事例No.PC-10449
参考価格:
878,900

機構解析用マシン

用途:機構解析 (運動解析) 用CAEソフトウェア「RecurDyn」及び「Matlab」の利用

お客さまからのご相談内容

機構解析(運動解析)用CAEソフトウェア「RecurDyn」と「Matlab」を使用するためのマシンが欲しい。希望する要件は以下の通り。

・予算は100万円以下
・計算速度を重視する

テガラからのご提案

ご予算100万円の範囲でご提案しました。

■Point
・RecurDynはCPUコア数が多すぎても計算速度に対して効果がない可能性がある。
・RecurDyn単体ではGPUアクセラレートを行っていない。

参考:RecurDyn ServicePack (FunctionBay) ※外部サイトに飛びます

上記の点から、

・Matlabでコア数が有効な使い方・コードであるか。
・GPUアクセラレートを利用しているか。

次第で適切な構成が異なるため、お客様にはMatlab側の利用状況をご確認いただきました。

■お客様からの質問・要望
・SMP (並列処理計算)というツールを使っているが、それでもコア数の増加は効果的ではないのか?

参考:SMP 並列処理計算※外部サイトに飛びます

SMPのメーカーページには「8コア、16コアの並列処理計算(SMP)に対応する」との記載があるため、逆説的に最大16コアで設定するのが良いと判断しました。そのため、CPUは高性能コア 8コア+高効率コア 8コア仕様の「Core i9-12900K」を採用しています。

8コア計算は高性能コアで、16コア計算の場合は高性能コア+高効率コアを使用して対応します。

・MATLABの利用では、コア数を気にした使い方・コードの書き方はしていないが、将来的にはビッグデータの解析を行いたい。その際に計算速度ができるだけ速くなるようにしたい。

解析用途で利用されることの多い「R」や「SPSS」等は、標準ではCPUの並列化はあまり活用されていないのが現状です。並列化を使用することはできますが、コア数が多いほど効率が良い…といったものではありません。そのため、ご提案のコア仕様でも問題はないものと考えます。
一方、将来的にビッグデータ解析を予定している場合は、ストレージ容量・速度面のグレードアップを推奨します。

なお、お客様からはCADも利用するとのお話をいただいたため、ビデオカードにはA2000を選定しています。

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

主な仕様

CPU Core i9-12900K (3.20GHz 8コア + 2.40GHz 8コア)
メモリ 128GB
ストレージ1 2TB SSD M.2
ストレージ2 4TB SSD S-ATA
ストレージ3 4TB SSD S-ATA
ビデオ RTX A2000
ネットワーク on board (2.5GBase-T x1)
筐体+電源 ミドルタワー筐体 + 1000W
OS Microsoft Windows 11 Pro 64bit

■FAQ

・RecurDynとは
RecurDyn (リカーダイン)は機械システムの運動メカニズムを評価するための機構解析 (運動解析) 用のCAEソフトウェア。もともとは戦車の履帯開発などで使用されていたものが民間向けに商用化され、建設重機メーカーに利用されるようになり、その後精密機械の解析にも対応したことで、自動車やロボットの分野にも広まった。

参考:RecurDyn ※外部サイトに飛びます

・「高性能コア」「高効率コア」とは
インテル第12世代デスクトップ向けCPUであるAlder Lakeに搭載されたコアの種類。
高性能コア(Golden Cove Performance Core:Pコア)は処理パフォーマンスを重視しており、高効率コア(Gracemont Efficiency Core:Eコア)は電力効率を重視。Core i9-12900Kの場合、それぞれのコアのスペックは以下の通り。

高性能コア (Pコア) :3.2GHz~5.2GHz 8コア16スレッド
高効率コア (Eコア) :2.4GHz~3.9GHz 8コア8スレッド

事例追加日:2022/11/04
事例No.PC-10296
参考価格:
3,251,600

科学技術計算用マシン

用途:CPUの並列性とストレージI/O負荷の高い科学技術計算用途

お客さまからのご相談内容

科学技術計算用のマシンを導入したい。
CPUとストレージのInput/Output負荷の高い用途で利用する予定。

想定している構成は以下の通り。

CPU:AMD EPYC 7763 x1
メモリ:RDIMM 32GB x8
GPU:RTX3080
SSD:2TB NVMe M.2 x10 (M.2拡張カード x4利用)
HDD:18TB NAS用 x2台
筐体:4U筐体 (スライドレール込み)
オプション:瞬断とサージ対策用のUPS,LANケーブル10m,メンテナンス用のキーボード・マウス・ディスプレイ
予算:300万円程度

テガラからのご提案

実際のお問い合わせでは、ショートパーツも含めて各パーツに対して詳細に型番をご指定いただきましたが、ご指定パーツ全てに対して相性を確認することが難しいため、弊社製PCとして動作を保証できる構成にてご提案しました。ご連絡いただいた条件の本質的な部分を押さえつつ、ご案内可能な内容に落とし込んでいます。

【筐体】
4Uラックマウント型筐体よりもパーツ選択の自由度が高いタワー型としており、冷却には弊社が同様の構成で標準採用している水冷クーラーを搭載しています。

【ストレージ】
ストレージI/O負荷の高い科学技術計算を目的としていることから,最も重要なポイントはストレージ構成と考えました。

しかし、ご要望の「M.2 SSD x10本とM.2拡張カード x4枚の組み合わせ」はPCI-Expressスロットを大量に消費することや、ストレージ容量の分散という観点から、必ずしも利用効率が良いとは言い難いため、本質的なご要望を推測した構成を検討しました。

お問い合わせの中でお客様からご指定いただいたM.2拡張カードはSSDを2本搭載できる製品でしたが、これを4枚利用しても搭載できるM.2 SSDは8本までです。残り2本のSSDはマザーボードに直接搭載する想定と判断し、それに近い構成になるよう、マザーボードに4TB SSD M.2 x1本 + 15.3TB SSD U.3 x1本 を直接搭載する形にしています。どちらのSSDもNVMe対応ですので、性能面ではお客様の想定仕様との差はありません。
こちらの構成であれば、15.3TBの領域を1ボリュームとして扱うことができ、SSDを複数搭載する場合と比べてデータ保存領域の効率が改善します。

【CPU】
ご希望のEPYC 7763は入手に時間を要するため (2022年9月現在) 、同じ64コア製品のThreadripper pro 5995WXとしています。

【ストレージ速度とRAID0について】
お客様よりストレージ速度の向上を目的として、当初希望していた2TB NVMe x8本を搭載することにより、アクセス性能はストレージ本数分だけ乗算されるのではないかというご質問をいただきましたが、単純にSSDを8本搭載する場合、1本文のアクセス性能をおったSSDが独立して8本搭載された状態となるため、SSDの数だけアクセス性能が向上するということはありません。

アクセス性能を向上させるプランとしては、複数のSSDでRAID0を構築し1本分以上のアクセス性能を実現する方法が考えられます。
ただし、RAIDにはオーバーヘッド (処理・伝送するために余計にかかる負荷や時間) があり、ストレージ2台でRAID0を構築しても、アクセス性能は2倍を下回ります。また、オーバーヘッドはストレージの数が増えるほど大きくなる傾向があります。
以前に弊社にてSSD x4本でハードウェアRAIDを利用しRAID0を構築した際には、およそ2.5倍程度の速度向上にとどまりました。ソフトウェアRAIDで構築する場合には、RAIDボリュームの制御をOS上でソフトウェア的に行うため、ハードウェアRAIDよりもオーバーヘッドが更に大きくなるとお考えください。

また、RAID0の導入における無視できない要素として、対障害性への懸念があります。
RAID0はボリュームを構築するストレージの1台が故障すると、データが全損します。仮に8本のSSDでRAID0を構築した場合、同じ容量の1本のSSDに対して、一定幾何の障害発生率は理論上約8倍になります。
RAID0はハードウェア障害に対して基本的に脆弱であるという前提のもと、データバックアップ等をご検討いただくのが良いかと存じます。

RAID0 (ストライピング) のメリット
・対象のデータを複数のストレージに分割して書き込むため、速度が向上する。
・読み込みも複数のストレージから同時に行うため、高速化が期待できる。

RAID0 (ストライピング) のデメリット
・構成するストレージが1台壊れただけで、すべてのデータが失われる。

逆説的に、1本のSSDで完結させるメリットは、構成がシンプルになり相対的に障害に対して強くなる点にあるとお考えください。

 

主な仕様

CPU Ryzen ThreadripperPRO 5995WX (2.70GHz 64コア)
メモリ 256GB
ストレージ1 4TB SSD M.2
ストレージ2 15.3TB SSD U.3
ストレージ3 18TB HDD S-ATA (NAS用)
ビデオ NVIDIA Geforce RTX3080
ネットワーク on board (1GbE x1 10GBase-T x1)
筐体+電源 タワー筐体 + 1200W
OS Fedora 36 Workstation
UPS OMRON BN150T ラインインタラクティブ 1500VA/1350W
その他 21.5型液晶ディスプレイ,LANケーブル 10m

検索キーワード
科学技術計算機,電子計算機,電算機,計算科学,データサイエンス

事例追加日:2022/09/26
事例No.PC-10260A
参考価格:
977,900

タンパク質立体構造解析用マシン (ストレージ速度重視)

用途:AlphaFold2

お客さまからのご相談内容

タンパク質の立体構造を計算するツールである「AlphFold2」を使用するためのマシンを、予算100万円程度で検討したい。
他にもMOE (Molecular Operating Environment) やAutodockなどのWindowsソフトウェアを使いたいので、UbuntuとWindowsのデュアルブートを希望する。
UbuntuにはCUDA Toolkit 11をインストールして欲しい。

テガラからのご提案

ご予算の範囲で検討した構成案です。
AlphaFold2の計算処理はGPU性能の影響を受ける部分が大きいことや、計算中も約2.7TBのデータベースへ頻繁にアクセスすることから、データベースを格納するストレージデバイスの性能が使用感に大きな影響を与えると考えられます。
本構成のストレージは全てSSDとしています。特に、AlphaFoldのデータベース展開用ストレージには、上記の理由からNVMe対応の4TB SSDを採用することで更にストレージ速度を高めています。

主な仕様

CPU Ryzen9 5950X (3.40GHz 16コア)
メモリ 64GB
ストレージ1 500GB SSD S-ATA
ストレージ2 500GB SSD S-ATA
ストレージ3 4TB SSD M.2
ビデオ NVIDIA Geforce RTX3090
ネットワーク on board (10/100/1000Base-T x1)
筐体+電源 ミドルタワー筐体 + 850W
OS Windows 10 Professional 64bit
その他 Ubuntu 20.04デュアルブート設定 (CUDA Toolkit 11インストール)

検索キーワード
G protein-coupled receptors,AlphaFold2,protein structure prediction,structural biology

事例追加日:2022/09/13
事例No.PC-10244
参考価格:
994,840

タンパク質立体構造解析用マシン (予算:100万円)

用途:AlphaFold2

お客さまからのご相談内容

PC-9193を見ての問い合わせ。
タンパク質立体構造予測プログラム「AlphaFold2」を利用するためのマシンを希望。
条件は以下の通り。

CPU:Xeon Silver 程度
メモリ:128GB以上
ストレージ:512GB SSD M.2
GPU:NVIDIA RTX A4500等 (ビデオメモリが多いほど良い)
ネットワーク:1G x1ポート
OS:Ubuntu (インストール不要)
その他:周辺機器類は不要
予算:100万円程度

テガラからのご提案

Xeon Silver 4316を1基搭載した構成でのご提案です。
ストレージはM.2タイプのSSDですが、512GBと容量が多くありません。
仕様上、M.2スロットは1つのみとなるため、将来的に同タイプの高速ストレージの追加が難しいことをご承知おきください。
一方で、PCI-Expressには複数の空きがありますので、アドインカードタイプのNVMe対応SSDを増設することが可能です。ご希望の際には気兼ねなくご相談ください。

主な仕様

CPU Xeon Silver 4316 (2.30GHz 20コア)
メモリ 128GB REG ECC
ストレージ 500GB SSD M.2
ビデオ NVIDIA RTX A4500
ネットワーク on board (10/100/1000Base-T x2)
筐体+電源 ミドルタワー筐体 + 850W
OS なし

本事例はRADIC 2CPU Modelをベースにしています。
スペック変更による概算価格のシミュレーションはこちらからご確認いただけます。
※RADICのモデルチェンジ等の理由により、事例の構成と同一のスペックを選択できない場合があります。
 おそれ入りますが、予めご承知おきください。

検索キーワード
G protein-coupled receptors,AlphaFold2,protein structure prediction,structural biology

事例追加日:2022/09/07
お客様のご要望をうかがい、最適なPCの構成をご提案する
「お客様だけのオーダーメイドPC」を製作しています。
用途に応じた細かなアドバイスや迅速な対応がテガラの強みです。

上記の仕様はテガラでお客様に提案したPC構成の一例です。
掲載内容は提案当時のものであり、また使用する部材の供給状況によっては、現在では提供がむずかしいものや、部材を変更してのご提案となる場合がございます。

参考価格については、提案当時の価格(送料込・税込)になります。
ご相談時期によっては価格が異なる場合がございますので、あらかじめご了承ください。