- 事例No.PC-10615
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この事例は掲載から時間が経過しているため内容が古い可能性があります。
用途や特徴・要件をふまえた、最新構成でのご提案をご希望の場合は、お気軽にお問い合わせください。
参考価格：
5,756,300円分子動力学計算用マシン (倍精度対応)
用途：LAMMPS、GROMACSの利用お客さまからのご相談内容
大規模な分子動力学計算を行うためのマシンが欲しい。
LAMMPSやGROMACSの利用がメインで、必要に応じて量子化学計算 (Density Functional Theory：DFT) も利用する。
GPGPUでの計算を行うので、CUDA Toolkitもインストールして欲しい。また、希望条件は以下の通り。
・CPU：AMD ThreadripperPRO 3995WX 2.7GHz 64コア
・メモリ：256GB
・ストレージ：480GB SSD S-ATA / 4TB HDD S-ATA
・GPU：NVIDIA A100 8GB
・筐体：タワー型
・OS：Redhat系
・その他：CUDA Toolkit
・予算：600万円程度テガラからのご提案
お客様のご希望を元に、構成をご案内しました。
LAMMPSやGROMACSでの大規模な分子動力学計算を想定した構成です。■Point
AMD ThreadripperPRO と NVIDIA A100 を搭載する構成の場合、冷却方法の検討が必要
AMD ThreadripperPROは水冷CPUクーラーが標準仕様となっているため、筐体側にはNVIDIA A100を冷却できるほどのFANが標準搭載されておりません。 そのため、NVIDIA A100の冷却はGPU冷却専用のケースFANの追加で対応しています。 また、PCI-Eの空きスロットにダミーカバーを取り付けることで、NVIDIA A100の冷却効率UPを図っています。
LAMMPSとGROMACSの利用でGPUでの倍精度計算を行わない場合には、GPUを一般的な製品に変更してコストを抑えることができます。
本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。
検索キーワード
分子動力学計算ワークステーション,LAMMPS,GROMACS,高性能ワークステーション,分子動力学シミュレーション,量子化学計算,Density Functional Theory (DFT),GPGPU計算,CUDA Toolkitインストール,高効率科学計算,高速処理ワークステーション,大規模分子動力学計算,メタルコンプレックス計算,理論計算ツール,分子モデリング,高性能科学計算マシン,プロフェッショナルワークステーション,分子解析ソフトウェア,予算内高性能マシン,理想の性能構成,分子シミュレーションマシン,大規模計算ワークステーション,高性能GPU,量子化学シミュレーション,高性能科学計算
主な仕様
CPU AMD Ryzen ThreadripperPRO 5995WX (2.70GHz 64コア) メモリ 256GB ストレージ1 480GB SSD S-ATA ストレージ2 4TB HDD S-ATA ビデオ NVIDIA T400 ネットワーク on board (1GbE x1 10GBase-T x1) 筐体+電源 タワー型筐体 + 1000W (リダンダント電源) OS RockyLinux GPU NVIDIA A100 80GB PCI-E その他 CUDA Toolkit キーワード
・LAMMPSとは
LAMMPS (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) は、米国のサンディア国立研究所で開発されたオープンソースの分子動力学計算アプリケーション。パラメータ設定により対応する力場の幅広さと柔軟さに定評がある。参考：LAMMPS Molecular Dynamics Simulator ※外部サイトに飛びます
・GROMACSとは
GROMACS (Groningen Machine for Chemical Simulations) は、オランダのフローニンゲン大学で開発された分子動力学シミュレーションのパッケージ。主に、タンパク質や脂質、拡散などの生化学分子用に設計されている。参考：GROMACS ※外部サイトに飛びます
・NVIDIA A100とは
NVIDIA A100はAmpereアーキテクチャで設計されたハイエンドGPU。前世代と比較して最大20倍のパフォーマンスを発揮する。大規模な計算処理能力とスケーラビリティを必要とする複雑なAI学習のモデルトレーニング、DeepLearningでの推論、倍精度シミュレーションなど、HPCが必要とされる様々な用途に適している参考：NVIDIA A100 Tensor コア GPU (NVIDIA) ※外部サイトに飛びます
事例追加日：2022/12/07
- 事例No.PC-10046
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参考価格：
2,139,500円Gaussian向けマシン
用途：量子化学計算ソフト 「Gaussian」お客さまからのご相談内容
量子化学計算ソフト Gaussian用の計算サーバーが欲しい。
GaussianとGromacsができるだけ高速に動くマシンが希望で、予算は200万円程度を想定している。
具体的には、以下のスペックと同等の構成が理想。・CPU：Xeon Gold 6354 (18core 3.0GHz 205W) x2
・メモリ：256GB
・SSD：960GB SATA x2 システム用とバックアップ用に1台ずつ
・GPU：NVIDIA RTX A6000 x2
・OS：AlmaLinux 8.3なお、GromacsはGPUでの運用を、GaussianはCPUでの運用を検討している。
テガラからのご提案
ご予算に対応させるためGPUの台数を1台とし、CPUもコア数の少ない製品に変更した構成をご提案しました。
Gromacsは、メーカーにて特定のGPUモデルが指定されていないため、RTX A6000でも利用可能と考えられますが、もう一方のGaussian 16のGPGPUはRTX A6000を公式サポートしていません。
Gaussian 16でサポートされているのは、V100やA100といった倍精度演算に対応したGPGPU専用カードのみとなっています。A6000での動作に関してお客さま側で情報をお持ちであれば問題ありませんが、そうでない場合はGPUの選択を見直していただいたくのが良いかもしれません。
なお、GPUをサポート対象のA100に変更する場合、カード仕様との兼ね合いからベース構成を変更する必要があります。
Gaussian 16ではCPU実行のみ利用する場合、GPUの選択はGaussian 16の動作に影響しません。検索キーワード
Gaussian向けマシン,量子化学計算,Gaussian,Gromacs,ハイパフォーマンス計算,マルチコアプロセッサ,SSD構成, AlmaLinux 8.3,GPGPU,GPU選択,CUDA Toolkit 11,ハイブリッド計算,高速計算,デュアルプロセッサ,ワークステーション,量子化学シミュレーション,高性能コンピューティング,特定ソフトウェア動作最適化,サーバー仕様,科学計算ソフトウェア主な仕様
CPU Xeon Gold 6326 (2.90GHz 16コア) x2 メモリ 256GB REG ECC ストレージ1 1TB SSD S-ATA ストレージ2 1TB SSD S-ATA ビデオ NVIDIA RTX A6000 ネットワーク on board (1000Base-T x2) 筐体+電源 タワー筐体 + 1200W OS AlmaLinux 8.3 その他 CUDA Toolkit 11 本事例はRADIC 2CPU Modelをベースにしています。
スペック変更による概算価格のシミュレーションはこちらからご確認いただけます。
※RADICのモデルチェンジ等の理由により、事例の構成と同一のスペックを選択できない場合があります。
おそれ入りますが、予めご承知おきください。事例追加日：2022/07/30
- 事例No.PC-2424
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この事例は掲載から時間が経過しているため内容が古い可能性があります。
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参考価格：
2,000,000円分子動力学ソフトGromacs、LAMMPSのプリインストール
お客さまからのご相談内容
分子動力学ソフトGromacsおよびLAMMPSがプリインストールされた計算機を探している。テガラで対応できないか。
テガラからのご提案
MPI+CUDA版を検討中」とのご相談を頂きました。OSはUbuntuまたはCentOSをご希望で、GPUにTesla K20かK20Xを搭載したいとのこと。
ちょうどTesla K40の登場直前であったことから、K40の発表を待ってK40搭載仕様をご提案しました。その他、CPUはXeon E5-2650v2(2.6GHz 8コア)×2、メモリは64GB(REG ECC)、ストレージにはOS＆ソフトウェア用にSSD 128GB×2(RAID0)、データ保存用に4TBのHDD×2…といった構成としました。
OSはCentOS 6.4 64bitとし、ご希望に沿ってGromacsとLAMMPSをプリインストールする形にしました。また、今後GPUを増設すると200V-240V電源が必要となることから、200V-240V対応のUPSも合わせてお見積もりしました。
検索キーワード 分子動力学/シミュレーション/Gromacs/LAMMPS/分子モデリング/力場/GPU/GPGPU/テスラV100/分子間相互作用/蛋白質/共有結合/疎水性相互作用/システム階層/水和エネルギー/アンサンブル平均/分子軌道/計算化学/量子化学/分子設計/コンピュータ支援創薬/生物物理/生体高分子/水素結合/分子構造最適化
主な仕様
事例追加日：2013/12/20
- 事例No.CD-2327
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参考価格：
680,000円Gromacsによる 合計20コアCPUの数値計算用PC
用途：数値計算分子動力学シミュレーションソフトGromacsで数値計算を行うためのPCとして提案・導入した事例です。
お客さまと打ち合わせを重ねた結果、 CPUはXeon E5-2670v2（2.5GHz 10コア）を2個搭載しました。 合計20コアですが、動作クロックは抑えた仕様です。
GPGPUの搭載も検討しましたが、ご予算と用途を考えるとCPUの性能アップを優先したほうがベターと判断し搭載を見送りました。
また、メモリは本来8枚とするのがベストでしたが、 ご予算の都合で今回は8GB×4枚の32GBとしています。検索キーワード
Gromacs,分子動力学シミュレーション,高性能計算,HPC,Xeon,E5-2600v4,20コアCPU,大規模並列処理,Bioinformatics,Molecular Dynamics,Linux,CentOS,Scientific Computing,数値計算,生命科学シミュレーション,分子シミュレーション,計算科学,コンピューターシミュレーション,高速計算,GPU,Tesla,並列プログラミング
主な仕様
CPU Intel Xeon E5-2670v2 (2.50GHz 10コア) x2（合計20コア） メモリ 合計 32GB DDR3 1600 REG ECC 8GB x4 ストレージ HDD 1TB S-ATA ネットワーク 10/100/1000Base-T x2 ビデオ NVIDIA Quadro K600 1GB DVI-I x1 DisplayPort x1 筐体 タワー型 (幅452x高さ178x奥行x648 mm) OS Ubuntu 12.04 I/F USB2.0 x4 / COM x1/
PCI-E (x16スロット) x3 / PCI-E (x8スロット) x3 / S-ATA x6その他 DVDスーパーマルチドライブ 事例追加日：2013/11
ご注文の流れ
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弊社より24時間以内にメールにてご連絡します。 |
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必要に応じてメールにて打ち合わせさせていただいた上で、 メール添付にてお見積書をお送りします。 |
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お見積もり内容にご納得いただけましたら、メールにてご注文ください。 ご注文確定後、必要な部材を手配し PCを組み立てます。 (掛売りの場合、最初に新規取引票のご記入をお願いしております) |
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動作チェックなどを行い、納期が確定いたしましたらご連絡いたします。 (納期は仕様や製造ラインの状況により異なります) |
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お客様のお手元にお届けいたします (ヤマト運輸/西濃運輸) |
お支払い方法
お支払い方法は、お見積もりメール・お見積書でもご案内しています。
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| 原則として、月末締、翌月末日払いの後払いとなります。 |
| 学校、公共機関、独立行政法人のお客様 |
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| 納品時に、代表者印つきの正式書類（納品書、請求書）を添付いたします。 ご検収後、請求金額を弊社銀行口座へお支払い期日までにお振込み願います。 |
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修理のご依頼・サポートについて
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■お問合せ先
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| メール | support@tegara.com |
| 電話 | 053-543-6688 |
■テグシスのサポートについて
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ただし、お客様による破損や、ソフトウェアに起因するトラブルなど保証規定にて定める項目に該当する場合は保証対象外となります。
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※調査や検証が必要な場合はお答えできなかったり、有償対応となることがあります
オプション保証サービス
| 「あんしん＋」 もしもの時の延長保証サービス |
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PCのご購入時にトータル5年までの延長保証をご選択いただけます。また、ご購入後にも延長保証を申し込むことができます。
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| HDD返却不要サービス |
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保証期間内にPCのHDD(SSD)が故障した場合、通常、新品のHDDとの交換対応となり、故障したHDDはご返却いたしません。 
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| オンサイト保守サポート | |
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故障発生時、必要に応じエンジニアスタッフが現地へ訪問し、保守対応を行うサービスです。
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「お客様だけのオーダーメイドPC」を製作しています。
用途に応じた細かなアドバイスや迅速な対応がテガラの強みです。
上記の仕様はテガラでお客様に提案したPC構成の一例です。
掲載内容は提案当時のものであり、また使用する部材の供給状況によっては、現在では提供がむずかしいものや、部材を変更してのご提案となる場合がございます。
参考価格については、提案当時の価格(送料込・税込)になります。
ご相談時期によっては価格が異なる場合がございますので、あらかじめご了承ください。
