- 事例No.PC-10999
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参考価格:
698,500円シングルセルRNA-seq解析用マシン (2023年05月版)
用途:PythonやRを利用したRNA-seq解析お客さまからのご相談内容
Windows Subsystem for Linuxを使用して、PythonやRを用いたシングルセルRNA-seq解析を実施したい。
FastQCデータからQC (Quality Control)、マッピング、定量、データ解析まで実施する予定。
現状のマシンでは、処理の実施から完了までに24時間程度かかっているため、処理時間を短縮したい。
RのParallelパッケージは使用していないので、クロック数を重視する構成が望ましい。テガラからのご提案
ご要望に合わせて構成を検討しました。
コア数よりもクロック数を重視した構成が望ましいとのことから、Core i9-13900KSを用いた構成としております。Core i9-13900KSは発熱が大きいため、本構成のCPUクーラーは通常よりも大きいサイズに換装しています。
もし、RのParallelパッケージを使用している場合や、同時に走らせる計算数を増やしたい場合には、AMDのCPU(ThreadripperPRO)を用いた構成も選択肢に入ります。その場合は、計算数や規模に合わせたメモリ容量の設定も合わせてご検討ください。
本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。主な仕様
CPU Core i9-13900KS (3.20GHz 8コア + 2.40GHz 16コア) メモリ 128GB ストレージ1 4TB SSD M.2 ストレージ2 16TB HDD S-ATA ビデオ NVIDIA T400 4GB MiniDisplayPort x3 ネットワーク on board (2.5GBase-T x1) Wi-Fi x1 筐体+電源 ミドルタワー筐体 + 850W OS Microsoft Windows 11 Professional 64bit キーワード
・Rとは
Rとはオープンソース・フリーソフトウェアの統計解析向けプログラミング言語/開発実行環境。統計処理のための計算やグラフ化で利用される。
多くのライブラリが存在するため、ライブラリを呼び出すだけで複雑な手法を扱うことができる。参考:The R Project for Statistical Computing ※外部サイトに飛びます
・WSL2とは
Windows Subsystem for Linux 2 (WSL2) はWindows上でLinux向けバイナリを実行する方法の一つ。参考:【記事】Windows Subsystem for Linux 2(WSL2)のGPUサポートについて【1/3】
参考:【記事】Windows Subsystem for Linux 2(WSL2)のGPUサポートについて【2/3】
参考:【記事】Windows Subsystem for Linux 2(WSL2)のGPUサポートについて【3/3】
・FastQCとは
FastQCは次世代シーケンサー (NGS)のデータ解析に使われるツールの1つであり、シークエンスデータの品質チェックに利用される。NGSプラットフォームから得られるファイルの品質を評価し、品質が低い箇所や異常のある箇所を検出して報告することができる。参考:FastQC (Babraham Bioinformatics) ※外部サイトに飛びます
・Pythonとは
Pythonは、Python Software Foundation (PSF) が著作権を保持する、オブジェクト指向プログラミング言語。プログラミングの構文がシンプルなため可読性が高く、目的に応じたライブラリやフレームワークといったコンポーネントが豊富に揃っていることも特徴。プログラミングの初学者から上級者に至るまで人気の言語。参考:Python ※外部サイトに飛びます
参考:【特集記事】プログラミング言語 Python その人気の理由は?- Python プログラミングを加速するツールたち ※弊社オウンドメディア「TEGAKARI」に飛びます
事例追加日:2023/05/26
- 事例No.PC-11005
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参考価格:
1,476,200円ナノポアシーケンサー解析用マシン (2023年05月版)
用途:Guppy、Dorado、DeepVariantを利用した遺伝子解析お客さまからのご相談内容
事例No.PC-10347Bを見ての問い合わせ。
ナノポアシーケンサー解析の他、DeepLearningを用いたソフトウェア「DeepVariant」も使いたい。
以下のような構成を想定しているので、見積もりを提案して欲しい。・CPU:AMD Threadripper
・メモリ:128GB
・ストレージ;SSD (NVMeは必須ではない)
・GPU:RTX4090
・使用するソフトウェア:Guppy、Dorado、DeepVariantテガラからのご提案
CPUにThreadripperを採用した構成にてお見積もりしました。
ご提案のタイミングでは、従来のThreadripperシリーズが終息していましたので、Threadripper Proを搭載した構成としています。
CPUのコストは大きくなりますが、CPU性能が高くオールラウンドにお使いいただけます。本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。検索キーワード
医用画像DeepLearning,TensorFlow,Keras,Pytorch,CUDA Toolkit,ディープラーニングマシン,NVIDIA Geforce RTX4080,機械学習ソフトウェア,インストールなしOS,GPUメモリ容量ナノポアシーケンサー解析,Guppy,Dorado,DeepVariant,AMD Threadripper,バイオインフォマティクス,医学,生物学,デスクトップワークステーション,RNAシークエンスデータ主な仕様
CPU AMD Ryzen ThreadripperPRO 5965WX (3.80GHz 24コア) メモリ 128GB REG ECC ストレージ 2TB SSD M.2 ビデオ NVIDIA Geforce RTX4090 ネットワーク on board (1GbE x1 10GBase-T x1) 筐体+電源 タワー型筐体 + 1200W OS Ubuntu 20.04 キーワード
・Nanopore (ナノポア) とは
ナノポアはnm (ナノメートル) サイズの細孔。ナノポアシーケンサーでは、ナノポアを持つ人工膜タンパク質を用い、DNAがナノポアを通る際の電流変化から塩基配列を決定する。ナノポアシーケンサーは、従来の次世代シーケンサーよりもロングリードのDNA解析が可能である点が特長。・Guppyとは
Guppyは遺伝子配列データをグラフィカルに表示する遺伝子情報表示プログラム。配列中のタンパク質に翻訳される領域や、マーカとして知られている部位に対する注釈などをわかりやすく表示、または編集することができる。・Doradoとは
Doradoはナノポアシーケンシングで生成されたRNAシークエンスデータのアセンブルとアノテーションを行うために使用される遺伝子解析ソフトウェア。本事例公開時点ではα版でのリリースであり、完全版ではない。
RNAシークエンスデータを用いて高品質な塩基配列のアセンブルを行い、正確な転写産物の同定とアノテーションを行うことができ、ナノポアシーケンシングにおける問題である短いリード長と高いエラー率への最適化が行われている。参考:nanoporetech / dorado ※外部サイトへ飛びます
・DeepVariantとは
DeepVariantはDeepLearningを活用して高品質なゲノム変異検出を行うゲノム解析ソフトウェア。ゲノム解析のために畳み込みニューラルネットワークを使用して,DNAの塩基の変異を検出する。
オープンソースで提供されており,ゲノム研究や医療分野,遺伝カウンセリングなど様々な分野で活用されている。参考:google / deepvariant ※外部サイトへ飛びます
事例追加日:2023/05/26
- 事例No.PC-10900
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参考価格:
489,500円E-Prime 3.0インストール済みマシン (2023年04月版)
用途:E-Prime 3.0の利用お客さまからのご相談内容
視覚・聴覚刺激実験の作成やデータ収集・分析用のアプリケーションスイート「E-Prime 3.0」をインストールしたマシンが欲しい。
E-Prime 3.0のライセンスとインストールを含めた形での見積もりを希望する。テガラからのご提案
主な仕様
CPU Core i7-13700K (3.40GHz 8コア + 2.5GHz 8コア) メモリ 16GB ストレージ 500GB SSD S-ATA ビデオ on board (DPx1 HDMIx1) ネットワーク on board (2.5GBase-T x1) Wi-Fi x1 筐体+電源 ミドルタワー筐体 + 850W OS Microsoft Windows 11 Professional 64bit その他 Psychology Software Tools, Inc. E-Prime 3.0
E-Prime 3.0セットアップサービスキーワード
・E-Prime 3.0とは
E-Prime 3.0は実験心理学や神経科学の分野で使用される刺激提示ソフトウェアの一種。Windowsベースのソフトウェアで、刺激提示や反応収集、データ解析のための様々な機能を有する。音声や画像、動画およびテキストを含む様々な刺激の提示が可能で、反応時間や正確性の測定、脳波データの収集にも対応している。参考:E-Prime ※外部ページに飛びます
【関連情報】
心理学実験ソフトウェア「E-Prime」を快適に利用するためのマシンのご紹介 ※弊社オウンドメディア「TEGAKARI」に飛びます
【製品相談事例】E-Prime 3.0 – 旧バージョンのファイルを使えますか? ※弊社オウンドメディア「TEGAKARI」に飛びます
事例追加日:2023/04/20
- 事例No.PC-10905
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参考価格:
1,376,100円CTスキャン解析用マシン
用途:Spring-8で行ったCTスキャン情報の解析お客さまからのご相談内容
Spring-8で行ったCTスキャンを解析するためのPCを検討している。
Spring-8の推奨スペックを確認したところ、以下の情報が得られた。・CPU:Core i9-10980XE
・メモリ:256GB
・ストレージ1:SSD 1TB NVMe
・ストレージ2:SSD 8TB x2
・ビデオ:NVIDIA Geforce RTX3060
・OS:Microsoft Windows 10 Professional 64bit
・その他:10Gb LANカード同様の内容での見積もりを希望する。
テガラからのご提案
ご連絡いただいた情報を元に構成を検討しました。
Core i9-10980XEは実質的に提供が終了しているため、同世代のXeon-Wをベースとした構成です。コストダウンを優先した場合、以下の2点が検討ポイントになります。
解析ソフトウェア側のGPUアクセラレート対応
画像解析を想定したPC構成を大別すると、CPUで解析を行う場合とGPUアクセラレートを前提とした仕様に分かれます。推奨スペックとしてご連絡いただいたGPUは上位モデルではありませんので、CPUでの計算を主軸に検討されていると推測しました。もし、CPUで計算がメインになる場合には、GPUのスペックを下げることでコストダウンが可能です。
SSDの容量と速度
大量の画像を読み込んで処理を行う場合には、SSDが有効です。
ただし、画像1枚に対する解析時間がある程度かかる場合は、結果的にストレージ速度全体の処理における速度上昇の割合が小さくなることもあり得ます。この場合、データ保存用のストレージをあえてHDDにすることでコストを抑えることが可能です。
また、ストレージは後々の増設が比較的容易ですので、現時点ではコストダウンの方向で検討しつつ、実運用の中で必要になったタイミングで増設するという方法も考えられます。本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。主な仕様
CPU Xeon W-2295 (3.00GHz 18コア) メモリ 256GB REG ECC ストレージ1 1TB SSD M.2 ストレージ2 8TB SSD S-ATA x2 ビデオ NVIDIA Geforce RTX3060Ti ネットワーク on board (10/100/1000Base-T x1 5G x1) 筐体+電源 ミドルタワー筐体 + 850W OS Microsoft Windows 10 Professional 64bit その他 TPMモジュール
10Gb LANカードキーワード
・Spring-8とは
Spring-8は高輝度光科学研究センター (JASRI) の運営する大型放射光施設。高エネルギー電子ビームを用いて強力なシンクトロン放射光を生成し、物質科学、生物学、化学、物理学など幅広い研究分野で利用されている。参考:Spring-8 大型放射光施設 ※外部ページに飛びます
事例追加日:2023/04/20
ご注文の流れ
お問い合わせフォームよりご相談内容をお書き添えの上、 お問い合わせください。 (お電話でもご相談を承っております) |
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弊社より24時間以内にメールにてご連絡します。 | |
必要に応じてメールにて打ち合わせさせていただいた上で、 メール添付にてお見積書をお送りします。 | |
お見積もり内容にご納得いただけましたら、メールにてご注文ください。 ご注文確定後、必要な部材を手配し PCを組み立てます。 (掛売りの場合、最初に新規取引票のご記入をお願いしております) |
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動作チェックなどを行い、納期が確定いたしましたらご連絡いたします。 (納期は仕様や製造ラインの状況により異なります) |
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お客様のお手元にお届けいたします (ヤマト運輸/西濃運輸) |
お支払い方法
お支払い方法は、お見積もりメール・お見積書でもご案内しています。
法人掛売りのお客様 |
原則として、月末締、翌月末日払いの後払いとなります。 |
学校、公共機関、独立行政法人のお客様 |
納入と同時に書類三点セット(見積書、納品書、請求書)をお送りしますのでご請求金額を弊社銀行口座へ期日までにお振込み願います。 先に書面での正式見積書(社印、代表者印付)が必要な場合はお知らせください。 |
企業のお客様 |
納品時に、代表者印つきの正式書類(納品書、請求書)を添付いたします。 ご検収後、請求金額を弊社銀行口座へお支払い期日までにお振込み願います。 |
銀行振込(先振込み)のお客様 |
ご注文のご連絡をいただいた後、お振込みを確認した時点で注文の確定とさせていただきます。 |
修理のご依頼・サポートについて
弊社製PCの保証内容は、お見積もりメールでもご案内しています。
■お問合せ先
テガラの取り扱い製品に関する総合サポート受付のWEBサイトをご用意しております。
テガラ株式会社 サポートサイト
※お問い合わせの際には、「ご購入前」と「ご購入後」で受付フォームが分かれておりますので、ご注意ください。
メール | support@tegara.com |
電話 | 053-543-6688 |
■テグシスのサポートについて
保証期間内の修理について
保証期間内におけるハードウェアの故障や不具合につきましては、無償で修理いたします。
ただし、お客様による破損や、ソフトウェアに起因するトラブルなど保証規定にて定める項目に該当する場合は保証対象外となります。
保証期間経過後も、PCをお預かりしての初期診断は無料で実施しております。
無料メール相談
PCの運用やトラブルにつきまして、メールでのご相談を承ります。経験・知識の豊富な技術コンサルタントが無料でアドバイスいたします。
※調査や検証が必要な場合はお答えできなかったり、有償対応となることがあります
オプション保証サービス
「あんしん+」 もしもの時の延長保証サービス |
PCのご購入時にトータル5年までの延長保証をご選択いただけます。また、ご購入後にも延長保証を申し込むことができます。
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HDD返却不要サービス |
保証期間内にPCのHDD(SSD)が故障した場合、通常、新品のHDDとの交換対応となり、故障したHDDはご返却いたしません。 |
オンサイト保守サポート | |
故障発生時、必要に応じエンジニアスタッフが現地へ訪問し、保守対応を行うサービスです。
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「お客様だけのオーダーメイドPC」を製作しています。
用途に応じた細かなアドバイスや迅速な対応がテガラの強みです。
上記の仕様はテガラでお客様に提案したPC構成の一例です。
掲載内容は提案当時のものであり、また使用する部材の供給状況によっては、現在では提供がむずかしいものや、部材を変更してのご提案となる場合がございます。
参考価格については、提案当時の価格(送料込・税込)になります。
ご相談時期によっては価格が異なる場合がございますので、あらかじめご了承ください。