- 事例No.PC-10755
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参考価格：
1,003,200円ColabFold / RoseTTAFold用マシン
用途：ColabFold、RoseTTAFoldによるタンパク質構造解析お客さまからのご相談内容
事例No.PC-10260Aを見ての問い合わせ。
ColabFoldとRoseTTAFoldを使用するため、事例と同程度のマシンを導入したい。
考えている条件は以下の通り。・事例No.PC-10260Aの構成をベースにする
・ストレージ：2台目のストレージを4TB SSD M.2に変更
・OS：Windows 11とUbuntuのデュアルブートを希望
・予算：予算100万円程度テガラからのご提案
ご要望の条件に合わせて構成を検討しました。
お客様がご覧になった事例No.PC-10260Aのストレージ1と2は、それぞれ別のOSをインストールするためのものです。
本件でのストレージ容量変更は、データの一次保存場所にすることが目的でしたので、OS用ストレージの容量変更ではなく、データ用ストレージとして4TB SSD M.2を2台追加しました。その他、CPUとGPUをご予算と現行スペックに合わせて変更しています。
ColabFoldのLocal版はWSL2でも動作するという情報がありますので、場合によってはUbuntu側の処理をWSL2で実装する方法も考えられるかと存じます。
本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。主な仕様
CPU AMD Ryzen9 7900X (4.70GHz 12コア) メモリ 64GB ストレージ1 500GB SSD S-ATA x2 ストレージ2 4TB SSD M.2 x2 ビデオ NVIDIA Geforce RTX4080 ネットワーク on board (2.5G x1 10/100/1000Base-T x1) Wi-Fi x1 筐体+電源 ミドルタワー筐体 + 1000W OS Microsoft Windows 11 Professional 64bit その他 追加インストール作業 Ubuntu 20.04 LTS + CUDA Toolkit 11 ■FAQ
・ColabFoldとは
ColabFoldはGoogle Colab上で利用できるAlphaFold2とAlphaFold-Multimer。タンパク質構造検索ツール MMseqs2 (Many-against-Many searching) の高速な相同性検索をAlphaFold2またはRoseTTAFoldと組み合わせることで、タンパク質の構造と複合体の予測を高速化する。参考：sokrypton / ColabFold ※外部サイトへ飛びます
・RoseTTAFoldとは
RoseTTAFoldはDeepLearnigを使用して、限られた情報に基づいてタンパク質構造を予測するソフトウェア。既知のタンパク質のテンプレートを使って学習させたモデルを使い、未知のペプチド配列の立体構造を予測する。参考：RosettaCommons / RoseTTAFold ※外部サイトへ飛びます
・WSL2とは
Windows Subsystem for Linux 2 (WSL2) はWindows上でLinux向けバイナリを実行する方法の一つ。参考：【記事】Windows Subsystem for Linux 2(WSL2)のGPUサポートについて【1/3】
参考：【記事】Windows Subsystem for Linux 2(WSL2)のGPUサポートについて【2/3】
参考：【記事】Windows Subsystem for Linux 2(WSL2)のGPUサポートについて【3/3】
事例追加日：2023/02/22
- 事例No.PC-10792
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参考価格：
1,996,500円fMRI動画解析用マシン
用途：MATLAB、Python、Fijiなどの利用お客さまからのご相談内容
磁気共鳴機能画像法 (fMRI) で取得した動画の解析を行うため、新たにマシンを導入したい。
希望する条件は以下の通り。・MATLABやPython、Fijiなどを用いた画像解析を想定している。
・MATLABではParallel Computingを利用するため、CPU性能を重視。
・単一データの容量が4GB程度なので、メモリ容量も重視。
・その他、SPMやCONNも日常的に利用している。
・DeepLearningは想定していない。
・OSはWindows 10。
・予算は200万円程度。テガラからのご提案
CPU性能とメモリ容量を考慮して、第3世代Xeon Scalable搭載の2CPU構成をご提案しました。
OSとの兼ね合いから、CPUは32コア/64スレッドの製品としています。
Windows 10は、仕様上64コアを超える論理コア (スレッド) を認識すると、プロセッサーグループという論理コアのグループを生成します。原則として、明示的にプロセッサーグループを超えて利用できるように設計されていないアプリケーションでは、プロセッサーグループを超えて並列計算を行うことができず、MATLABもこの制限に係ります。そのため、64を超える論理コアを搭載しても、十分に活用できない状況が発生します。参考：maxNumCompThreads (MathWorks) ※外部サイトへ飛びます
対応として、Hyperthreadingを無効化し物理コアだけにする方法、もしくは、OSをWindows 11にするという方法があります。
Windows 11では、プロセッサーグループの仕組みが変更されており、搭載する論理コア数に関わらずアプリケーションが全ての論理コアにアクセスできます。
運用方法などの面で問題がない場合には、選択肢としてご検討いただければと存じます。参考：プロセッサ グループ (Microsoft) ※外部サイトへ飛びます
本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。主な仕様
CPU Xeon Gold 6326 (2.90GHz 16コア) x2 メモリ 512GB REG ECC ストレージ1 1TB SSD M.2 ストレージ2 7.68TB SSD U.2 ビデオ NVIDIA T1000 ネットワーク on board (1000Base-T x2) 筐体+電源 タワー型筐体 + 850W OS Microsoft Windows 10 Pro 64bit ■FAQ
・MATLABとは
MATLABは工学・理学・経済学など幅広い分野でのデータ解析やアルゴリズム開発、モデル作成で使用される数値解析用ソフトウェアかつ、内部で使用するプログラミング言語の名称でもある。参考：MATLAB (MathWorks) ※外部サイトに飛びます
・Pythonとは
Pythonは、Python Software Foundation (PSF) が著作権を保持する、オブジェクト指向プログラミング言語。プログラミングの構文がシンプルなため可読性が高く、また目的に応じたライブラリやフレームワークといったコンポーネントが豊富に揃っていることも特徴。プログラミングの初学者から上級者に至るまで人気のある言語。参考：Python ※外部サイトに飛びます
参考：【特集記事】プログラミング言語 Python その人気の理由は？- Python プログラミングを加速するツールたち ※弊社オウンドメディア「TEGAKARI」に飛びます
・Fijiとは
Fijiはオープンソースの画像処理用ソフトウェア。科学的な画像分析に適した多数のプラグインがバンドルされている。参考：Fiji ※外部サイトに飛びます
・プロセッサーグループとは
CPUを安定動作させるための制限。
1つのプロセスがCPU全てを使ってしまうことがないように、リソースを制限する手段。・SPMとは
SPM (Statistical parametric mapping)は、機能的な神経画像データの分析を支援するソフトウェア。MATLABで作成されたフリーソフトウェアとして配布されている。参考：SPM (University College London) ※外部サイトに飛びます
・CONNとは
CONNは、fMRIにおける機能的結合の計算、表示、および分析を行うためのMATLABベースのクロスプラットフォームイメージングソフトウェア。参考：CONN toolbox ※外部サイトに飛びます
事例追加日：2023/02/02
- 事例No.PC-10610
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参考価格：
992,200円実験計測の総合制御用マシン
用途：画像解析ソフトウェア「TEMA」の利用お客さまからのご相談内容
実験計測の総合制御を行うためのマシンを提案して欲しい。
予算は100万円程度。テガラからのご提案
より良いご提案のため、お客様に詳細情報をヒアリングさせていただきました。
その結果、追加で以下の情報を頂戴しています。・混相流の流下形態をハイスピードカメラで撮影し、流下の特性を研究したい。
・計測データの回収や解析、大量データの処理などを行うためのマシンを提案して欲しい。
・使用するソフトウェアはPhotronのTEMAを予定している。
・扱うデータは1つあたりの容量が大きい。
・現在使用しているマシンのスペックは以下の通り。
CPU：Core i5
メモリ：8GB
ストレージ：256GB・上記スペックのマシンでは、おそらく予定のデータ処理を実施できない。
こうした前提を踏まえて、構成をご提案しました。
ご利用予定のPhotron TEMAの公式サイトに掲載された動作要件はそれほど高くはなく、現在ご利用中のマシンも要件を満たしています。
参考：TEMA 仕様/サポート(Photron) ※外部サイトに飛びます
今回のご提案では、ソフトウェア側の情報を踏まえつつ、実際に利用するにあたっての性能を重視して構成を検討しました。
特に、扱うデータの容量が大きいことからストレージに要求される能力は高いと考えられるため、システム用およびデータ用のストレージはどちらも高速なNVMeタイプのSSDとしています。また、描画性能に関する要件は解像度以外の推奨情報の記載はございませんでしたが、ある程度のグラフィック性能が必要と判断し、ミドルクラスのワークステーション向けビデオカードを搭載しています。
なお、ハイスピードカメラ映像を取り込んで解析するということですので、映像データのインポートにPCI-Expressキャプチャーカードを使用する場合は、別途搭載を検討する必要があります。本件のご相談では、キャプチャーカードは要件に含まれておりませんでしたが、カードを含む形での提案をご希望の場合には、気兼ねなくご相談ください。
主な仕様
CPU AMD Ryzen9 7950X (4.50GHz 16コア) メモリ 128GB ストレージ1 2TB SSD M.2 ストレージ2 4TB SSD M.2 ビデオ NVIDIA RTX A4500 ネットワーク on board(2.5G x1 10/100/1000Base-T x1) Wi-Fi x1 筐体+電源 ミドルタワー筐体 + 850W OS Microsoft Windows 10 Pro 64bit その他 23.8型ワイド液晶ディスプレイ ■FAQ
・TEMAとは
TEMAは強力な追跡アルゴリズムや、グラフ作成・補正フィルタ・数値変換・光学補正などの高度な解析機能を提供する、運動解析・画像解析ソフトウェア。参考：TEMA (Photron) ※外部サイトに飛びます
事例追加日：2022/12/22
- 事例No.PC-10449
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参考価格：
878,900円機構解析用マシン
用途：機構解析 (運動解析) 用CAEソフトウェア「RecurDyn」及び「Matlab」の利用お客さまからのご相談内容
機構解析(運動解析)用CAEソフトウェア「RecurDyn」と「Matlab」を使用するためのマシンが欲しい。希望する要件は以下の通り。
・予算は100万円以下
・計算速度を重視するテガラからのご提案
ご予算100万円の範囲でご提案しました。
■Point
・RecurDynはCPUコア数が多すぎても計算速度に対して効果がない可能性がある。
・RecurDyn単体ではGPUアクセラレートを行っていない。参考：RecurDyn ServicePack (FunctionBay) ※外部サイトに飛びます
上記の点から、
・Matlabでコア数が有効な使い方・コードであるか。
・GPUアクセラレートを利用しているか。次第で適切な構成が異なるため、お客様にはMatlab側の利用状況をご確認いただきました。
■お客様からの質問・要望
・SMP (並列処理計算)というツールを使っているが、それでもコア数の増加は効果的ではないのか？参考：SMP 並列処理計算※外部サイトに飛びます
SMPのメーカーページには「8コア、16コアの並列処理計算（SMP）に対応する」との記載があるため、逆説的に最大16コアで設定するのが良いと判断しました。そのため、CPUは高性能コア 8コア+高効率コア 8コア仕様の「Core i9-12900K」を採用しています。
8コア計算は高性能コアで、16コア計算の場合は高性能コア＋高効率コアを使用して対応します。
・MATLABの利用では、コア数を気にした使い方・コードの書き方はしていないが、将来的にはビッグデータの解析を行いたい。その際に計算速度ができるだけ速くなるようにしたい。
解析用途で利用されることの多い「R」や「SPSS」等は、標準ではCPUの並列化はあまり活用されていないのが現状です。並列化を使用することはできますが、コア数が多いほど効率が良い…といったものではありません。そのため、ご提案のコア仕様でも問題はないものと考えます。
一方、将来的にビッグデータ解析を予定している場合は、ストレージ容量・速度面のグレードアップを推奨します。なお、お客様からはCADも利用するとのお話をいただいたため、ビデオカードにはA2000を選定しています。
本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。主な仕様
CPU Core i9-12900K (3.20GHz 8コア + 2.40GHz 8コア) メモリ 128GB ストレージ1 2TB SSD M.2 ストレージ2 4TB SSD S-ATA ストレージ3 4TB SSD S-ATA ビデオ RTX A2000 ネットワーク on board (2.5GBase-T x1) 筐体+電源 ミドルタワー筐体 + 1000W OS Microsoft Windows 11 Pro 64bit ■FAQ
・RecurDynとは
RecurDyn (リカーダイン)は機械システムの運動メカニズムを評価するための機構解析 (運動解析) 用のCAEソフトウェア。もともとは戦車の履帯開発などで使用されていたものが民間向けに商用化され、建設重機メーカーに利用されるようになり、その後精密機械の解析にも対応したことで、自動車やロボットの分野にも広まった。参考：RecurDyn ※外部サイトに飛びます
・「高性能コア」「高効率コア」とは
インテル第12世代デスクトップ向けCPUであるAlder Lakeに搭載されたコアの種類。
高性能コア(Golden Cove Performance Core：Pコア)は処理パフォーマンスを重視しており、高効率コア(Gracemont Efficiency Core：Eコア)は電力効率を重視。Core i9-12900Kの場合、それぞれのコアのスペックは以下の通り。高性能コア (Pコア) ：3.2GHz～5.2GHz 8コア16スレッド
高効率コア (Eコア) ：2.4GHz～3.9GHz 8コア8スレッド事例追加日：2022/11/04
「お客様だけのオーダーメイドPC」を製作しています。
用途に応じた細かなアドバイスや迅速な対応がテガラの強みです。
上記の仕様はテガラでお客様に提案したPC構成の一例です。
掲載内容は提案当時のものであり、また使用する部材の供給状況によっては、現在では提供がむずかしいものや、部材を変更してのご提案となる場合がございます。
参考価格については、提案当時の価格(送料込・税込)になります。
ご相談時期によっては価格が異なる場合がございますので、あらかじめご了承ください。
