生成される大量のデータは、統計学的な手法やデータマイニングの手法を用いて解析され、疾患のメカニズム解析や新たなバイオマーカーの同定、個別化医療への応用などが可能となる。・Rとは
Rとはオープンソース・フリーソフトウェアの統計解析向けプログラミング言語/開発実行環境。統計処理のための計算やグラフ化で利用される。
多くのライブラリが存在するため、ライブラリを呼び出すだけで複雑な手法を扱うことができる。参考:The R Project for Statistical Computing ※外部サイトに飛びます
・Rstudioとは
RstudioはRを使用するための統合開発環境。直感的で使いやすいユーザーインターフェースを提供し、プロジェクト管理機能、コードエディター、コードの自動補完、構文のハイライト、デバッガー、プロファイラー、マークダウン文書のサポート、パッケージの管理機能、グラフィックのインタラクティブな表示機能などの多彩な機能を備えている。参考:RSTUDIO IDE (Posit) ※外部サイトに飛びます
・Pythonとは
Pythonは、Python Software Foundation (PSF) が著作権を保持する、オブジェクト指向プログラミング言語。プログラミングの構文がシンプルなため可読性が高く、目的に応じたライブラリやフレームワークといったコンポーネントが豊富に揃っていることも特徴。プログラミングの初学者から上級者に至るまで人気の言語。参考:Python ※外部サイトに飛びます
参考:【特集記事】プログラミング言語 Python その人気の理由は?- Python プログラミングを加速するツールたち ※弊社オウンドメディア「TEGAKARI」に飛びます
・Jupyterとは
Jupyterはインタラクティブなコンピューティング用のオープンソースソフトウェア。名前の由来は、Jupyterによってサポートされている3つのコアプログラミング言語である「Julia」「Python」「R」から。バリエーションとして、Jupyter NotebookやJupyterLabという2つの主要なバリエーションが存在する。参考:Jupyter ※外部サイトに飛びます
事例追加日:2023/06/02
- 事例No.PC-10999
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参考価格:
698,500円シングルセルRNA-seq解析用マシン (2023年05月版)
用途:PythonやRを利用したRNA-seq解析お客さまからのご相談内容
Windows Subsystem for Linuxを使用して、PythonやRを用いたシングルセルRNA-seq解析を実施したい。
FastQCデータからQC (Quality Control)、マッピング、定量、データ解析まで実施する予定。
現状のマシンでは、処理の実施から完了までに24時間程度かかっているため、処理時間を短縮したい。
RのParallelパッケージは使用していないので、クロック数を重視する構成が望ましい。テガラからのご提案
ご要望に合わせて構成を検討しました。
コア数よりもクロック数を重視した構成が望ましいとのことから、Core i9-13900KSを用いた構成としております。Core i9-13900KSは発熱が大きいため、本構成のCPUクーラーは通常よりも大きいサイズに換装しています。
もし、RのParallelパッケージを使用している場合や、同時に走らせる計算数を増やしたい場合には、AMDのCPU(ThreadripperPRO)を用いた構成も選択肢に入ります。その場合は、計算数や規模に合わせたメモリ容量の設定も合わせてご検討ください。
本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。主な仕様
CPU Core i9-13900KS (3.20GHz 8コア + 2.40GHz 16コア) メモリ 128GB ストレージ1 4TB SSD M.2 ストレージ2 16TB HDD S-ATA ビデオ NVIDIA T400 4GB MiniDisplayPort x3 ネットワーク on board (2.5GBase-T x1) Wi-Fi x1 筐体+電源 ミドルタワー筐体 + 850W OS Microsoft Windows 11 Professional 64bit ■FAQ
・Rとは
Rとはオープンソース・フリーソフトウェアの統計解析向けプログラミング言語/開発実行環境。統計処理のための計算やグラフ化で利用される。
多くのライブラリが存在するため、ライブラリを呼び出すだけで複雑な手法を扱うことができる。参考:The R Project for Statistical Computing ※外部サイトに飛びます
・WSL2とは
Windows Subsystem for Linux 2 (WSL2) はWindows上でLinux向けバイナリを実行する方法の一つ。参考:【記事】Windows Subsystem for Linux 2(WSL2)のGPUサポートについて【1/3】
参考:【記事】Windows Subsystem for Linux 2(WSL2)のGPUサポートについて【2/3】
参考:【記事】Windows Subsystem for Linux 2(WSL2)のGPUサポートについて【3/3】
・FastQCとは
FastQCは次世代シーケンサー (NGS)のデータ解析に使われるツールの1つであり、シークエンスデータの品質チェックに利用される。NGSプラットフォームから得られるファイルの品質を評価し、品質が低い箇所や異常のある箇所を検出して報告することができる。参考:FastQC (Babraham Bioinformatics) ※外部サイトに飛びます
・Pythonとは
Pythonは、Python Software Foundation (PSF) が著作権を保持する、オブジェクト指向プログラミング言語。プログラミングの構文がシンプルなため可読性が高く、目的に応じたライブラリやフレームワークといったコンポーネントが豊富に揃っていることも特徴。プログラミングの初学者から上級者に至るまで人気の言語。参考:Python ※外部サイトに飛びます
参考:【特集記事】プログラミング言語 Python その人気の理由は?- Python プログラミングを加速するツールたち ※弊社オウンドメディア「TEGAKARI」に飛びます
事例追加日:2023/05/26
ご注文の流れ
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