- 事例No.PC-10349
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参考価格:
9,263,100円量子科学計算・分子動力学計算用コンピュータ・クラスター (4台構成)
用途:GAMESS、 LAMMPS、 GROMACS、 RadonPy、 ERmodを用いた量子科学計算・分子動力学計算お客さまからのご相談内容
GROMACS・LAMMPSなどのソフトウェアを用いた量子化学計算・分子動力学計算用コンピュータ・クラスターの導入を検討している。
ワークステーション (ノード) が並列化されたシステムから構成され、3ノード以上かつ、全コア数が60以上の構成を提案して欲しい。ノードのうち1台にはRTX A6000などの分子動力学計算用GPUを搭載したい。
ソフトウェアに関しては、GAMESS、 LAMMPS、 GROMACS、 RadonPy、 ERmodの使用を予定している。
上記のソフトウェアをプリインストールし、PBSでジョブ管理が可能な状態で納入してほしい。
また、LAMMPS・GROMACSについてはGPUを利用したジョブ実行ができることが好ましい。具体的な各ノード構成の希望は以下の通り。
【管理ノード】 ・CPU:動作クロック2.0GHz以上、コア総数12C/24T以上
・メモリ:128GB程度
・ストレージ:80TB以上
・OS:Rocky Linux
・その他:ラックマウント本体、ディスプレイ&キーボード【GPU搭載計算ノード】 ・CPU:2CPU構成、動作クロック2.75GHz以上、コア総数56C/112T以上
・メモリ:48GB程度
・ストレージ:500GB以上
・OS:Rocky Linux
・GPU:NVIDIA製、CUDAコア10000以上、VRAM合計48GB以上【計算ノード】 ・CPU:2CPU構成、動作クロック2.75GHz以上、コア総数56C/112T以上
・メモリ:256GB程度
・ストレージ:500GB以上
・OS:Rocky Linuxその他 ・ノード間は10GbE LANで接続
・各ノードはサーバラックに収めたいので、ラック本体を含めて提案してほしい
・予算900万円程度
・現地での設置作業を希望するテガラからのご提案
4台構成のコンピュータ・クラスター
お客さまのご要望に合わせて、
管理ノード + GPU搭載計算ノード + GPU非搭載計算ノード x2の合計4台構成
でクラスターを構成しました。管理ノードは共有ストレージを兼用し、20TB HDD S-ATA x5枚でRAID5を構成しています。
計算クラスターとしては、1ノードあたり56コア x3台で、合計で168コアのクラスターシステムです。
また、GPU搭載計算ノードにはNVIDIA RTX A6000 48GB GDDR6を搭載しています。各ノード・UPS・ネットワークスイッチは42Uのサーバラックに収納し、現地での設置作業を含める形でご提供しています。
なお、各ノード間は10GbEネットワークスイッチを介して接続しています。ジョブ管理が可能な状態でのソフトウェアセットアップ
お客様のご要望にあわせて、GAMESS、 LAMMPS、 GROMACS、 RadonPy、 ERmodをプリインストールしています。
LAMMPS・GROMACSは、GPUを利用した計算を行うことができるようにセットアップしています。
また、管理ノードにPBSをインストールし、各ノードへの計算リソース配分が行えるよう設定しています。本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
いただいた条件に合わせて柔軟にマシンをご提案いたしますので、掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。主な仕様
管理ノード CPU Intel Xeon Silver 4310 (2.10GHz 12コア) メモリ 128GB REG ECC ストレージ 20TB HDD S-ATA × 5(RAID6)2 ビデオ on board (VGAx1) ネットワーク on board (1000Base-T x2)、 LANカード(10GbE x2) 筐体+電源 4U筐体 + 1200W OS Rocky Linux その他 1Uラックマウント 750VA/680W UPS
10GbE 28ポート ネットワークスイッチ
23.8型ワイド FullHD 液晶ディスプレイGPU搭載計算ノード CPU AMD EPYC MILAN 7453 (2.75GHz 28コア) x2 メモリ 256GB REG ECC ストレージ 500GB SSD S-ATA ビデオ on board (VGAx1) GPU NVIDIA RTX A6000 48GB GDDR6 ネットワーク on board (1000Base-T x2)、 LANカード(10GbE x2) 筐体+電源 4U筐体 + 1200W OS Rocky Linux 計算ノード CPU AMD EPYC MILAN 7453 (2.75GHz 28コア) x2 メモリ 256GB REG ECC ストレージ 500GB SSD S-ATA ビデオ on board (VGAx1) ネットワーク on board (1000Base-T x2)、 LANカード(10GbE x2) 筐体+電源 4U筐体 + 1200W OS Rocky Linux その他 ラック 42U サーバーラック サポート 現地設置 キーワード
・LAMMPSとは
LAMMPS (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) は、米国のサンディア国立研究所で開発されたオープンソースの分子動力学計算アプリケーション。パラメータ設定により対応する力場の幅広さと柔軟さに定評がある。参考:LAMMPS Molecular Dynamics Simulator ※外部サイトに飛びます
・GROMACSとは
GROMACS (Groningen Machine for Chemical Simulations) は、オランダのフローニンゲン大学で開発された分子動力学シミュレーションのパッケージ。主に、タンパク質や脂質、拡散などの生化学分子用に設計されている。参考:GROMACS ※外部サイトに飛びます
・GAMESSとは
GAMESS(General Atomic and Molecular Electronic Structure System)は、分子構造や反応に対する電子構造解析を行うための計算化学ソフトウェア。GAMESSは、量子力学に基づいた理論を用いて、分子の電子構造や反応エネルギー、スペクトルなどの物理化学的性質を計算することができる。参考:GAMESS ※外部サイトに飛びます
・RadonPyとは
RadonPyは、全自動で全原子古典分子動力学法による高分子物性計算を行うことができるオープンソースのPythonライブラリ。ポリマーの繰り返し単位の化学構造を入力し、力場の割り当て、初期構造の生成、エラー処理、平衡・非平衡MD計算による物性評価までの全工程を完全に自動化することができる。参考:RadonPy ※外部サイトに飛びます
・ERmodとは
ERmod (Energy Representation Module)は、ソフト分子集団系の自由エネルギーを計算するためのソフトウェア。通常の液体はもちろん、超臨界流体・イオン液体など広範な溶媒種への溶解度を決定することができる。参考:ERmod ※外部サイトに飛びます
・PBSとは
PBS(Portable Batch System)は、ジョブスケジューリングを行うためのソフトウェア。多くの場合UNIXクラスター環境と組み合わせて使用され、クラスター上のリソースに計算タスクを割り当てることができる。参考:OpenPBS ※外部サイトに飛びます
事例追加日:2023/12/12
- 事例No.PC-11449
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参考価格:
2,140,600円並列計算を利用した流体解析用マシン
用途:Ansys Fluentを用いた流体解析お客さまからのご相談内容
Ansys Fluentが出来るだけ高速に動くワークステーション構成を提案してほしい。
GPUは手持ちのNVIDIA Quadro RTX 6000を搭載したい。
また、将来的にはグラフィックカードを合計2枚搭載する可能性もあるため、2枚のグラフィックカードに対応したハードウェア構成と、100V環境における最大容量の電源を搭載したい。
コストよりも能力と安定性を重視したいと考えている。希望する条件は以下の通り。
・CPU:128コアでの並列計算ができる程度
・メモリ:128GB
・ストレージ:2TB M.2 SSD、 8TB S-ATA HDD
・筐体:できるだけ小型
・電源:100V環境における最大容量
・OS:Windows 11 Pro
・使用するソフトウェア: Ansys Fluent ver.2022R2テガラからのご提案
お客さまご希望の条件に沿った構成をご提案しました。
AMD EPYCとOSの対応
128コアを搭載する場合、EPYCの採用が必要となりますが、EPYCはWindows11 Proに対応していません。
Windows Serverであれば対応していますが、コア数ベースのライセンスのため、OSが非常に高額となってしまいます。Windows11に対応したAMD Ryzen ThreadripperPRO
そのため、ご希望のOSであるWindows 11 Proに対応しているAMD Ryzen ThreadripperPRO 5000シリーズを搭載した構成をご案内しました。
AMD Ryzen ThreadripperPRO 5995WXは64コア/128スレッドの製品のため、スレッド単位であれば128の並列計算を行うことも可能です。電源容量は1500Wを選択しています。
なお、1500Wは200V環境で使用した際の最大出力で、100V環境では最大で1300W程度の出力です。
また、本構成は2枚のグラフィックカードを搭載することが可能な構成です。本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
いただいた条件に合わせて柔軟にマシンをご提案いたしますので、掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。主な仕様
CPU AMD Ryzen ThreadripperPRO 5995WX (2.70GHz 64コア) メモリ 256GB REG ECC ストレージ1 2TB SSD M.2 ストレージ2 8TB HDD SATA ビデオ NVIDIA Quadro RTX 6000(支給品) ネットワーク on board (10GBase-T x2/Wifi 6E) 筐体+電源 ミドルタワー型筐体 + 1500W OS Microsoft Windows 11 Professional 64bit キーワード
・Ansys Fluentとは
Ansys Fluentは、米国のANSYS Inc.によって開発されている流体解析ソフトウェア。 攪拌、熱交換器、風力タービン、バッテリー、回転機械、気液システム、電動モータなど、多種多様なシミュレーションに対応し、正確で信頼性の高い流体シミュレーション結果を生成することができる。
事例追加日:2023/11/20
- 事例No.PC-11114
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参考価格:
1,035,100円電磁界シミュレーション用マシン (2023年09月版)
用途:COMSOL Multiphysicsによる電磁界シミュレーションお客さまからのご相談内容
事例No.PC-9766B、PC-9922を見ての問い合わせ。
モデリングシミュレーションソフト「COMSOL Multiphysics」用のワークステーションの導入を検討している。
以前、下記構成のPCでCOMSOL Multiphysicsの動作を確認している。■COMSOL Multiphysicsの動作実績のある構成
・CPU:Intel Xeon Gold 5217 x2
・メモリ:192GB
・OS:Windows 10 Professionalそのため、構成的に希望に近いと考えているPC-9766B、PC-9922をベースに、下記の条件を盛り込んだ構成を提案してほしい。
■新しいマシンに盛り込みたい条件
・CPU:Xeonシリーズ、 3.00GHz程度
・メモリ:256GB程度テガラからのご提案
お客様ご希望の条件に沿った構成をご提案しました。
導入マシンのベース構成候補として選定いただいた事例は、いずれもCPUの世代やスペックなどの事情から、現時点ではそのままご提案することが難しい内容です。そのため、PC-9766Bをベースに最新のXeon W-2400シリーズのXeon W5-2465Xを搭載した構成を新たに検討しました。事例No.PC-11114
(本事例)CPU:Xeon W5-2465X
(定格/最大クロック:3.10GHz/4.70GHz、コア数:16コア)
メモリ:DDR5-4800 REG ECCメモリ 合計256GB事例No.PC-9766B CPU:Xeon W-2275
(定格/最大クロック:3.30GHz/4.60GHz、コア数:14コア)
メモリ:DDR4-2933 REG ECCメモリ 合計256GB2つの事例のスペック比較は上記の通りで、CPU、メモリ性能ともにベースであるPC-9766Bの構成を上回っています。
GPUに関しては、COMSOLはGPUアクセラレーションに対応しておらず、GeForceシリーズのビデオカードをサポートしていません。
参考:COMSOL Multiphysics® バージョン6.1の必要条件 ※外部サイトへ飛びます
そのため、ビデオカードはミドルクラスのワークステーション向けビデオカード NVIDIA RTX A2000 12GBを選定していますが、ご希望に応じて変更可能です。
本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
いただいた条件に合わせて柔軟にマシンをご提案いたしますので、掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。主な仕様
CPU Intel Xeon W5-2465X (3.10GHz 16コア) メモリ 256GB REG ECC ストレージ 1TB SSD M.2 ビデオ NVIDIA RTX A2000 12GB ネットワーク on board (2.5GbE x1, 10GbE x1) 筐体+電源 タワー型筐体 + 1000W OS Microsoft Windows 11 Professional 64bit キーワード
・COMSOL Multiphysicsとは
COMSOL Multiphysicsは様々な物理学や工学分野など製造や科学研究のあらゆる分野で利用されるソフトウェア。設計やデバイス開発、解析などで用いられる。参考:COMSOL ※外部サイトへ飛びます
事例追加日:2023/09/15
- 事例No.PC-11171
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参考価格:
4,444,000円ビッグデータ処理用マシン (RTX6000 Ada x4枚まで増設可能)
用途:ビッグデータ処理、MCMC処理、Pythonによる画像処理・自然言語処理 (PyTorch、Tensorflow)お客さまからのご相談内容
事例No.PC- 11075を見ての問い合わせ。
ビッグデータ処理やMCMC処理および、Pythonによる画像処理・自然言語処理 (PyTorch、Tensorflow) 用のマシンの導入を考えている。
用途上GPUの性能を重要視しているため、NVIDIA RTX6000 Adaを4枚搭載したいと考えている。200V環境での使用を前提とした構成でも構わない。希望する条件は以下の通り。
・GPU:NVIDIA RTX6000 Ada x4枚
・OS:Ubuntu 22.04
・電源:200V環境用でも可
・予算:500万円以内テガラからのご提案
お客様ご希望の条件に沿った構成をご提案しました。
NVIDIA RTX6000 Adaはワークステーション向けビデオカードとしては高額な製品のため、RTX6000 Adaを4枚搭載した場合、ご予算を大幅にオーバーしてしまいます。
そのため、ご希望のご予算範囲内にて搭載できる2枚のみを搭載した構成としています。構成自体は最大4枚のNVIDIA RTX6000 Adaを搭載可能となるように選定しておりますので、今後のアップグレードにてRTX6000 Adaを増設することも可能です。
なお、RTX6000 Adaを4枚搭載した場合、GPUだけでもTDPが1200Wを超えてしまいます。
そのため、本構成は200V環境での運用を前提としております。CPUに関しては、ご予算の範囲内で最もコア数が多くなるよう、第4世代Xeon Scalableシリーズ Intel Xeon Silver 4410を搭載した2CPU構成を選定しています。
CUDA利用におけるメモリ容量の考え方
メモリに関しては、CUDAを利用される場合、メモリ搭載量がVRAMの実装量を下回ることは好ましくありません。これは、処理のためVRAMにデータを転送する際、メモリをいったん経由して行われるためです。
そのため、今後RTX6000 Ada 48GBを4枚(合計VRAM:192GB)搭載することを考慮して、メモリ搭載量は256GBとしています。本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
いただいた条件に合わせて柔軟にマシンをご提案いたしますので、掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。主な仕様
CPU Intel Xeon Silver 4410 (2.00GHz 12コア) x2 メモリ 256GB REG ECC ストレージ 960GB SSD S-ATA ビデオ NVIDIA RTX6000 Ada 48GB x2 (合計4枚まで増設可能) ネットワーク on board (10GBase-T x2) 筐体+電源 フルタワー型筐体 + リダンダント電源1800W OS Ubuntu 22.04 キーワード
・MCMC法とは
MCMC (Markov Chain Monte Carlo) 法は、確率分布からサンプルを生成する統計的手法。MCMCは複雑な確率分布を扱うことができ、ベイズ統計や統計物理学など多くの分野で応用される。具体的なアルゴリズムには、メトロポリス法、ハミルトニアン・モンテカルロ法、ギブスサンプリングなどがある。
・Pythonとは
Pythonは、Python Software Foundation (PSF) が著作権を保持する、オブジェクト指向プログラミング言語。プログラミングの構文がシンプルなため可読性が高く、目的に応じたライブラリやフレームワークといったコンポーネントが豊富に揃っていることも特徴。プログラミングの初学者から上級者に至るまで人気の言語。参考:Python ※外部サイトに飛びます
参考:【特集記事】プログラミング言語 Python その人気の理由は?- Python プログラミングを加速するツールたち ※弊社オウンドメディア「TEGAKARI」に飛びます
・RTX 6000 Adaとは
RTX6000 AdaはNVIDIAがリリースしたAIコンピューティング用のビデオカードであり、以下の特長を有する。・AIワークロードに特化したハードウェア機能が搭載されている
・Tensor Coreを568基搭載しており、高速な深層学習演算が可能
・48GBのGDDR6メモリを搭載しており、大規模なデータセットを扱うことができる
・NVIDIAのソフトウェア開発キットであるCUDAやcuDNNとの高い互換性がある
・仮想化技術をサポートしており、複数の仮想マシン上でのAIワークロードの実行が可能参考:NVIDIA RTX 6000 Ada 世代 グラフィックス カード (NVIDIA) ※外部サイトへ飛びます
事例追加日:2023/09/06
ご注文の流れ
お問い合わせフォームよりご相談内容をお書き添えの上、 お問い合わせください。 (お電話でもご相談を承っております) |
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弊社より24時間以内にメールにてご連絡します。 | |
必要に応じてメールにて打ち合わせさせていただいた上で、 メール添付にてお見積書をお送りします。 | |
お見積もり内容にご納得いただけましたら、メールにてご注文ください。 ご注文確定後、必要な部材を手配し PCを組み立てます。 (掛売りの場合、最初に新規取引票のご記入をお願いしております) |
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動作チェックなどを行い、納期が確定いたしましたらご連絡いたします。 (納期は仕様や製造ラインの状況により異なります) |
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お客様のお手元にお届けいたします (ヤマト運輸/西濃運輸) |
お支払い方法
お支払い方法は、お見積もりメール・お見積書でもご案内しています。
法人掛売りのお客様 |
原則として、月末締、翌月末日払いの後払いとなります。 |
学校、公共機関、独立行政法人のお客様 |
納入と同時に書類三点セット(見積書、納品書、請求書)をお送りしますのでご請求金額を弊社銀行口座へ期日までにお振込み願います。 先に書面での正式見積書(社印、代表者印付)が必要な場合はお知らせください。 |
企業のお客様 |
納品時に、代表者印つきの正式書類(納品書、請求書)を添付いたします。 ご検収後、請求金額を弊社銀行口座へお支払い期日までにお振込み願います。 |
銀行振込(先振込み)のお客様 |
ご注文のご連絡をいただいた後、お振込みを確認した時点で注文の確定とさせていただきます。 |
修理のご依頼・サポートについて
弊社製PCの保証内容は、お見積もりメールでもご案内しています。
■お問合せ先
テガラの取り扱い製品に関する総合サポート受付のWEBサイトをご用意しております。
テガラ株式会社 サポートサイト
※お問い合わせの際には、「ご購入前」と「ご購入後」で受付フォームが分かれておりますので、ご注意ください。
メール | support@tegara.com |
電話 | 053-543-6688 |
■テグシスのサポートについて
保証期間内の修理について
保証期間内におけるハードウェアの故障や不具合につきましては、無償で修理いたします。
ただし、お客様による破損や、ソフトウェアに起因するトラブルなど保証規定にて定める項目に該当する場合は保証対象外となります。
保証期間経過後も、PCをお預かりしての初期診断は無料で実施しております。
無料メール相談
PCの運用やトラブルにつきまして、メールでのご相談を承ります。経験・知識の豊富な技術コンサルタントが無料でアドバイスいたします。
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オプション保証サービス
「あんしん+」 もしもの時の延長保証サービス |
PCのご購入時にトータル5年までの延長保証をご選択いただけます。また、ご購入後にも延長保証を申し込むことができます。
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HDD返却不要サービス |
保証期間内にPCのHDD(SSD)が故障した場合、通常、新品のHDDとの交換対応となり、故障したHDDはご返却いたしません。 |
オンサイト保守サポート | |
故障発生時、必要に応じエンジニアスタッフが現地へ訪問し、保守対応を行うサービスです。
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用途に応じた細かなアドバイスや迅速な対応がテガラの強みです。
上記の仕様はテガラでお客様に提案したPC構成の一例です。
掲載内容は提案当時のものであり、また使用する部材の供給状況によっては、現在では提供がむずかしいものや、部材を変更してのご提案となる場合がございます。
参考価格については、提案当時の価格(送料込・税込)になります。
ご相談時期によっては価格が異なる場合がございますので、あらかじめご了承ください。