PC提案事例

生体内の代謝ネットワーク研究を目的とした計算用マシンを導入したい。
MATLABとCPLEXでの混合整数線形計画問題 (MILP) を高速に解くことのできる構成が希望。
予算は70万円程度を予定しており、具体的なスペックの希望はない。

ご要望に合わせて構成を検討しました。

Core-i系CPUの中でも、現時点で最も速いCore-i9 13900Kを採用した構成です。高性能コア (Golden Cove Performance Core：Pコア) と高効率コア (Gracemont Efficiency Core：Eコア) を合計すると24コアのCPUですが、高効率コアは速度があまり速くないため速度面の考え方には注意が必要です。
なお、メモリ容量は最大128GBまでとなります。

同程度のコア数でより速度の速いCPUをご希望の場合には、ThreadripperPRO仕様に変更することで、メモリ容量の上限も増やすことができます。ただし、コスト上昇が大きいため、ご予算に余裕のある場合の選択肢としてお考えください。

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

実験計測の総合制御を行うためのマシンを提案して欲しい。
予算は100万円程度。

より良いご提案のため、お客様に詳細情報をヒアリングさせていただきました。
その結果、追加で以下の情報を頂戴しています。

こうした前提を踏まえて、構成をご提案しました。

ご利用予定のPhotron TEMAの公式サイトに掲載された動作要件はそれほど高くはなく、現在ご利用中のマシンも要件を満たしています。

参考：TEMA 仕様/サポート(Photron) ※外部サイトに飛びます

今回のご提案では、ソフトウェア側の情報を踏まえつつ、実際に利用するにあたっての性能を重視して構成を検討しました。
特に、扱うデータの容量が大きいことからストレージに要求される能力は高いと考えられるため、システム用およびデータ用のストレージはどちらも高速なNVMeタイプのSSDとしています。

また、描画性能に関する要件は解像度以外の推奨情報の記載はございませんでしたが、ある程度のグラフィック性能が必要と判断し、ミドルクラスのワークステーション向けビデオカードを搭載しています。

なお、ハイスピードカメラ映像を取り込んで解析するということですので、映像データのインポートにPCI-Expressキャプチャーカードを使用する場合は、別途搭載を検討する必要があります。本件のご相談では、キャプチャーカードは要件に含まれておりませんでしたが、カードを含む形での提案をご希望の場合には、気兼ねなくご相談ください。

BLASTによるDNA塩基配列の検索や、HMMERによるタンパク質のドメイン検索を行うためのマシンを導入したい。
教員と複数の学生が使用し、学内の有線LAN経由でマシンにアクセスする使い方を予定している。
BLASTでのクエリ配列は数百から数千程度で、データベース配列は10万程度を予定。
HMMERによるドメイン検索は、10万程度のクエリ配列を想定している。
マシン性能が十分であれば、植物のゲノムde novo解析も行いたい。 現時点で考えているマシンスペックは以下の通り。

ご要望に合わせて構成を検討しました。
データベースはHDD 8TBへの格納を想定していますが、サイズによってはストレージ容量が不足する場合があるため、容量面で問題ないことをお客様にご確認いただいています。

de novo解析の実行も可能な構成ですが、優先度の高い要件として考慮する場合には、仕様上の最大メモリ容量となる128GBを搭載するのが良いかと思われます。

また、ネットワークアクセスで利用し、研究室内で小規模な簡易サーバーとして利用するのみでしたら、本事例の構成でもコスト重視の選択として成立します。ただし、学部レベルの人数で利用する想定の場合は、明らかにスペックが不足します。
マシンの重要度や求める可用性などの条件によっては、より本格的なサーバー構成を検討いただく必要があるため、お客様にはご提案と合わせてお伝えしています。

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

地震の研究解析のため、解析用のマシンを導入したい。
現時点では下記の解析を予定しており、将来的には地熱系のシミュレーションを行う可能性がある。

また、希望するスペックや条件は以下の通り。

使用しているGISは「QGIS」だが、あまり高度な処理は行わない。地図の重ね合わせ程度の作業を予定している。
想定している処理にどの程度のビデオカードが必要なのかわからないが、ローエンド品でも問題ないのではないかと考えている。

ご要望に合わせて、構成をご提案しました。

想定している干渉SAR解析作業ではメモリ容量が32GB以上必要とのことでしたので、倍の64GBを初期容量としています。本構成は追加で64GB増設できますので、最大128GBまでのメモリ容量に対応しています。

GISを利用する場合、ビデオカードにはある程度のスペックが要求される場合があります。
ご利用予定のQGISは高スペックを要求するソフトではなく、ビデオカードも重要視されないため、最低限のカードを追加した構成としています。

ただし、最近のオンボードビデオは数年前のローエンドビデオカード程度の能力があるため、QGISの利用がメインでない場合には、一度オンボードのビデオ出力で利用してみて、処理性能面で厳しいようであればビデオカードの追加を検討するのが良いかと存じます。

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。